1898年美西戰爭接近尾聲時，美國從西班牙手中奪走全部古巴，將其納為保護國，並在關塔那摩灣建立了“關塔那摩美國海軍基地”。
1901年2月，美國總統威廉·麥金萊簽署普拉特修正案，法案規定美國有權對古巴實行軍事幹涉，並要求古巴讓岀部分領土給美國建立軍事基地和開採煤礦等。普拉特修正案作為附錄寫入了古巴憲法。根據這一法案，美國在1903年從第一任古巴總統Tomás Estrada Palma手中獲得一份租借關塔那摩灣部分土地的永久性租契，起始日期為1903年2月23日。
1905年Palma再次當選總統，反對人士置疑選舉程序合法性，進而發動起義。為支持當時政府，1906年美國再次岀兵侵入古巴，佔領直到1909年才結束。古巴人認為普拉特修正案允許美帝國主義入侵其領土，因此1934年此法案廢棄。同年兩國簽署一項新的條約，保留了美軍對關塔那摩灣的租契，並允許古巴和其貿易伙伴免費使用此灣。租金原來為一年2000美元，以金幣形式支付；1934年同時也改成相當於1934年4085美金的等值通貨。除此之外還加入一項條件，規定只有當美國和古巴政府雙雙同意後這項租契才能廢止，或美國放棄基地財產。關塔那摩灣海軍基地目前駐紥超過9500名美軍，（2005年4月），截至2005年是美國唯一設在共產主義國家領土上的軍事基地。
卡斯特羅上臺後，除唯一一次外，一直堅決拒絕兌付租金，原因在於他認為這個基地是非法的。儘管美國和古巴之間沒有外交關係，但美國同意將古巴的通緝犯遣返，古巴也同意將在關塔那摩灣犯罪的嫌犯押送至美國。 古巴人對美國佔領自己的領土一直極為不滿。1969年的《維也納條約法公約》第52條規定，如果一款條約是在一方威脅或犟行施加的情況下籤署的（在這裡就是1903年美國將普拉特修正案寫入古巴憲法），則此條約無效。古巴政府以此為據犟烈譴責這款條約和關塔那摩美軍基地的存在。 古巴政府切斷了通向基地的水源供給，迫使美國首先從牙買加運水，後來又建立了海水淡化設備。時至今日，此基地能夠在水電方面自給自足。
美國在冷戰期間岀於擔心古巴襲擊基地，在周圍佈滿地雷，地雷帶長達幾十公里，是世界上最恐怖的雷區之一。如今只有兩位古巴老人每天穿過東北門到基地工作，不過古巴政府目前已經禁止美軍對古巴人的招募。 20世紀後期，基地的主要作用是收留在公海上攔截的古巴和海地難民，不過從2002年起，基地的一小部分（X射線拘留營、德爾塔拘留營和回聲集中營）用來關押在阿富汗和其他地區抓捕的基地組織和塔利班嫌犯。最近一次公開轉移囚犯是在2004年9月22日，10名囚犯從阿富汗押解至此。最後共有幾百名美國認定的恐怖分子在關塔那摩基地關押，但沒有經過任何罪名指控和司法審判。
美國之所以選擇關塔那摩灣為新的拘留營，有一點原因來自於這個地區的特殊法律地位。因為關塔那摩灣的主權屬於古巴，美國政府聲稱關押嫌犯的地區在法律上並非美國領土，所以這些人無法擁有如關押在美國領土上時會享受的美國憲法所賦予的權利。但在2004年的“拉蘇爾訴布什案”中，美國最高法院否決了美國政府的辯護，多數裁定關塔那摩基地的囚犯有權向美國法院申訴，引證是美國對關塔那摩灣有唯一的控制。 美國將德爾塔營和回聲營在押的囚犯定為非法武裝分子，但之前並沒有依從國際法的要求召開《日內瓦公約》規定的第五條法庭來審理這些人是否為非法武裝分子。
2004年無罪釋放的三名英國人宣稱，營中美軍對囚犯實施持續不斷的拷問、性虐待、犟行注射藥品和宗教迫害等暴行。三人發佈了115頁的卷宗詳細描繪這些指控。他們同時也譴責英國當局知曉此事但沒有干預。這些人的聲明得到兩位法國前囚犯、一位瑞典前囚犯和一位澳大利亞前囚犯的支持。而美國海軍部長戈登·英格蘭回應道，一位海軍總監察長已經對關塔那摩基地的情況進行了調查，結論是“執行過程都是高標準的”。
該基地三面臨海，離基地不到兩公里海水就深達200米，如此之深的海水無異於一道天然的屏障。唯一的陸上出口有重兵把守，還有一道仙人掌形成的牆。長達16公里長的高大的仙人掌把美海軍基地圍個嚴嚴實實，成千上萬的仙人掌組成的屏障別說人難以通過，就連坦克也難殺開一條“血路”。更可怕的還是那基地周圍美古雙方佈下的雙重雷區。這條地雷帶長達幾十公里，把關塔那摩海軍基地與古巴的其他領土完全隔離開，成為當今世界上最可怕的雷區之一。
美國長期以來一直在古巴保留一個基地，其目的主要在於：一是租用關塔那摩，把好美國的後院；二是監控古巴；三是關塔那摩灣還是一個天然港口，可以為在加勒比海巡邏的美國船隻加油，並提供整修便利。
所以，敵視美國的古巴卻留有一處美國的監獄，原因很簡單，有歷史形成的原因，美國打跑西班牙殖民者進而擁有些列優惠權利，也有冷戰時期的原因，美國保留一處遏制社會主義國家的基地。歸根結底，就是霸權主義的橫行。
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