莫高窟始建於十六國時期，據唐《李克讓重修莫高窟佛龕碑》一書的記載，前秦建元二年，僧人樂尊路經此山，忽見金光閃耀，如現萬佛，於是便在巖壁上開鑿了第一個洞窟。
此後法良禪師等又繼續在此建洞修禪，稱為“漠高窟”，意為“沙漠的高處”。後世因“漠”與“莫”通用，便改稱為“莫高窟”。
另有一說為：佛家有言，修建佛洞功德無量，莫者，不可能、沒有也，莫高窟的意思，就是說沒有比修建佛窟更高的修為了。
北魏、西魏和北周時，統治者崇信佛教，石窟建造得到王公貴族們的支持，發展較快。
隋唐時期，隨著絲綢之路的繁榮，莫高窟更是興盛，在武則天時有洞窟千餘個。
安史之亂後，敦煌先後由吐蕃和歸義軍佔領，但造像活動未受太大影響。北宋、西夏和元代，莫高窟漸趨衰落，僅以重修前朝窟室為主，新建極少。
元代以後敦煌停止開窟，逐漸冷落荒廢。明嘉靖七年封閉嘉 峪關，使敦煌成為邊塞遊牧之地。
清康熙五十七年平定新疆，雍正元年在敦煌設沙州所，三年改沙州衛，並從甘肅各州移民敦煌屯田，重修沙州城。
乾隆二十五年改沙州衛為敦煌縣，敦煌經濟開始恢復。莫高窟開始被人們注意。
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