以官员任用的复杂程度而言非清代莫属，主要有三种类型:以民族与阶层而论,有满洲缺、蒙古缺、汉军缺、宗室缺、包衣缺和汉缺;以地域而论，有沿河缺、沿海缺、烟瘴缺、苗疆缺等;以经济、社会、交通条件而论，有最要缺、要缺、中缺和简缺，然后根据这些情况来任用不同水平、能力与资历的官员，其中的烟瘴缺是针对多疫病地区出台的一项官员任用制度。
中华文明的源头在黄河流域，古时候岭南、云贵开发较晚，并不适合人类居住，如《史记·货殖列传》云“岭南卑湿，丈夫早夭”。出现这一状况的原因是这些地方为山川地带，气候湿热，蚊虫多，因而瘴气多发，对人的身体健康造成威胁。范晔《后汉书·马援传》载：“初，援在交阯，常饵薏苡实，用能轻身省欲，以胜瘴气”，“又出征交阯，土多瘴气”，《后汉书》也因此成为最早记录瘴气的正史。
明代学者章潢在《图书编》中明确记载，广西无瘴的县仅有临桂与灵川二县，而左右江地区，与云南、贵州交界的地带以及大藤峡地区的瘴气非常严重，因而历代士人视到这些地方为官为畏途。
唐太宗年间，交州（今两广及越南部分地区）的官员出现了空缺，唐太宗诏让一位卢姓官员去接任，此人听说到交州赴任，当庭顶撞唐太宗，唐太宗大怒，将他问斩。唐代宗年间，一位陈姓官员听说自己要派到南方做官，不惜花重金上下打点，最后留在了北方。欧阳修在《论台谏官唐介等宜早牵复札子》提到，“唐介前因言文彦博，远窜广西烟瘴之地，赖陛下仁恕哀怜，移置湖南，得存性命。”可见南方在北方人心目中是多么的可怕。
为了既加强对这些地区的控制，又保护军政人员生命的安全，明王朝在行政上采取土官定期赴卫所集中办理公务，在军事上轮流戍守。《明实录》记载，左右江地区设有土官衙门大小四十九处，若遇纠纷，则由总兵官与巡按御使三司官理断，“缘诸处皆是瘴乡”，“三年之间，遣官往彼，死者凡十七人，事竟未完”。为此宣德六年（1431年）总兵官都督山云建议以土官定期赴卫所听从处理政务代替流官赴土官衙门处理政务，正是为了减少流官染上疫病的危险。明代军事上实行卫所制度，“成祖永乐初，调湖广、贵州军征广西蛮，遂留宿其地……阅岁践更，然水土不服，多至病死，间有逃亡不赴者，法不能尽绳也”。为此，明正统十年（1445年），广西总兵官柳溥奏请：“广西官军每因瘴疠死亡逃窜，比之国初十无二三。奏调贵州、湖广、广东官军共一万七千前去轮班操备。”明代弘治二年（1489年）题准“梧州原分宝庆等七卫所，柳州原分九溪等三卫所，各官军通行掣回。内拨宝庆、宁远、永州三卫官军赴柳州城操守，又拨九溪、永定、常德三卫官军，兑出全州、灌阳、富川、怀贺、恭城及桂林、兴安等处土著官军，赴梧州操守，其余长沙、衡州、岳州、夷陵四卫所官军，俱留广西城操，轮流巡哨府江一带地方，再不许分拨重瘴地方，若暂遣出征巡哨者不在限。”体现了朝廷对军政人员的关心。
清王朝进一步改进，专门设置烟瘴缺。烟瘴缺与其它官职相比有以下三个方面的优势:
一是人尽其才。清初沿袭明制，凡外官道府以下官员，均由吏部负责，每月选任一次，谓之月选。月选之法为掣签，即以抽签的方式决定人事任免，抽到什么签，即补任何职，随意性很大，导致德不配位。烟瘴与海疆、沿河、苗疆等缺不再月选，改由各督抚从属下挑选，督抚对属下情况较为了解，能将官员选拔到合适职位上，人尽其才。
二是升迁较快。康熙二十五年经按察使黄性震奏请，定广西水土恶劣之南宁、太平、庆远、思恩四府所属道员以下、教职以上各官缺出，停止吏部铨选，令督抚于省内品级相当现任官员内，拣选熟悉风土、品行廉能之员调补，满三年之后调回内地，任满五年的给予提拔升职，通过此途获得能升迁的十之七八。而通过月选获得升迁的仅十之二三，康熙末雍正初，有为官二十余年却不能得到升迁的。
三是报酬优于内地。广西庆远、思恩、泗城、太平、镇安五府“为极边烟疠之乡，官斯土者，偶触烟岚，便致不起，况山路崎岖，携柩归里，更属艰难”。于是，乾隆二年（1737年）谕：“染瘴身故人员，俸职边远，不幸因瘴殒生，深可悯恻，自应酌量加恩。”议准广西五府“遇有病故之员，知府每站给银四两八钱，丞卒州县每站给银三两五钱，佐杂微员每站给银一两二钱。每年动用银两，造入耗羡册内，报部核销”。使瘴区病故官员家属得以顺利返乡。对于那些奉命回调或升调的官员也给予一定的差旅补助费。
这个办法对激励官员到烟瘴之乡任职起到了一定作用，但效果并不十分明显。据统计，乾隆四年(1739)，云南一省知府有21个职位空缺，知县有33个职位空缺，可见在功名与性命之间，人们还是选择后者。
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