大明建立後，朱元璋將軍權過重的大都督府分為左軍、右軍、中軍、前軍、後軍五都督府，原本屬於大都督府的軍事指揮權和調兵權也被一分為二，軍事指揮權歸五軍都督府，調兵權收歸皇帝。凡遇戰事，先由兵部向衛所下達皇帝的調兵命令，然後再由五軍都督府的都督充任總兵官率領衛所士卒作戰。
征伐則命將充總兵官，調衛所軍領之，既旋則將上所佩印，官軍各回衛所。蓋得唐府兵遺意。
洪武、建文時期，總兵官既不是固定官職，也沒有品級，只是在戰時臨時設置。這樣做雖然能防止武將割據自雄局面的出現，但要是遇到敵人大規模入侵，就會產生一個大問題：前線各都指揮使互不統屬、無法合力應敵，容易被敵人各個擊破；總兵官統領的衛所士卒需要集結、行軍，往往會貽誤戰機。
為了解決這個大問題，朱元璋從洪武十三年開始陸續分封自己的兒子們為藩王，駐防要地、節制防區內的衛所將士。
但是，隨著藩王朱棣靖難起兵、成為大明新君，藩王的權力被大大削弱，不得繼續節制防區內的衛所將士，朱棣又遇到了跟朱元璋同樣的大問題。這種情況下，朱棣陸續在各要地設置鎮守總兵，統轄防區內的所有軍務，總兵成為了明代的正式官職。
永樂、洪熙、宣德時期，鎮守總兵的權力相當大，軍戶的軍籍和屯田、衛所士卒的操練、衣甲兵器的修補、城堡墩臺的修築和戰馬的飼養都歸總兵掌管，並且總兵還可以自行決定戰守。
整飭兵備，申嚴號令，練撫士卒，振作軍威。務要衣甲整齊，器械鋒利。城堡墩臺坍塌以時修治堅完，官軍騎操馬匹責令飼養膘壯。仍督屯田糧草，並一應錢糧不許侵欺。遇有賊寇，相機戰守。
如此一來，總兵的設置不僅加強了衛所士卒的戰鬥力，也能在戰時統領防區內各都指揮使司的將士合力拒敵，但是權力過大容易導致總兵稱霸一方、割據自雄，所以永樂、正統時期朝廷又通過向各要地派遣鎮守中官和巡撫的方式制衡總兵。
明代的巡撫始設於宣德初年，屬於臨時性官職，職責是治水、督察農情和賦稅。正統初年，開始在邊鎮設置巡撫，巡撫的職責擴展到軍事領域。
景泰時期，巡撫的權力進一步擴大，軍事、民政和刑獄都歸巡撫掌管，除邊鎮以外的各要地也開始設置巡撫。
天順時期，巡撫隸轉而屬於都察院，巡撫加掛都御使銜節制各地的都指揮使、布政使和按察使，巡撫正式成為朝廷派駐地方的最高軍政長官。
這種情況下，共同掌握軍權的鎮守總兵、鎮守中官和巡撫既取代了布政使、都指揮使和按察使成為明代地方權力的“三極”，又有效地防止了總兵稱霸一方、割據自雄。
成化時期，斷藤峽之戰波及兩廣地區，廣東和廣西的巡撫、總兵都無力單獨應對，明憲宗只能以斷藤峽之戰的明軍統帥韓雍為兩廣總督，一體節制兩廣地區的巡撫、總兵，明代的總督登場了。
金事陶魯言：“兩廣地勢錯互，當如指臂相使，不可離析。近賊入廣西，臣與廣東三司調兵，匝月未決，以是賊得大肆劫掠，乞仍命大臣一人總之，庶事權一而責有所歸”。詔即其家起韓雍，仍總督兩廣，開府梧州，遂為永制。
弘治時期，隨著武將地位的下降和文官地位的崛起，原本總兵與巡撫平級的規定被打破，總兵成為了巡撫的下級，發展到萬曆時期，宣府總兵李如松僅僅因為邀請宣府巡撫許守謙同坐就被彈劾、罰俸，期間雖然有過劉瑾嚮明武宗提出召回天下巡撫的建議，但是隨著劉瑾以謀反被誅，此事也就不了了之了，巡撫終於成為明代名副其實的地方最高軍政長官。
嘉靖時期，倭寇對大明東南沿海的進犯使得巡撫掌管一省軍政的小軍區建制難以應對，所以明世宗又在閩折、遼東和九邊重鎮設立總督。至此，各地的軍務都由總督節制，大明的軍事指揮體制由最初的以武將為主的五軍都督府、衛所轉向了以文官為主的總督、巡撫。
往年遼東、兩廣、河套有警，俱用總督專征，戎事有賴。近雖奉旨裁革，但今日邊事方殷，事權不一，乞救吏部會同府、部、九卿、科、道，推舉在廷大臣忠誠有將略者，復令為總督，則節制歸一，而邊患可無虞矣。
天啟、崇禎時期，隨著農民起義規模的愈來愈大和遼東的屢戰屢敗，總兵、巡撫和總督由只在重要地區設置發展到濫設，僅僅京畿之地就有薊遼、直隸、昌平和保定四個總督，密雲、天津、保定等地又有六個巡撫，昌平、通州、保定等地又有八個總兵。
時關內外並建二督，而關外加督師銜，地望尤尊。又於昌平、保定設二督。於是千里之內，有四督臣。又有寧遠、永平、順天、密雲、天津、保定六巡撫；寧遠、山海、中協、西協、昌平、通州、天津、保定八總兵，星羅棋置，無地不防，而事權反不一。
一個地區四個總督、六個巡撫、八個總兵，濫設至此，明軍的屢戰屢敗也就不難理解了，至崇禎末期，朱由檢甚至連哪個地方設置了總督、哪個地方沒有設置總督都搞不清了，比如說崇禎十四年，朱由檢派丁啟睿代替楊嗣昌督師陝西、河南、山西、湖廣、四川時又令其兼任陝西三邊總督，但是在此之前朱由檢就已經任命傅宗龍為陝西三邊總督。
這說明，明末由濫設總兵、巡撫、總督導致的政令、軍令混亂已經到了相當嚴重的境地。
在明末戰事頻繁的背景下，多設總督、巡撫、總兵其實是有利於朝廷對地方的掌控的，但是毫無規劃的濫設卻導致了明末政令、軍令的混亂，不僅不能幫助明軍取得勝利，反而還加速了大明的滅亡，所以總兵、巡撫、總督的濫設就成了壓垮大明的第三顆稻草。
【璽言春秋明末歷史第四十六講，參考文獻：《明會典》、《明史》、《明史紀事本末》、《明太祖實錄》、《明宣宗實錄》、《明英宗實錄》、《明世宗實錄》等。】
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