二次盛马大战
盛世才突然扣押张雅韶等和谈代表时，马仲英正在焉耆与马福元商讨想南疆晋军的问题，3天后马仲英返回吐鲁番得知消息，怒不可遏，随即号召手下官兵，准备与盛世才决一死战。
马仲英十分清楚经过紫泥泉大战后，单凭自己的力量无法战胜盛世才，于是他有计划地与同样和盛世才有矛盾的张培元合作。罗文干西去伊犁后，马仲英的代表随后也面见张培元，果然张培元同意马仲英的计划，双方商定夹击迪化，推翻盛世才。
此时的马仲英占据新疆广大地盘，从哈密经鄯善、吐鲁番直到焉耆，另外马赫英的势力从镇西向北沿外蒙国境直达阿山南部，而马世明的势力则越过达坂城渗透到了柴窝堡。盛世才的防守地区也只是东到奇台、西达塔城而已。1933年10月9日，马仲英在吐鲁番举行阅兵视事大会，宣布要消灭盛世才，而盛世才不甘示弱，第二天在迪化通电全国讨伐马仲英。10月早先趁盛世才与马仲英大战迪化南山时已经占据阿山的马仲英得力部下马赫英此时得到马仲英的命令，指挥2000人马大举南下围攻塔城，就此第二次盛马大战开始。
战争开始，形势对盛世才十分不利，镇守塔城的陈继善连发急电求援，称塔城在马军包围下已三日，“形势危急，若无援军，后果难料”。盛世才慌乱中调遣督办公署参谋长刘斌率领归化军增援塔城。10月12日盛世才在迪化百姓的欢送下浩浩荡荡出发，兵分两路，一路出奇台经七角井攻击鄯善，企图切断马仲英返回哈密、甘肃的退路。另一路则有盛世才亲自指挥直攻通向吐鲁番的门户达坂城。
马仲英得到盛世才大军来犯的报告，命令驻扎达坂城的没指头团长（绰号）迅速占领附近高地固守，同时他亲自率领步兵一个旅，会同驻扎托克逊的马彦良骑兵一团抵达达坂城，凭借高地实施防御战。10月13日，双方部队分别紧张构筑工事备战。15日清晨，省军开始发起攻击，盛世才仍然使用东北义勇军做先锋，猛烈攻击山湾的马军山头阵地。马军居高临下，枪炮齐发，打得进攻省军伤亡惨重，被迫撤回。装甲车、山炮、辎重等作战器械慌忙渡过孔雀河，归化军的装甲车因为载重过重，竟然把桥梁压垮，而后续车辆陆续到来，士兵忙不择路，纷纷抢先过河，交通拥挤不堪。马军骑兵追到河边，很多省军溃兵缴械投降，成建制投降的就有2个连之多。此战马仲英缴获了山炮4门、装甲车1辆（由于缺乏燃料，后在战场烧毁）、步枪300余支，机枪多挺，还有大批辎重。
而在塔城，马赫英不费一枪一弹顺利占领塔城旧城。10月5日，进攻新城，战况一度十分激烈，马军使用云梯，头顶铁锅奋勇登城，塔城岌岌可危。幸而从迪化赶来了归化军黑洛夫斯基一团援兵，尽管援军指挥黑洛夫斯基在进行巷战时遭到马军士兵的狙击身亡，还是解除了塔城之围，马赫英带部下退守额敏，旋即被随后赶来的刘斌部击溃。
这时盛马双方虽然各一胜一负，实际上盛世才方似乎更为危急，虽然刘斌解除了塔城之围，但是盛世才在达坂城下的惨败，使得迪化周边战局十分危险。1933年10月下旬，马仲英亲自率领精锐骑兵约2000人，出天山直攻孚远，10月27日黎明，马仲英部从城西北架设两部云梯开始偷袭孚远，幸而被守军发觉被击退，马军转而攻击城垣东北角，又被守军击退。入夜，守卫孚远的民团派出人员连夜奔阜康求援。而马仲英在则指挥部下在城东门挖掘数条地道，试图爆破城门并夜袭孚远，29日下午，马军在东城墙北挖掘的地道顺利进入城内，被巡逻守军发现，守军急忙使用辣椒、烟杆和茅草烟熏地道，才使马军利用地道的进攻战术破产。10月30日黎明，马军引爆了东门下地道的炸药，同时使用机枪掩护，开始猛攻东门。东城门在炸垮后，守军动员数十名少年从两侧担土填堵，一昼夜竟然将缺口封出，至此马军攻势大减。不久，省军援军赶到，马仲英遂悻悻撤军。
经过半月交战，盛世才深感军力之不足，为了达到自己独霸新疆的野心，他一方面在军事上竭力阻挡马仲英的凌厉进攻，另一方面又开始施展政治手腕，这次他的目标是苏联。盛世才与马仲英的第二次战争开始后，盛世才便有目的地与苏联驻迪化总领事孜拉特肯进行密商，孜拉特肯将商谈经过详细汇报给莫斯科，同时盛世才又委派新疆外事处处长陈德立借口去苏联治病，与姚雄一起于1933年10月经塔城赴莫斯科接洽。11月2日，盛世才从前线突然返回迪化，会晤苏联总领事，为了继续商议细节，苏联特地派遣来原塔城外交特派员阿布列索夫接替孜拉特肯担任驻迪化总领事，实际上阿布列索夫受命全权负责与盛世才的谈判。
