魯哀公十七年（公元前478年），哀公為表對孔子的尊崇之意，將孔子所居之堂，作“壽堂”，“後代因廟藏夫子平生衣冠琴車書於壽堂中”（《史記•孔子世家•索隱》）。《孔氏祖庭廣記》第二卷載：“魯哀公十七年立廟於舊宅，守陵廟百戶”。漢高祖劉邦於公元前195年冬十一月，來闕里孔廟。“以太牢祀孔子”，同時封孔子九代孫孔騰為“奉祀君”，這是帝王祭祀孔子之始。
從哀公立廟，到漢武帝“罷黜百家，獨尊儒術”的三百餘年間，是中國思想發展史上的一個特殊時期，社會形態經過了從奴隸制向封建制的過渡，與奴隸制相適應的思想理論更替為與封建制相適應的儒學思想理論，在這一重大轉變的過程中，歷經戰國時期的諸子百家爭鳴、秦始皇的焚書坑儒、漢初的霸王道雜之等一系列的思想運動，儒家思想則在孔子基本思想的基礎上經過曾子、子思、孟子及漢初儒生的進一步改造和發展，在政治上適應了封建大一統社會的思想需要，特別是董仲舒將儒家思想與神學的有機結合，創立了以儒家思想為基本內容的神學目的論，第一次在理論上論證了封建中央集權的合理性和必要性，這一思想迎合了漢武帝的統治需要，故而得以被推上了獨尊的地位，孔子做為儒家思想的奠基人也就理所當然地被推上了聖人的地位。隨著孔子的地位升高，祭祀孔子的廟宇也就越來越受到統治者們的重視。據乾隆版《曲阜縣志》記載，從漢初到清乾隆，孔廟重修擴建七十多次。
曲阜孔廟到唐初已經頗具規模，“正廟五間，祀文宣王，南向坐，顏子面西，配閔子以下十哲及曾子，東西列坐，皆為塑像。兩廡二十餘間，祀七十二賢，圖繪於壁上。廟後為寢廟，祀亓官夫人。前為廟門三間，甚壯麗”（《闕里志》•孔尚任著）。宋太祖建隆元年（公元960年），“帝謁孔子廟，詔增修祠宇，繪先聖先賢先儒像，釋奠用永安之樂”，“三年（公元962年）詔祭孔子廟，用一品禮，立十六戟於廟門”（乾隆版《曲阜縣志•通編》，下同）。宋太宗太平興國八年（公元983年）修闕里孔子廟；宋真宗大中祥符元年（公元1008年）“賜孔子廟經史，又賜太宗御製御書一百五十卷，藏於廟中書樓。……，二年，春二月，詔立孔子廟學舍。三月頒孔子廟桓圭一，加冕九旒，服九章，從上公制。夏五月，詔追封孔子弟子，秋七月加左丘明等十九人封爵。……三年（公元1010年）頒釋奠儀注及祭器圖，建廟學”。宋真宗天禧二年（公元1018年）“命孔道輔修孔子廟”。孔道輔奏言：“祖廟卑陋不稱，請加修崇”。詔轉運使以官錢葺之。即命道輔監工役。道輔請得封禪行殿餘材，乃大擴聖廟舊制。建廟門三重，次書樓，次唐、宋碑亭各一，次儀門，次御贊殿，次杏壇；壇後正殿，又後為鄆國夫人殿；殿東廡為泗水侯殿，西廡為沂水侯殿；正殿西廡外為齊國公殿，其後為魯國太夫人殿；正殿東廡外曰燕申門，其內曰齋廳，廳後曰金絲堂，堂後則家廟，左則神廚；由齋廳而東，南為客館直，北曰襲封視事廳，廳後為恩慶堂，其後北隅曰雙桂堂。凡增廣殿庭廊廡三百六十間。
