黃河 原逕太行西，出大伾入海，與杞並無影響。南宋建炎二年（1128）東京留守杜充決河阻金兵，南下一支奪汴河侵杞，猶未為大害。至金大定二十年（1180年前）河分三流，南支由延津分出，經開封、封丘間入陳留、杞縣，至虞城以下合於主流，自此黃河正式進入杞縣。後經7次改道，或行杞西、杞北，或行城內，無不造成大患。尤其黃河行杞北之道，北距大河僅數十里，處"懸河"之下，屢被河患，據金大定二十年（1180）至民國33年（1944）764年間不完全統計，杞縣決口108次。
金代，治河無方策，當其南下侵宋時，"利河南行，以宋為壑"，當其遷都汴京後，又想"放水北歸，以御蒙古"，結果南道不治，北道不復，坐困至亡。
元代，"重運（河）輕黃"，對黃河始終未加認真修治，築堤亦只重北岸，杞在黃河之南，受害亦多。太宗六年（1234）八月（農曆，下不另注者皆農曆），決開封寸金澱淹南宋軍，至杞西分為三流，稱"三岔口"，北支行縣城北之汴河；中支直衝縣城；南支行縣城西南，縱貫杞境數十里，這是黃河進入杞縣後第一次大改道。當時杞縣境內3流奔瀉，地無淨土。乃馬真後三年（1244）中流潰決，漂沒田廬無數，至元二十三年（1286）十月，河決於汴，淹沒杞、陳、尉諸縣，徵民工20萬築堤。至元二十五年五月，河又決於汴，漫溢陳、杞、太。元 貞元年（1295）七月，元貞二年九月、十月連續決於汴，杞縣皆被災。大德元年（1297）三月，河決於杞，淹睢、杞等5縣。五月，始徵民工3．5萬人塞河。大德二年、三年黃河在杞境內蒲口（今屬通許）等96處決口，潰堤幹餘丈，洪水橫流，杞縣至商丘97所皆為洪水淹沒。大德三年秋，始徵民工修堤25處、65．15公里。大德八年五月，決祥符樂利堤（今郊區洛堤），大德九年六月，決陽武吳恩各，汴水漫溢，於杞北闢董盆口導入巴河，河小不能容，八月又於杞潰決，闢杞北新道，9年後（1314）始塞。皇慶二年（1313）六月河溢，開、陳、杞、睢、毫皆災。延祐三年（1316）六月決汴溢杞。延祐五年（1318）決杞之小黃今開封縣杜良鄉黃鋪，淹杞、太、陳、潁等州縣。大司農遣都水監於汴，次年二月分監修治，三月工竣。延祐七年河決汴之蘇村、七里寺漫溢至杞。至治二年（1322）正月，河溢儀封泛杞。泰定二年（1325）河溢汴，決杞，淹15縣。至順三年（1332）五月決開封、蘭陽。順帝至元三年（1337）溢蘭陽，以上各次，皆災及杞縣。
明代河患無減。洪武七年、八年、十一年、十四年（1374、1375、1378、1381）數決開封、蘭陽，杞皆被災。洪武十七年八月，決開封東月堤，杞縣首當其衝，導入睢水不能容，又導入巴河，巴河又決，杞北大災，後徵工塞之。洪武二十四年決陽武黑洋山（黑羊山），主道稱"大黃河"，其支稱"小黃河"，過蘭陽、杞北，這是黃河進入杞境後第二次大改道。洪武二十五年河決，淹開、陳、杞、淮11州縣。永樂二十年十月，決開封，杞境橫流數十里。宣德三年（1428）七月決滎陽，分注渦、汴二水，開、陳、杞河皆漫溢。正統十三年五月，河決滎陽孫家渡口，經杏花營、尉氏、通許，東向杞之陡牆（今通許鬥廂）又東南行杞之常寨再分二支，南行之一支經蘇家所（今蘇所）、王堌、沙窩（今沙沃）、雅陵崗、鄧圈、鹹崗（以下去向失載）；東行之一支過高陽、富家屯（今前、後傅屯）、蘇木崗、邢口，經行杞境70餘里。上述二支以南，又有一支從通許邸閣流入杞縣五岔口，東南行周花坡、左家寨、（地望今佚）、翟陵、兔崗（今吐墨崗），至竹林南入太康馬廠，此支經杞20餘里。