1942年，经济学大师凯恩斯在英国皇家学会发表演说，将牛顿这位历史上著名的科学家描绘成一个极受争议的形象：
“牛顿并非理性时代的第一人，却是最后一个炼金术士。他是最后一个伟大的智者，他和那些近一万年前就开始构建我们知识遗产的人一样，用相同的目光在可见可知的世界中搜索。”
牛顿是一个炼金术士？这和我们听闻的伟大科学家的形象完全不符。笔者查阅资料发现，从12世纪到牛顿年代的五百年期间，欧洲是炼金术世界的中心。当时在英国，炼金术被视为非法活动，英国教会害怕失去对百姓灵魂的控制，而宗教之外的权威者则担心如果炼金术一旦成功，国家的现状、社会的秩序就会被扰乱。虽然如此，17世纪末期的炼金术仍然蓬勃发展，牛顿也沉迷于此。
当时化学和炼金术之间还没有被区分开，想研习化学的人往往无可避免地发现他们正面对一堵写满炼金术的墙。企图寻找点金石的人，如果没有走上一条充满神话和巫术的道路，也只能在有限的化学传统上构筑自己的理论。炼金术士自认为远比化学师优秀，主要是因为实行炼金术者与所施之术有灵感交流。
牛顿的学问是建立神学基础上的，作为科学家兼牧师，他希望通过探索自然来揭示造物主的存在及其普遍作用，正如他所说，“通过事物的现象了解上帝，实在非自然哲学莫属”。牛顿认为重力可以使宇宙中行星发生运动，但假如没有神的力量，它绝不可能使行星进入这样一种旋转运动。同时，牛顿也不同意上帝在六天的建设性的工作之后就放弃辛劳，把这个物质世界留给自己来设计。他强调上帝全能全智，他创造了并时刻主宰世界——上帝不仅给这个世界机器提供动力，而且还按照其自由制定的规律积极“驱动”着这个宇宙。
牛顿属于科学昌明之前的蒙昧时代，在当时有神论的文化背景中，他致力于解码全能之神留在物质世界的秘密。以近代人的眼光看，他不可能是纯粹科学家，但也不是传统的炼金术士，他和同时代的伟大人物一样在火炉上架起坩埚和蒸馏器辛勤工作，希望有一天能找回上帝丢落在自然中的智慧。
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