1933年12月，盛世才在迪化与苏联代表波哥丁签署了秘密协定。由于此事十分机密，有关协议的细节目前尚无详细的资料，根据一些当事人后来的回忆和后来发生的事件来看（如大卫·达林的《苏联与远东》），此协议涉及的范围相当广泛，大致有以下： 1、苏联援助盛世才价值300万卢布的军火，其中包括30架飞机（包含机组人员）、机枪、步枪、通讯器材等军火和战时物资。 2、苏联承诺苏联红军在盛世才认为条件许可的时候入疆平息马仲英及其他人员的叛乱 3、新疆统一给于苏联在新疆开采矿山、石油和金矿的让与权 4、新疆统一苏联由朱古察修筑一条铁路到迪化 5、新疆可以保留归化军，但对个别仇恨苏联政权者需要加以清洗，其职务应由苏联代表同意的军官代替。6、新疆必须清除对苏联怀有敌意的政府官员。7、新疆应当推行和扶植共产主义观念。
这些条款也是根据后来事态的发展和一些当事人回忆录中显露的蛛丝马迹来推测的，盛世才在1942年7月7日给蒋介石的信中也坦然承认曾经向苏联求援，但是他一口否认求援同时的附加条件，尽管如此，盛世才自己在回忆录《牧边琐忆》也承认苏联在新疆取得的许多权益包括开采独山子油矿，都是没有正式文字协议，而只有口头承诺。 本人并不想探讨苏联的意图，作为与苏联有着漫长国境线的新疆，在政治、经济上都有密切的联系，中国近、现代新疆历史重大事件，无不带有苏联的印记。
根据张培元妻妹的回忆，早在盛世才与苏联接洽之前，苏联就曾经与独霸伊犁的张培元进行过接触，苏方暗示只要张培元与苏联合作，苏联可以帮助其推翻盛世才从而扶持张培元，张培元虽然是一介武夫，却知道民族大义，断然拒绝说：“（与盛世才的矛盾）是我们中国人的家事，断无外人插手的可能！”从维护国家统一的观点上，张培元虽然后来兵败自杀，在人格上却比阴险狡诈的盛世才可圈可点。
马仲英也曾经与苏联进行过接触，从马仲英身边高参大多来自苏联留学生上来分析，以及后来马兵败后进入苏联来看，这种说法似乎比较可信，有资料显示，马赫英进入阿山和塔城后，受马仲英的命令先后多次与苏方联系，试图说服苏联支持马仲英推翻盛世才，但是此时的盛世才利用大西忠大造舆论，宣扬马仲英实为日本帝国主义在新疆的走狗，令苏联疑窦顿生，此事最后不了了之。
1933年年底，莫斯科塔斯社多次发表社论，评论新疆局势，言日英两国激烈争夺新疆，均有征服中亚进而进攻苏联的打算，苏联红军将在尊重中国主权的情况下帮助新疆地方政府平息局势。而盛世才在新疆遥相呼应，大骂马仲英为日本帝国主义的走狗。1933年12月9日，南京《救国日报》登载了张培元致南京国民政府的电报，电报称伊犁新编第八师已经截获了苏联运给盛世才的第一批军用物资，其中包括有服装、枪械、弹药、火炮等，并言盛世才以阿山、塔城两地做抵押，第二批物资正在途中，不久便到。马仲英派驻南京的代表也称：盛世才已经与某国订有密约。因此莫斯科12月11日塔斯社电称，中国报纸所登载的已将新疆土地割让给苏联的密约消息，苏联政府当局已就此授权塔斯社予以“切实否认”。
马张联合再围迪化
盛世才紧张与苏联密商的时候，正值马仲英围攻孚远，塔城附近的马赫英虽然被迫解除了对塔城的围攻，但其人马基本未受损失，此时再次与马仲英的军事行动遥相呼应，突然派遣副总指挥李福兴率主力偷袭绥来，一时间西线吃紧，刘文龙一天四次向正与马仲英对峙的盛世才拍发告急电，通报西路危急，迫使盛世才不得不撤回迪化，再次命令督办参谋长刘斌从塔城进攻李福兴，刘斌率领东北义勇军和归化军果然不负盛世才众望，经过激战，李福兴指挥的乌合之众抵挡不住刘斌久经百战的部队进攻而瓦解，李福兴本人也被生擒斩首，马赫英带残部3000逃向绥来，在呼图壁西南石梯子被刘斌部悉数歼灭。11月23日马赫英由于伤势恶化而死。 马赫英之死，是马仲英的战略上失败的第一步，盛世才解决了马赫英，已经牢牢控制了北疆。同时刘斌的部队开始从塔城向伊犁步步紧逼，试图逼迫张培元就范。