上述3支在杞南並行40餘年無人修治，至弘治二年（1489）大河上游北移始斷流。這是第三次大改道。成化四年（1468）決於祥符，漫溢泛杞，成化二十年、二十二年兩決於杞，水至城下。弘治年後，治河方策改為"北岸築堤，南岸分流"。弘治二年（1489）河自中牟以上北移，從祥符於家莊分出一支，經蘭陽之白家口（今白口）流向杞之秋樹營、內黃集（兩村於1928年劃入民權），經杞20餘里，這是第四次改道。嘉靖朝治河改為"歸水於一槽，以堤束水，以水攻沙"。嘉靖二十六年（1547）河決開封西北，其一支從杞南五岔口入境，經荊崗、虎備崗、常營，下入太康合渦入淮，杞南又增一新道，嘉靖三十六年（1557）河移儀封出杞。自金大定二十年（1180）入杞計377年。出杞以後杞之河患皆從境外決入。萬曆五年（1577）八月、萬曆十五年七月、萬曆二十七年六月，三次在劉獸醫口決堤（今開封市郊楊橋一帶）；萬曆二十九年九月決祥符槐疙瘩（今開封縣軍張樓西），萬曆四十四年六月決祥符陶家店、張家灣、朱家寨，以上數次杞皆被災。崇禎五年（1632）河溢至杞，平地水深2尺。崇禎十五年六月，明軍決朱家寨淹圍攻開封之李自成軍，九月又決朱家寨、馬家口，淹沒開封，下溢至杞，致使"盡杞之田，皆成鹼滷"。決後無人修治，兩年後（1644）之夏，河自復故道，杞始無水，全縣千村薜荔，萬戶蕭索，蓬蒿遍野，人口十不存一。
清代治黃仍次於運河漕運，但因省城開封之故，始加強南岸堤防，置河道總督，飭令地方長官修河，但積弊難改，河患如舊。順治四年、五年、七年、十四年、十七年（1647、1648、 1650、1657、1660）頻繁從開封、儀封決口，杞皆被災。康熙元年（1662）六月，決開封，溢杞縣。康熙三年六月又決溢至杞。康熙四十八年河決蘭陽雷家集、儀封洪邵灣、水驛、張家主等處，杞北又災。乾隆二十六年（1761）七月河決中牟陽橋、祥符黑崗口等17處、蘭陽頭堡等3處，河水溢杞，至冬十一月始堵複決口。乾隆四十三年六月決祥符時和驛、儀封十堡等6處，杞又水災。乾隆四十六年決儀封青龍崗，由蘭陽三堡開新道，二年後之三月導水入商丘七堡之故道，切斷青龍崗泛道令水入新河（即今蘭考北關河道），這是第五次大改道。道光二十一年（1841）六月，河決下南廳祥符上汛三十一堡（今市郊張灣），決口267米，到次年二月始堵復，時杞境洪水橫流，大水圍城經年，經努力護守，城牆始免傾覆。道光二十三年又決溢至杞。咸豐五年（1855）六月十九日決儀封銅瓦廂（今東壩頭西），次日，全河"奪溜"，東壩頭以下水道不行，結束了黃河南犯淮河的歷史，也大大減輕了對杞縣的危害，這是第六次改道。
民國時期多次加固堤防，也曾試辦黃河水利，但行動甚差，河患仍不時發生，最嚴重的一次是民國27年（1938）6月9日蔣介石炸花園口決堤，全河奪賈魯河之道南下，其中從中牟之分支，奪渦河行杞西南邊境，杞南31村淹沒，死亡流離萬人，這是第七次改道。民國32年10月2日，國民黨河南十二督察區專員薛廣漢又從新黃河東岸自中牟至太康決口11處，長7500餘米，其中在杞境者有孟莊、石寨等四處，共2000餘米。杞南百餘村被水，死亡流離5萬餘人。至民國36年3月15日花園口"合龍"，河水復行故道。
建國40年來，杞縣對黃河戒備無懈，1958年以來，又先後開挖蘭杞乾渠及其配套工程，引黃灌田，放淤改沙，漸得黃河之利。
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