大樱桃的根系，按其来源，可分为实生根和茎源根两大类。播种繁殖的砧木，根系由种子的胚根发育而来，叫作“实生根”。枝条扦插或分株繁殖的砧木，根系由插穗基部的愈伤组织发育而来，或由母株的不定根形成，这类根叫作“茎源根”。
不管是实生根或是茎源基，根据其功能，又可分为骨干根、细长根、须根，以及吸收根等4类。骨于根粗大，构成根系的骨架，是整个根系的主体。细长根由骨干根分生而来，粗度0.5～1厘米，是扩大根系分布范围的主要类型。须根粗度1毫米以上，是根系中数量最多的类型，其上着生吸收根。吸收根是大樱桃的新生根，具有活跃的吸收能力，对土壤湿度和通气状况反应敏感，寿命短。
在液培条件下，甜樱桃白根和木质根单位面积对32P的吸收率相差不多。但以单位体积计，白根的吸收率，高于木质根。以单位长度计，则木质根的吸收率，高于白根。这与单位体积内，白根面积大于木质根，单位长度木质根的表面积大于白根有关。甜樱桃砧木F12/1，无论以单位表面积计，或者是以单位体积计，其对钾的吸收均高于木质根；对钙的吸收，则低于木质根。在大樱桃的幼树期，木质根占总根量的15%～100%，成龄树则一般占95%以上。因此，在一定的时期内，木质根是大樱桃的主要吸收器官。
根据大樱桃根系在土壤中的生长方向，可以分为垂直根和水平根两类。垂直根是向土壤深处生长的根系，起着吸收土壤深层养分、水分，及固着树体的作用。水平根是向土壤四周生长的根系，起着扩大土壤营养面积的作用。
大樱桃的根系生长及其结构特点，因砧木种类和砧苗繁殖方式而不同，土壤条件对其有重大影响。大樱桃产区广为应用的甜樱桃砧木草樱桃，须根发达，在土壤中分布层浅，水平伸展范围很广。据调查，在冲积壤土上，草樱桃的大部分骨干根和须根，集中在地表下5～35厘米的土层中，以20～35厘米深的土层根量最多。草樱桃砧嫁接的27年生甜樱桃，水平根伸展长达1100厘米，约超过树冠2.5倍以上。酸樱桃品种毛把酸，根系发达，细长根多，根系在土壤中的分布层也较深。实生繁殖时，主根粗，细长根多，须根少而短。在沙壤土上，以毛把酸为砧木嫁接的那翁成龄树，根系分布深度为70厘米，80%的根系分布在20～40厘米深的土层中。
砧苗繁育方式不同时，根系结构差异较大。一般播种育苗时，由实生根形成的根系中，骨干根，特别是垂直根较发达，根系分布层较深。扦插或分株繁殖砧苗时，由茎源根形成的根系，一般垂直根不发达，水平根发育强健，须根量大，根系在土壤中的分布相对较浅。
土壤条件和管理水平，对根系结构有重大影响。在土层较深、透气性好，以及管理水平较高时，根量大，分布范围广，垂直分布也深。在土层较浅、透气性差，以及管理水平较差时，根量少分布范围小，垂直分布也浅。据调查，草樱桃砧上的25年生大紫在土层较深、土壤管理较好时，根系集中分布在30～60厘米深的土层中，比管理差的同龄树，根系垂直分布几乎加深1倍。
我国有句成语，叫作“根深叶茂”，形象地说明了根系发育与树体生长的相关关系。因此，在生产实践中，根据根系特性，选择适宜的砧木种类，采取适当的砧苗繁育方法，搞好土壤改良和土壤管理等，都是促进大樱桃根系发育进而实现壮树、丰产的重要技术措施。
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