军事上取得胜利的盛世才又开始整肃内部，他在迪化炮制了一系列所谓的“阴谋暴动案”，借以打击内部“不稳定分子”，“扣押了阴谋叛乱分子，消灭了与张马两逆里应外合的危险。”事实上这些所谓的“阴谋”案件内被逮捕的人员大多是参加412政变的旧官员，包括东北义勇军大多数指挥员和归化军头目，如东北义勇军将领郑润成、杨耀均、苏国、杨炳森、李丹初；归化军指挥巴平古特、格里米肯等数十人，其中郑润成为黑龙江抗日救国军第15旅旅长，苏国为黑龙江抗日救国军总部参谋长，杨耀均为吉林抗日自卫军总部参谋长，杨炳森为吉林抗日自卫军炮兵指挥，这些人后来在1939年左右均被盛世才秘密处死。就连新疆省政府主席刘文龙也被盛世才诬陷为“企图谋刺”而被囚禁长达10年之久。无论盛世才这一行为是否是与苏联密约的一部分，借此举彻底清除反盛势力，从而建立起以盛世才为中心的集权制独立小王国，却是盛世才关键的一招。
盛世才军事上的步步紧逼和政治上打击异己，令伊犁张培元十分不满，张培元随即发表告新疆全体民众书，宣称要与马仲英合作，在新疆南北实行分治，并彻底消灭盛世才。1933年12月27日，张培元在伊犁发表通电，自封为北疆总司令，表示与南疆总司令马仲英联合讨盛。但是由于当时通讯手段落后，马仲英并不知晓张培元的举动。
1934年1月1日，张培元部攻陷塔城，缴获了苏联运送给盛世才的大批枪械，并击毙了盛世才派到塔城负责守备的原迪化警备司令邢占元。随后张培元主力杨正中旅开始向迪化方向攻击前进。盛世才连忙委任刚歼灭马赫英部的刘斌为伊犁代理屯垦使兼讨逆军总司令，指挥归化军第二团、第四团、东北义勇军于旅、武团、汪、阎二营共3000多人，从绥来向乌苏进发迎击张培元。这时应盛世才的要求，经过精心准备的苏联红军两个旅，诡称“阿尔泰军”（意思是从阿尔泰募集的归化军）从苇塘子进入塔城，掐断了伊犁与前方张培元军的联系，同时苏军一个加强团，诡称“塔尔巴哈台军”（意思为从塔城募集的归化军）从霍尔果斯进入伊犁，直捣张培元的老巢。进入伊犁的苏军炸毁了惠远城南北两座城门和火药库，拔除了张培元的大本营，逮捕了各级官员。在苏军入疆参战的鼓舞下，刘斌部在呼图壁三道河子相遇杨正中旅，杨旅军心涣散，大部分官兵不战而降。杨正中只得带残部退守精河。而张培元在伊犁遭到苏军釜底抽薪雷霆一击，顷刻瓦解，张培元见大敌东西夹击，大势已去，情急中准备从伊宁翻越天山逃亡阿克苏。1934年1月6日走到铁板沟，突降狂风大雪，饥寒交迫中随从士兵纷纷逃回伊犁，绝望中的张培元无力制止，留下遗书一封，哀叹“一误于罗部长，再误于杨正中”，遂开枪自杀。杨正中得知张培元自杀消息，欲率残部夺回伊犁，而苏军大部队随即猛烈攻击，杨正中寡不敌众，只得翻过天山进入南疆，后来他们在库车加入了西逃的马仲英部，杨正中则辗转逃到敦煌。
1934年1月20日，省军开进伊宁，盛世才任命刘斌为伊犁屯垦使兼伊犁警备司令，宫振翰为伊犁区行政长，进入伊犁的苏军自行撤回，而张培元的新编第八师残部被盛世才改编为新疆边防军第七旅，自此张培元势力在短短20天的时间内土崩瓦解，令南京国民政府和世人目瞪口呆。
马仲英并不知道张培元失败的消息，张培元通电讨盛的时候，马仲英派驻迪化准备与盛世才谈判的代表苏继善得知消息，星夜返回吐鲁番向马仲英汇报。马仲英认为这是千载难逢的好机会，于是在1934年1月12日晚指挥万人突然包围迪化，准备速战速决，一举消灭盛世才。 盛世才在迪化亲自任城防总司令，任命杨耀均为前敌总指挥（后以哈玉良接替），在乌拉泊、仓房沟部署别克迭耶夫为旅长的归化军两个骑兵团，在大湾、宁夏湾、飞机场一带部署了张风仪、尤得胜、孙庆麟、蒋有芬的部队，命令孟熙步兵旅会同一个团守卫红山、六道湾、碱泉子沟、水磨沟，杨树堂旅守卫西大桥，卢毓林和商团守卫南关和西关，督办公署教导营和军校学生、中等师范学生守卫汉城和满城，盛世骐指挥卫队团负责护卫督办公署。省军在迪化驻军约有9000人，加上各大中学校学生、商团、民团总数大约有2万之众。
