政治

万历十岁登基，但是在二十四岁前，朝廷一直由首辅张居正把持，算是最大的权臣，包括当时摄政皇后都要听其安排，不过张居正还算是个有能力的忠臣，在他手上，明朝的政治、军事、经济都得到了极大的提升。不过为了维护皇权，在张居正病死后，万历重新获得大权，第一步就是对张居正的党羽进行清算。虽然这不是万历的本意，但从政治上考虑，这一步是很有必要的。作为一个皇帝，是要牢牢把握住朝廷百官的。可以说清算张居正，就是万历从新拿回皇权和一次彻底的政治洗牌。

随后万历自己培养了一批文臣武将，把部分权力下放给他们，同时使用东西厂作为监察部门，替他监察百官。可以说这一手从政治上说，即使不上朝，也不会威胁到自己的地位。

经济

经济上除了延续之前张居正改革的成果，随后又推出了矿税。这个矿税非常重要，虽然在后世中对评价不高，甚至认为明朝的灭亡，矿税这一制度有百分之70的责任，其实不然。

先从用途上看，万年二十年，拨内帑十万钱粮用于河西边疆用兵。万历二十七年（1599年）十二月十二日，户部因京师库银减少，边饷告急，请神宗拨内帑，朱翊钧虽然责怪户部未提前做好库银储备，并且不要因为有内帑而有恃无恐，但仍迅速拨发内府库银救急。万历三十一年（1603年）四月，户部更是因北部边疆兵饷告急，请拨内帑百万两，朱翊钧最顾及边情，所以同意照数拨用。另外，含矿税银的内帑也用于国家救灾，如万历二十二年（1594年）三月初九日，因河南饥荒，拨内帑三万三千两用于赈灾。可以说皇帝的内帑不仅仅帮助国家财政擦了屁股，也给所有人吃了一颗安心丸（国家没钱，皇帝有钱）。

在此以前，内库主要依靠南直隶地区的田赋。不过内库所有收支最终仍由户部负责，并对皇帝的使用进行严格的干预和管理。自从矿税的执行，慢慢的大部分钱财都归于皇室，也就是万历手中。从此就相当于握紧了明朝的经济命脉，也更加的巩固了皇权。