萨尔浒大败之后，辽东明军主力遭到毁灭性打击，明朝被迫由进攻转入防御。但是战固难言，守亦未易。单从地图上看，沈阳地处南北要冲，又是辽阳的屏障，距离敌人也最近，无疑是最危险的。户部给事中官应震上奏，目今急务，似当以重兵屯沈阳，防其直犯。开铁、宽叆次之。
然而重兵不是想调就调的来的，萨尔浒之前调兵就困难重重，如今大败之后，更加无人肯去。朝廷催发西北各镇兵万余，但各镇大都观望拖延，如宣府总兵刘孔胤屡催不发，甚至鼓动军士鼓噪，巡抚赵世谔始不但不加惩治，反而上表请罢援辽。兵部尚书黄嘉善无奈题称，调兵遣将，奉严旨屡催，一兵未动，怠缓之罪，各镇难辞。
重兵一时难以调集，指挥人员调整相对容易。三月十七日，以江西左布政王在晋为都察院右副都御史，巡抚山东。廿三日，丙午，升原任御史熊廷弼为大理寺左寺丞，兼河南道监察御史，宣慰辽东。廿六日，以贺世贤加升副总兵，专管援辽。四月初一日，改赤城兵备薛国用为开原道，顶替萨尔浒战没的开原道臣潘宗颜。四月初七，令锦衣卫右都督李如桢以原官挂印镇守辽东、河东地方，兼备倭总兵官，前去代替萨尔浒大战中举措乖张的兄长李如柏。
没想到先是薛国用这个怂货借口与李如柏父子兄弟有仇，坚决不去。只好降其二级，改任兵部主事韩原善升补。接着新任总兵李如桢，又在山海关找麻烦，他自认是以原官援辽，也就是锦衣卫右都督，乃宫保之衔，不肯以武将身份参拜总督汪可受。兵部尚书黄嘉善责问其，如果你李如桢以锦衣卫官身份，那你还是个候旨待罪之臣，若谓为总兵，朝廷明旨听经略总督节制，你凭什么不拜？万历也下旨斥责，总兵谒见督臣，自有定礼，李如桢既听经略总督节制，岂可不遵？毋得执拗取罪。这才把李如桢的气焰压下来。
更急迫的经略人选此时仍无定论，败军之将经略杨镐、巡抚周永春、总督蓟辽汪可受等人都属于待罪理事，廷臣纷纷请以熊廷弼经略辽东。但万历帝似乎对老熊不甚感冒，只发表熊廷弼宣慰辽东，虽然一面以催熊廷弼赴京，一面却仍令兵部再推荐经略人选。甚至到五月十六日熊廷弼陛见之后，仍迟迟不见任命。倒是熊廷弼自己急了，于六月五日上表，宣慰使就宣慰使吧，只望速发出关，以免误事，仍是没有回音。
时间不等人，明朝方面布置未定，八旗大军已休整完毕，努尔哈赤一面遣部众于抚顺关外筑城修寨，清河路添设栅壕，防备明军偷袭老巢，一面亲统大军于四月初九掠铁岭、柴河、抚安等堡，进至铁岭仅十五里处，铁岭守军闭门不战，一炮不发。二十九日又深入抚顺，再以偏师躝铁岭、抚安堡。六月十五日，努尔哈赤亲率数万骑，从静安堡入，乘虚直薄开原。
此时的开原统御混乱不堪。总兵马林在尚间崖之战痛失二子、一侄，估计已是万念俱灰，四个多月的时间，未见其采取任何举措加强城防。敌情频频，却毫无哨探，以致敌至城下，仓促应战。而新任兵备道韩原善未到，暂由推官郑之范代理，此人也属无能之辈，备御罗万言高价买来战马马东援，到其处领草豆，没想到毛也没有领到一根，结果马匹只好以菊杆为食，一日而倒死249匹。把总朱梦祥到开原来领钱粮，一月不给，各军衣物尽变，马倒人逃。士兵只好到城外草茂之处放青喂马，结果敌骑突至，猝不及收，马匹尽失。