1934年1月12日晚，省军防守部队与马仲英主力在迪化郊区芨芨槽子激战竟夜。省军不支退守城区，13日凌晨，马军已经将迪化围得如铁桶一般，马军骑兵势不可挡，潮水一般猛攻南梁，省军则顽强阻击，双方各不相让，打的难解难分，伤亡都很惨重，形成了对峙局面。 1月16日，马仲英见南梁进攻进展不顺，便集中力量转而攻击省军防守薄弱的飞机场、无线电台等地，17日凌晨两地均被马军顺利占领，省军防线出现了一个大缺口。17日上午，由于省军主力当时都在城外设防，迪化城内空虚，情急之下盛世才组织大批学生临时参战守卫城池，并紧急组织民团、商团3000多人，仅发放长矛、斧头登城防御。
同时再次紧急请求苏联红军援助。据盛世才当时的副官赵剑锋回忆：在马仲英围攻省城的三十多天中，盛世才每隔一两天就在夜晚派车接苏联驻迪化总领事阿布列索夫到督署商谈军事，主要是促请苏联政府出兵帮助之事。 马仲英占领飞机场时，夺取了一架飞机，马仲英随即强迫驾驶员张绪芝驾驶飞机，马坐飞机上持枪威胁驾驶员向盛世才的督办公署投弹，张绪芝无奈投出三枚手榴弹，同时还投下劝降的传单，均未起到丝毫作用。 1月18日，苏联红军从塔城派出飞机前来援助盛世才，这些飞机使用重型炸弹不间断轰炸马军阵地。当时参与轰炸的苏联飞行员亚历山大巴尔敏回忆说：“我们奉政治局的命令，运送一些飞机和炸弹到新疆边境，在那里停留了一些时候，因为通迪化的公路被叛军阻断，最后由驻扎在那里的红军空军负责这项运输，他们把我们运交盛世才的货物交付了，办法是将炸弹直接投掷到迪化周围的叛军头上，并将飞机直接降落在这一围城的机场。我奉命将炸弹以及其他货物的清单交给盛世才。这一来盛世才可以打击其敌人并使回教阵营中的缠回不敢有所行动了。”
苏军的轰炸收效极大。此后凡是晴天，苏军飞机就成群结队进行轰炸，给马军造成很大伤亡。1月19日凌晨，马仲英集中优势兵力，利用苏军飞机未到的时间，突然对南梁发起猛攻，守卫在这里的省军不支溃退，危急中盛世才赶到前沿，接连亲手枪决了三名溃兵，才震慑了全军，稳定了防线，溃散的省军在盛世才的威逼下拼死一战，在增援来的归化军援助下又抢回了丢失的阵地。一天恶战后，马军伤亡高达千人，再无气力对迪化发起大规模进攻了。
一战消灭了张培元的苏联红军，现在回身开始东进，马仲英权衡局势，认为苏军更具威胁，1934年1月19日，马仲英抽调军队向昌吉集结，在昌吉头屯河与不久前抵达这里的马虎山会合，一同抵抗红军。1934年1月31日，苏军红八师在赵德寿的率领下会同省军一部抵达昌吉。当夜省军和红军召开军事会议，决定先肃清昌吉周围马军，再进攻集结在头屯河的马军主力，然后向迪化挺进。
一败涂地走南疆
迪化被马仲英第二次围困，盛世才和第一次被围时的金树仁一样窘困。从苏联归来的东北义勇军战斗力虽强，也仅仅能够保卫迪化周边地区，能否守卫住迪化都是问题，更不能奢谈消灭马仲英。包尔汉在他的《新疆五十年》中回忆道：“盛世才当时唯一的希望是苏联红军迅速来援，他接二连三地向塔城的姚雄和我发出告急和探询红军入境情况的函电。由于交通阻塞，自塔城南下的红军，在农历二月初才到达迪化以西的头屯河。他的先锋部队吃了败仗，牺牲了不少人，后来凭借重武器和装甲车才突破马军的防线，到达省城。”包尔汉的回忆有误，实际上苏联红军抵达头屯河的时间并非“农历二月初”，而是西历二月初，即二月一日。 苏联红军号称阿山军，兵力大约一个师，当时省军称之为红八师，全部是摩托化步兵，名义上以盛世才的代表赵德寿为总指挥，实际上赵只是协调红军和省军行动的中间人。