金代從金熙宗皇統二年（公元1142年）到金章宗明昌六年（公元1195年）的五十餘年間，修孔廟八次。元代修孔廟十三次。明代二十三次，其中因明孝宗弘治十二年（公元1499年）六月，孔廟遭受重大火災，由於雷擊，火從宣聖家廟東北角上起，“燒燬殿廡各房一百二十三間”，浙江道監察御史餘廉奏請修孔子廟。次年春二月孔廟興工。歷時四年功成，改造奎文舊閣七間三簷，再廟傍原有毓粹、觀德二門，以通出入，因逼進廟臺，街短促，不稱趨謁，今於前門少北各建東西門一座三間，匾曰快覩、仰高。又前門並二門原址三間，今改建大門、大中門各五間，與廟前宇後掩映相稱。橋樑階級，煥然鼎新，杏壇碑額，亦皆彩繪俱完，其大成殿九間、寢殿七間，俱兩簷。大成門、家廟、崇聖廟、啟聖殿、金絲、詩禮堂各五間。兩廡連廊共一百間，啟聖寢殿三間，神廚二十四間，庫房九間，碑亭二座。衍聖公齋宿房十二間，奎文閣大門、中門左右門下至街道坊牌，無不完整。規模壯麗，工藝精緻，足稱瞻仰。此次重修，皇帝發帑銀152699餘兩。“木則市之楚蜀諸境，石則取之鄒泗諸山，瓴甓鉛鐵則官為之陶冶，丹堊髹彩則集之於商賈，斫削摶埴雕琢繪飾之工則徵之京畿及藩府之良者”（明•李東陽《重修闕里廟圖序》）。基本上形成了孔廟現在的規模。
明武宗正德六年（公元1511年），孔廟為劉六劉七領導的農民軍所壞，有司出罰鍰並募輸助得銀三萬五千八百餘兩，以七年七月興工修闕里孔子廟。並“移城衛廟”，開始建設曲阜明代磚城。至嘉靖元年（公元1522年）竣工，歷時十年，完成了以孔廟為中心的政治、經濟、文化、軍事功能齊全的曲阜縣治所的建設。使曲阜廟城功能發生了具有歷史意義的社會變遷。嘉靖二十三年（公元1544年），巡撫曾銑建太和元氣坊，萬曆二十年（公元1592年）巡按御史何出光創建聖蹟殿，立石刻聖蹟圖百有二十。
清代一次最大規模的修建是在清世宗雍正年間。雍正二年（公元1724年）六月初九，大成殿因雷電起火，沿燒寢殿、大成門、御碑亭東西二亭、啟聖王殿、金絲堂等處。衍聖公孔傳鐸奏請朝庭，於雍正三年八月興工。四年，命巡撫塞楞額督廟工，頒御書“生民未有”額於大成殿。六年，命巡撫嶽浚督廟工。七年（公元1729年）正月，遣通政使留保督廟工。上諭文廟工程務期巍煥崇閎，堅緻壯麗，纖悉完備，燦然一新。又諭闕里文廟正殿正門用黃琉璃瓦，兩廡用綠琉璃瓦，以黃瓦鑲砌屋脊，供奉聖像。選內務府匠人用脫胎之法，敬謹裝塑。重建聖祖仁皇帝御書碑亭，增建樂器庫，頒御書“大成殿”匾額，御書、御製對聯懸之廟堂，改欞星門石坊宣聖廟為至聖廟，奎文閣前之參同門曰同文，詩禮堂前之燕申門曰承聖門，頒內府新制大成殿祭器一分，頒鎮圭及新曲柄寶蓋各一，戟二十有四。冬十一月大成殿上樑。八年，欽定孔子廟大門曰聖時，二門曰弘道。秋八月聖象成。共用帑金十五萬七千六百萬兩有奇。十月遣皇五子詣曲阜祭告孔子，又遣多羅淳郡王弘暻祭告崇聖祠五王（參見《孔府檔案》）。
清乾隆三年（公元1738年）頒御書“與天地參”額，其後又頒“時中立極”、“化成悠久”二額。十九年（公元1754年）七十一代衍聖公孔昭煥重建欞星門，易木為石。二十一年（公元1756年）修唐宋金元綠瓦碑亭四座及清黃瓦碑亭九座，新建齋官屏門一座。嘉慶四年（公元1799年）仁宗賜御書“聖集大成”匾額。以後從嘉慶六年到光緒三十四年，又不同規模的修廟八次之多。民國期間，修孔廟三次，將寢殿、同文門等易為黃瓦。
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