十六日晨，后金军抵达开原南门，大军向东展开包围，马林领主力出四门，布置在城墙与城壕之间迎敌，城上仅留少数兵士。后金军皆下马系挡牌，置於城下，开始发起进攻，试图拆毁城垣。东门外明军首先不支，退回城中，但还不及闭门，金兵已经冲到城门前，双方展开激烈争夺。此时南面攻城之金兵，飞矢如蝗，正在城上督战的郑之范中箭受伤下城，同备御何懋官领五十余骑，出西门逃走，仓惶之际，道厅二印皆遗失。城上丁壮无人指挥四散奔逃，金军见状也不再拆城了，甚至连云梯也没架，直接攀爬入城。另三门外明军，见城内失守，纷纷四下奔窜，然而由于夹在墙濠之间，无路可逃，大半被消灭，少部分逃入城外高粱地，也被八旗军搜杀殆尽。主将马林与游击于守志、干华龙，参将高贞佐、游击葛世凤、招兵游击任国志、安乐州知州张文炳等人，皆战死乱军之中。
开原乃关外重镇，就是古时的黄龙府旧地，元之上都，城大而民众物力丰饶，却仅仅几个小时即城被攻陷，真是易如拉朽。附近城堡都没想到失守如此之快，铁岭守军闻讯来援，快到城下才知开原已陷，慌忙回兵，遭代善追杀，死数十人而逃。而庆云游击史凤鸣当日正在市抚赏，辰时分（7~9）得到消息，随即宣谕在市讨赏夷酋庄南等五营，夷酋亲领部夷共二千余名，闻炮俱出市，至亮子河西，闻得开原已陷，只好停止不前。叶赫闻报也发兵2千来援，兵未到城已失。贺世贤的人马走到懿路，李如桢的人马只走到蒲河，得知开原已失，便纷纷回兵。
克城后，努尔哈赤登开原城南门楼就坐，大军于城内大肆屠戮抢掠，俘获之人口，财物、金、银、牛、马、驴、骡，收之不尽，军马驮之不完，乃以所获之驴骡马匹驮运，以牛车装载，仍有所馀。其于开原驻营三日，办理俘获，再未见明军出边，遂尽焚城内庐舍、衙署、楼台，毁开原城而回。开原士民男妇，不下十万余口，生逃者仅约千余人。辽抚周永春与杨镐商量，欲将牛车数十辆，载死尸于城外埋之，沿边各堡居民，逃避一空，无敢去者。
消息传到京师，万历皇帝不犹豫了，立马任命熊廷弼为兵部右侍郎兼都察院右佥都御史，经略辽东，并从兵部尚书黄嘉善之请，赐熊尚方剑，命其即日就道。然如将领、兵马、器械等项，俱系空文搪塞，无一落寔，事急只遣熊廷弼臣一人出关，纵有天大的本事能有什么用。
果然，七月二十五日，努尔哈赤南下再攻铁岭城，孤城立下。实际上铁岭早就亡于李如柏回京之日了，早先辽民都以为李家就是铁岭人，必定死保铁岭。可等到李如柏撤职回京，其弟侄子男、同族姻党，如梃、如榛、如梓等176名，皆与如柏同行，连李如柏手下兵卒有房屋、田产的，也变卖抛弃一空，人心顿时就凉了。杨镐眼见铁岭空虚，料李如桢必不能守，担心再有差池，沈阳当不攻自溃，辽阳更难保守。于是移铁岭人户、兵将退守沈阳，他以为认为贼所觊觎的，不过财物妇女，如此无利可图，必不攻，铁岭也可保全。于是调贺世贤劄虎皮驿，李如桢回沈阳，铁岭实际已弃。闻讯人民四散窜惊，城外小堡戍兵见敌即走，仅一半入城，其余皆四散逃走。
即便如此，城内守城明军表现的仍很顽强，城中参将丁碧开门迎敌，战没。八旗兵树云梯、拆城垛，执盾猛攻城北，守军奋力抵抗，连放枪炮，射箭投石，金兵突入城中，千总卢孔时手持铁棍，杀十数贼，与游击吴贡卿、喻成名、史凤鸣、李克泰等皆阵亡。城陷后，铁岭城内剩余，及开原、各屯逃难来的人口二万余，被屠戮一空。努尔哈赤驻於城东南山上，众军於城上各设营帐，待城内外搜杀殆尽，俘获收聚完毕，努尔哈赤才入城，驻於道员之大衙门内。