1934年2月3日拂晓，苏军肃清了昌吉周围马军据点后，开始向头屯河马军主力发起进攻。省军两个骑兵团负责护卫苏军两翼。苏军步兵开始进攻不久，就领教了马军骑兵的威力，尽管苏军火力凶猛，但对快速机动的马军骑兵还是显得力不从心。双方激战到中午，马军在马虎山的指挥下，不断使用骑兵以波浪队形，不断对苏军发起冲锋，苏军步兵伤亡惨重，被迫放弃进攻，不久在马军骑兵的突击下，苏军正面防线被马军突破，锐不可当的骑兵一鼓作气冲到苏军后方载运伤兵的汽车运输队中，将苏军伤兵和汽车悉数焚毁。红军狼狈败退昌吉城内，两翼准备包抄马军的省军骑兵见势不妙，也随即逃进城内。马军伤亡也很大，未乘胜追击，双方沿头屯河开始对峙。
头屯河一战，苏军被迎头痛击，痛定思痛，连忙调派机械化部队从塔城入境增援，同时从省军骑兵手中调集马匹，成立了1个骑兵连，用以侦察马军动态。2月6日，苏军除防守昌吉城外，在昌吉东门外部署了重炮12门，昼夜不停地炮击马军阵地，并调派大批飞机，每天早10点到下午4点，不间断地对马军阵地和后方实施轮番空袭。猛烈的炮击和空袭持续了整整一周，轰炸之猛烈，致使昌吉城内所有的玻璃窗都被震碎。连日轰炸扫射，给马军以及从迪化赶来增援马虎山的马军造成了极大伤亡，精心构筑的工事几乎全部被摧毁，马军总指挥马虎山也在战斗中腿部负重伤，无奈下马仲英只好下令将大部队撤往迪化郊区，在头屯河仅留少量部队防守。
2月12日，苏军机械化部队6辆坦克、20多辆装甲车陆续抵达昌吉，同时盛世才从奇台、阜康派遣来另两个省军骑兵团也绕道到达昌吉。2月13日。农历除夕拂晓，省军骑兵第一团为先锋，苏军机械化部队和摩托化步兵随后，省军两个新来的骑兵团为左翼，苏军临时组建的骑兵连和省军两个骑兵连为右翼，省军张玉堂骑兵团为总预备队，开始向头屯河以东马军发起总攻。苏军在大炮和飞机配合下，激战两小时，马军全线溃退。苏军经大、小地窝堡、老满城抵达迪化西大桥。此时，防卫迪化的盛世才指挥城内省军从城内配合苏军也发起进攻，在双方夹击下，马军迅速收缩，于傍晚全部撤退到芨芨槽子，此时天色将黑，天降大雾，能见度很低，省军和苏军未追击败退的马军，使马仲英能够从容撤走。至此，迪化被马军围攻3 2天之久的第二次迪化攻防战结束，这一天也是农历新年除夕，饱经战乱的迪化百姓过了一个喜庆的新年。
马仲英撤军，并没有直接返回吐鲁番，而是把主力留在达坂城，马仲英希望能够再次利用达坂城的地形优势，挫败盛世才的军事进攻，从而避免失败的命运。省军由于先前在芨芨槽子和达坂城数度惨败，进抵芨芨槽子后也十分忌惮，况且连日大雾，也不利于继续进攻，双方对峙了半月。
盛世才在苏军的帮助下，成功解除了迪化之围。苏军进城后，盛世才召开了盛大欢迎仪式，在仪式上，盛世才痛骂马仲英为日本帝国主义走狗，号召全体省军将士一鼓作气消灭马仲英。
3月2日，连日的大雾终于消散，苏军和省军6000多人抵达芨芨槽子，3月4日前进到达坂城下。 马仲英使用的战术和上次痛击盛世才一模一样，全军登山，依险挖掘工事据守。3月6日，省军骑兵为左翼，归化军骑兵为右翼，东北义勇军步兵旅和苏军步兵在苏军坦克、装甲车的配合下开始正面进攻。马军居高临下，占据优势，给进攻一方造成很大困难。但是这次马仲英面对的不再是缺枪少弹的盛世才，而是装备精良、训练有素的苏军正规部队。在进攻达坂城周围山地的战斗中，苏军成功使用了地空协同作战战术，首先使用重炮轰击马军阵地，同时飞机不停盘旋扫射轰炸，然后步兵发起连续冲锋。时任省军骑兵第一团团长的金国珍回忆当时情景：“我那时带着两个战士，负责给飞机铺示敌人目标布板，当飞机俯冲经过我和布板时，沙石飞击，风力能将人吹动”。苏军飞机轰炸仅3月6日一天就有360多架次。激战到第二天中午，马军在大炮和飞机的猛烈轰炸扫射下，死伤过半，士气大为低落，大部分占据的山峰和主要据点，均被苏军和省军攻占。马仲英只好下令撤退，经托克逊一路败逃，向南疆窜去。撤退途中丢弃大批枪炮辎重，来不及撤退的马军200余人被俘（这些俘虏旋即被苏军就地枪决）。自此，马仲英的势力被彻底赶出了北疆。
“西去的骑手”
