1942年，經濟學大師凱恩斯在英國皇家學會發表演說，將牛頓這位歷史上著名的科學家描繪成一個極受爭議的形象：
“牛頓並非理性時代的第一人，卻是最後一個鍊金術士。他是最後一個偉大的智者，他和那些近一萬年前就開始構建我們知識遺產的人一樣，用相同的目光在可見可知的世界中搜索。”
牛頓是一個鍊金術士？這和我們聽聞的偉大科學家的形象完全不符。筆者查閱資料發現，從12世紀到牛頓年代的五百年期間，歐洲是鍊金術世界的中心。當時在英國，鍊金術被視為非法活動，英國教會害怕失去對百姓靈魂的控制，而宗教之外的權威者則擔心如果鍊金術一旦成功，國家的現狀、社會的秩序就會被擾亂。雖然如此，17世紀末期的鍊金術仍然蓬勃發展，牛頓也沉迷於此。
當時化學和鍊金術之間還沒有被區分開，想研習化學的人往往無可避免地發現他們正面對一堵寫滿鍊金術的牆。企圖尋找點金石的人，如果沒有走上一條充滿神話和巫術的道路，也只能在有限的化學傳統上構築自己的理論。鍊金術士自認為遠比化學師優秀，主要是因為實行鍊金術者與所施之術有靈感交流。
牛頓的學問是建立神學基礎上的，作為科學家兼牧師，他希望通過探索自然來揭示造物主的存在及其普遍作用，正如他所說，“通過事物的現象瞭解上帝，實在非自然哲學莫屬”。牛頓認為重力可以使宇宙中行星發生運動，但假如沒有神的力量，它絕不可能使行星進入這樣一種旋轉運動。同時，牛頓也不同意上帝在六天的建設性的工作之後就放棄辛勞，把這個物質世界留給自己來設計。他強調上帝全能全智，他創造了並時刻主宰世界——上帝不僅給這個世界機器提供動力，而且還按照其自由制定的規律積極“驅動”著這個宇宙。
牛頓屬於科學昌明之前的矇昧時代，在當時有神論的文化背景中，他致力於解碼全能之神留在物質世界的秘密。以近代人的眼光看，他不可能是純粹科學家，但也不是傳統的鍊金術士，他和同時代的偉大人物一樣在火爐上架起坩堝和蒸餾器辛勤工作，希望有一天能找回上帝丟落在自然中的智慧。
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