第二天早晨，后金厮役出城放马，突遭袭击。原来斋赛、巴克、巴雅尔图等喀尔喀蒙古贝勒，率各部联军万余人乘夜而至，伏於城外高粱地内，于黎明发动突然袭击。可此时的八旗真真是劲旅，闻警立即反击，反而大败蒙军，当阵生擒喀尔喀部斋赛及其二个儿子，扎鲁特部图巴克、色本兄弟、科尔沁部明安贝勒之子桑噶尔寨等贝勒六名，斋赛之亲信大臣岱噶尔、塔布囊等十馀人。
据《满文老档》记载，击败蒙古军后，后金军正在还城，突见明兵分三路而来,于是出城迎战，明兵未敢近前，即行撤退。这些部队应该是李如桢、贺世贤的人马，他俩都报称援救铁岭，但都未及救援而退。实际他们可并不是就此撤退，搂草打兔子，世贤同卜向续等，对败退的蒙古军发起进攻，“贤奋勇，颇有斩级。”李如桢更有办法，割取后金杀死的蒙军首级160余颗报功。事后贺世贤报称所斩为“奴所借西虏兵”，李如桢称“宰赛与奴酋争铁岭财物人口相仇杀”，而此前庆云游击史凤鸣明明报称，正在互市的夷酋庄南等五营，是欲救开原不及，至亮子河西止，到了塘报就成了“东贼攻开原，而西虏五营即率三千骑抢庆云”，吏部尚书赵焕等题，“奴自攻没开原以来，……胁朝鲜紏西虏，使之乘隙扰边”。上上下下对蒙古各部都是蔑视加防范的态度。实际从后来的史料来看，明蒙虽时有摩擦，但当时的蒙古各部明显是倾向于明朝的，而明地方官员信口开河，朝堂之上不明就里，最终导致双方隔阂越来越深，最终把加法做成了减法。
八月二日，熊廷弼驰入辽阳受代，立斩临阵逃脱的游击刘遇节，坐营王捷，铁岭参将王文鼎。这里面王文鼎是个倒霉催的，他才刚至铁岭上任一天，也因此被正法。十三日，败军失律的前任经略杨镐，被锦衣卫扭解赴京究问。
开铁失陷，叶赫已成砧上之肉，十九日，努尔哈赤发兵攻取叶赫，叶赫西城城主锦泰希举火自焚，未死，后被缢死。东城城主布杨古、布尔杭古兄弟投降，不过布扬古见到努尔哈赤仍十分硬气，也被绞杀。叶赫部与爱新觉罗家族的关系十分复杂，我们就以这个锦泰希为基点（《清史稿》称金台石，《明实录》称金台失），他的妹妹孟古嫁给了努尔哈赤，生子皇太极；还有个妹妹也嫁给努尔哈赤，《清史稿》称其那拉氏；他有个女儿许给了努尔哈赤的儿子代善；他的孙女苏泰先嫁给了林丹汗，林丹汗败亡后，改嫁努尔哈赤的侄子济尔哈朗；他姑妈温姐的孙子吴尔古岱又娶了努尔哈赤的女儿，孙女也嫁给了代善。
东城城主布杨古（《明实录》称白羊骨）、布尔杭古兄弟是锦泰希的表侄，布杨古有个妹妹是女真第一美女东哥，就是努尔哈赤七大恨里的求之不得的叶赫老女。这哥俩似乎与代善关系密切，《满文老档》里代善称这哥俩一个是姐丈，一为妹夫，这个布尔杭古后来被称为额驸，似乎是娶了代善的妹妹，可代善只有一个亲妹妹，嫁给了努尔哈赤的部将何和礼，而代善又称他俩的母亲为岳母，《清史稿 · 金台石》里则记为外姑。这三段关系没查出来，不知道哪位朋友给介绍一下。
至此为止，努尔哈赤彻底统一了女真各部。而辽沈已是门户洞开，熊廷弼独坐空城，似乎大势已去。
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