早在占领吐鲁番后，马仲英就开始筹划扩展自己在南疆势力的计划，还没有与盛世才大规模冲突的时候，马仲英打算先在南疆经营出一块属于自己的势力范围，因此当盛世才扣押张雅韶的时候，马仲英正在焉耆检阅马世明的队伍，在焉耆，马仲英除布置防务外，还令马福元率领6000人马南下，名义上是援助被和加尼牙孜围困在喀什的马占仓，实际上想借机扩展地盘。 南疆塔里木盆地之乱由来已久，可追溯到哈密事变。哈密大乱后，在少数人的煽动下，各地回民纷纷响应，各派势力割据一方相互攻击，先有铁木尔占据阿克苏，继而穆罕默德伊敏占据和田，之后铁木尔、马占仓互攻喀什。马占仓被铁木尔等围困在喀什汉城，回城则被穆罕默德伊敏、麻木提等占领。
1933年12月12日，正值马仲英、盛世才、张培元在北疆鏖战不已的时候，南疆一些极端分子在喀什成立了所谓的东土耳其斯坦共和国，推举和加尼牙孜为“总统”，以喀什人沙比提大毛拉为“国务总理”。这个伪政权一成立便四下活动，陆续要求周边国家承认其“独立”。正在这时，马仲英派遣来的马福元部一路经过库车、阿克苏、巴楚，前来营救被围困的马占仓部。马占仓和马邵武自东土伪政府成立后，一直坚守喀什汉城，拼死抵抗，终于在1934年2月6日盼到马福元援军解围。随后，两路人马共同攻打喀什回城，激战中，马世明阵亡，但东土伪政府无力抵抗马军的凶猛进攻，沙比提大毛拉弃城逃往叶尔羌，这个所谓的“独立”伪政权仅仅存在了不到3个月便土崩瓦解。
马福元、马占仓等在喀什的胜利之时，也是马仲英在北疆一败涂地的时候。达坂城战败后，在苏联红军机械化部队的追击下，马军溃不成军。3月13日，疲惫不堪的马仲英带领他的司令部到达库尔勒，在这里，他遇到了著名地理家、瑞典人斯文·赫定带领的“中国铁道部西北公路查勘队”，斯文·赫定当时已经是闻名世界的探险家，这次他带领的勘探队拥有数辆汽车，这引起了马仲英的兴趣，毕竟汽车要比马走的快，况且他还有一个不便骑马而且又不能丢下的伤员--他的姐夫、得力助手、36师副师长马虎山。
斯文赫定后来在他的《丝绸之路》一书中回忆了这段经历： “3月13日，对我们来说是很不寻常的一天，早晨，镇上到处后是一群群东干军队。据说，败将马仲英也到了这里。他派几名军官到我们住处，抱歉说他不能亲自来看我们，并说他不得不借我们4辆卡车用一下。赫默尔（勘察队的队医、瑞典人）也被叫去给他一个腿上受伤的部下（指马虎山）看病......正装车的时候，头顶响起了飞机的轰鸣声......飞机是苏制的，扔下了29枚炸弹，只炸死了一两个人和几头驴......马仲英本人上了埃费（司机、瑞典人）的车，坐在驾驶室里。据埃费说，他们这两个年轻人--一个23岁，一个21岁--在去库车的路上，相处的不错。”
马仲英借助埃费驾驶的汽车抵达了库车，从而脱离了苏军的追击（苏军于3月16日夜就追进库尔勒，斯文·赫定等被苏军以帮助马仲英逃走为由扣押了半个多月）。在库车马仲英遇到了在杨正中带领下，从伊犁历尽千辛万苦翻越天山的张培元第八师残部，杨正中在库车见到马仲英，表示愿意接受马的收编，马仲英立即任命杨正中为36师副师长，一干人继续向喀什方向撤去。
喀什回城被马军攻破后不久，马仲英就率部抵达喀什，驻喀什的英国和苏联领事都前来欢迎，此时的马仲英已经听从了他身边参谋们的劝说，准备依靠苏联。这些参谋大多和张雅韶一样，都有共产党背景，如当时马仲英的总顾问蔡雪村（陕西人，脱党的原共产党员）、参谋长吴应祺（河南人，苏联基辅军校毕业生，共产党员）、代秘书长葛霁云（脱党的原共产党员）等。因此马仲英接受了苏联领事的邀请同车进入喀什。进入喀什后，马军内部产生了分歧，以蔡雪村等为首的参谋军官主张依靠苏联、与盛世才和平共处，而以马虎山为首的作战军官则激愤于盛世才的狡诈阴险，表示与盛世才势不两立，要依靠英国人的帮助和盛世才周旋到底。最后还是马仲英下定了决心，作出了依靠苏联、与盛世才合作共同维护新疆统一局面的决定。
马仲英消灭了所谓的“东土耳其斯坦共和国，不但扑灭了英国染指南疆的企图，还不断向苏联领事表示友好，苏联政府的态度也随之发生了转变。苏军一路追击马军到巴楚，4月11日，省军500余人，和加尼牙孜部下万余和苏军600人，在苏军坦克、飞机支援下，对马军防守中心巴楚发起总攻，一战击溃了守卫巴楚的马军，然后苏军借口喀什有英国领事馆而停止不前。苏联人的意图很明显，保留马仲英势力在南疆，一可以维持苏联在南疆的势力范围，二还可以制衡盛世才。在这个指导思想下，在苏联领事的斡旋下，盛世才和马仲英暂时停止了军事行动。马仲英的第36师驻地划定在和田、莎车一带。喀什则由盛世才委派的刘斌部东北义勇军驻扎。
与盛世才停战后，在英国领事的暗中帮助下，满素尔在和田自不量力地成立了“伊斯兰教王国”，马仲英马上派遣马虎山率领两个骑兵旅、一个炮兵营，经过激烈战斗，击毙了满素尔，收复了和田全境，马仲英的36师也在南疆站稳了脚跟。 在喀什驻扎期间，马仲英对部队进行了重新整编，部队编为9个骑兵旅，一旅马彦良（后到苏联学习，解放后任宁夏政协副主席）、二旅马如龙，三旅鲜福海，四旅马福元，五旅马生贵（后投靠盛世才，被盛世才杀害），六旅、七旅马有才，八旅，九旅马世杰。另外还设炮兵、工兵、特务、通讯四个直属营。每旅1300人，全师总兵力约15000人。
1934年4月到7月间，马仲英在喀什经常与苏联领事接触，表示自己愿意去苏联学习，以便将来整训军队。这个说法现在是比较正统的解释，以当时的情形，马仲英的这个想法有点奇怪。有资料说，马仲英去苏联有更深的幕后条件，苏联给马仲英的承诺是，马去苏联，则苏军给马军在和田安置一块保存实力的场所，马仲英本人可赴苏联进修并仍有指挥和田军队的全权。苏联领事坦言：如果马仲英不统一则将马军消灭迨净。因而，马仲英被迫同意进入苏联，为此他曾经在下属面前痛哭流涕述说其中苦衷。1934年7月中旬，在得到苏联政府同意后，马仲英带领蔡雪村、吴应祺、葛霁云等青年军官80多人，经依尔克斯塘边卡出国，进入苏联境内。经安集延乘坐火车抵达莫斯科，跟随马仲英的随从人员被分别送到各兵种院校学习，马仲英本人则开始学习驾驶飞机。1934年7月15日莫斯科塔斯社电称：“据苏联与新疆边界之依尔克斯塘来讯，南疆盛世才所率省军与东干军马仲英部下激战结果，马于7月10日偕军官三人，骑兵79人在依尔克斯塘镇附近越苏联边界，马氏本人及其随员均被缴械，且不准他往。新疆省政府于7也15 日向苏联驻迪化总领事阿布列索夫要求引渡马仲英，彼置之于法，苏俄当局以马为政治犯，拒绝引渡”。
马仲英西去苏联，任命马虎山为36师代理师长。马虎山占据和田、于田、叶城、洛浦、墨玉、塞图拉等县，在苏联的庇护下，盛世才也不再进攻。
1934年7月31日，盛世才在迪化发电给南京国民政府，报告说：“省军克复喀什、残匪溃退和田，现已全部缴械投诚，均经遣散，南疆勘定，新省军事已告一结束，积极办理善后，解除民众痛苦，哈密方面也以派遣重兵扼要驻防，现已筹备一切，以期早日恢复交通”。盛世才的报告显然不是事实，但“重兵扼守哈密”确有其事，但扼守这个交通要道的不是省军，而是苏联红军。在盛世才的要求下，苏联红军一个加强旅，配备坦克、骑兵、炮兵、空军，号称“红八团”，占据了这个通向内地的咽喉要道，这部分苏军一直到1943年盛世才背弃苏联投靠国民党时才撤离。
在苏联帮助下获得战争胜利的盛世才掌握了新疆军政大权，他深知苏联的支持对于他在新疆统治的意义，1934年秋天，盛世才开始抛出他的“八大宣言”即1、实行民族平等、2、保障宗教自由，3、实施农村救济，4、整理财政，5、澄清吏治，6、扩充教育，7、推行自治，8、改良司法。同时又抛出九项任务：彻底厉行清廉、发展经济和提高文化、避免战争，维持和平、努力春耕、便利交通、保持新疆永久为中国领土、反帝发法西斯和永久维持中苏亲善政策、建设新新疆、绝对保护各族王公阿訇喇嘛的地位和权利。其实，这些政策最终落实的也就是反帝亲苏的对外政策。关于这一点，盛世才曾经解释说：惟有反帝反法西斯才能解放中国和建设新疆，惟有维持中苏亲善政策，才能解放中国和建设新新疆。1934年冬天，盛世才把上述政策浓缩为“和平、反帝、亲苏”三大政策。最后又陆续增补，形成了盛世才的所谓六大政策，即：反帝、亲苏、民平、清廉、和平、建设。亲苏仅次于反帝位居第二，甚至比民族平等、政治清廉和和平建设都要重要，可见盛世才的真实嘴脸。
马仲英虽然远在莫斯科，但他仍然是36师的灵魂，从1934年到1936年，马仲英多次派遣随从人员回新疆传达自己的指令，36师也经常派遣军官进入苏联学习参观。但此前在喀什研究部队趋向时的分歧现在也逐渐越来越暴露，代理师长马虎山身居师长职位，在和印度进行贸易往来的期间，逐渐偏向英国当局，他暗中和英国联系购买军火，扩充实力，希望能够得到英国当局的帮助，利用时机打垮盛世才一解心头之恨。
1937年，喀什省军第六师在麻木提（和加尼牙孜旧部）的策划下发动叛乱，马虎山认为时机已到，置马仲英令36师会合省军平叛的指令而不顾，擅自调遣36师合同麻木提手下围攻喀什。1934年4月11日，马虎山坐镇莎车，指挥马军占领了喀什回城，包围汉城。
盛世才动员各路部队在苏联顾问柳正欣的指挥下前往清剿。6月3日，省军占领巴楚，但马上又被马军围困，双方在阿克苏一带激战不已，战局陷入僵局。危急之中苏军再次出兵，1937年9月，苏军出动以康斯坦丁诺夫为总指挥，夏克尔为团长的机械化部队一个团，在40架飞机、20辆坦克的配合下，从乌恰县吐鲁噶尔特山口入境，与此前驻扎在乌恰的苏军毛兰诺夫骑兵团和伊斯哈克伯克（就是后来任新疆三区民族军总指挥的那个伊斯哈克伯克）骑兵团会合，分兵两路，一路直去巴楚，把马虎山的部队一分为二；另一路直取喀什。苏军占领巴楚后，分兵攻打叶尔羌、皮山。马虎山的军队分崩离析，狼狈向和田溃退，在阿克苏河和叶尔羌河交汇处遭到苏军数十架飞机的狂轰滥炸，死伤大半。10月初，苏军吉尔吉斯骑兵团进入皮山，马虎山慌忙率少数亲信逃到印度，又辗转返回宁夏老家，后来马虎山投靠马步芳成了一个参议，解放后发动叛乱被解放军击毙。
苏军在莎车设立总指挥部，吉尔吉斯骑兵团和苏军机械化团分别驻扎喀什、和田。马仲英的36师到此被全部消灭。
至于马仲英，根据跟随马仲英进入苏联学习的马彦良回忆，1935年冬，中国工农红军到达河西走廊的时候，苏联派专家十多人，与马仲英等组成了一个联合参谋处，专门研究中国西北地形、国民党在西北的军事力量和迎接红军入疆的问题，这个参谋处连续工作了三个多月，后因红军西路军失败才停止。1937年，苏方得知麻木提叛乱，即派遣马彦良等在苏联学习的36师军官回国，苏方提出用苏联武器装备36师，协同盛世才共同剿灭麻木提，然后36师在和田保留一个团留守，其余全部入关参加抗日。马仲英同意这个主张。马彦良等回国时，马仲英亲自送到车站，指示马世杰去迪化与盛世才协商，然后回莫斯科汇报。然而当马彦良他们回到和田后，马虎山反对盛世才已如出弓之箭无法收回，马仲英几次来电制止都没见效。这是目前所能找到有关马仲英最后的确切消息。
关于马仲英最后的结局，现在还没有一个准确的资料。至少有3个说法，其一是在苏联学习驾驶飞机，飞机失事而亡，结合马仲英确实在苏联学习飞行的事实，这个说法较为可信，这也是国内广为认知的一个说法；其二是参加西班牙战争期间阵亡，这个说法出自哪里不清楚，有点匪夷所思，但不能排除有这个可能性；其三就是在苏联卫国战争中牺牲，结合马彦良的回忆，这个说法可能性最大，36师被消灭后，马彦良等人辗转来到延安，1938年10月在延安，马彦良见到了毛主席，毛主席说：“马仲英现在仍在苏联，你们以后可以见面”。但他们再没有见到他们传奇般的“尕司令”。马彦良解放后担任宁夏政协副主任，以他的身份和地位，他的回忆可信度极大，因此，至少在1938年底，马仲英还在苏联，那么他到底是死于苏联的肃反呢？还是在卫国战争中牺牲了呢？拟或真的阵亡在西班牙内战中了？真实的答案也许就在莫斯科某个档案馆内，正等到一个有心人去揭开这个谜呢。
閱讀更多 愛新疆 的文章
