一、關於工資薪金收入的疑點問題：該疑點指的是公司申報全部或部分員工有工資收入，並且只有基本減除費用，無其他可扣除項；或
申報的工資正好為3500元或5000元，針對該疑點問題，稅務局要求企業進行自查。
二、關於所申報員工身份驗證不通過疑點：該疑點指的是公司申報個稅的人員信息中有身份證號碼或名字錄入錯誤的導致驗證不通過的，稅務局要求企業進行自查，並且及時修改正確。
操作步驟：1. 在扣繳客戶端，點擊【人員信息採集】，選擇身份驗證狀態為驗證不通過的人員，雙擊進入【人員信息修改】；
2.在【人員信息修改】頁面，更改名字或身份證號；
3.必須確保更改後的身份驗證狀態為“驗證通過”
4.若驗證不通過人員已經離職，按上述步驟修改人員信息後，需確保人員狀態為“非正常”。
注意：在修改信息的時候，只能修改其中的一項，不能同時修改兩項信息。
三、關於所申報員工員工年齡疑點：該疑點指的是公司申報個稅的員工中存在65歲以上或16歲以下員工。
四、關於所申報勞務報酬、稿酬、特許權使用費三項綜合所得疑點：a.該疑點指的是公司在個稅申報中存在勞務報酬、稿酬、特許權使用費三項綜合所得應納稅額為0元；
b.所申報的一般類型勞務小於800元或保險營銷員、證券經紀人的勞務小於8333.61元；
c.所申報的一般類型勞務>800元或保險營銷員、證券經紀人的勞務>8333.61元，但填寫了免稅收入、扣除項目或減免稅額。
五、申訴信息疑點：該疑點指的是有自然人投訴公司為其申報個稅，投訴人或曾經在公司任職或從未在公司任職。
六、申訴已處理仍有綜合所得扣繳記錄：該疑點指的是有自然人投訴公司為其申報個稅，公司雖進行了處理但仍有為其申報綜合所得的記錄。
從1 0月底開始，稅務所的專管員開始核實個稅系統中是否存在驗證不通過的人員，若存在，則要求各企業一一更正。
通常會出現上述情況的公司大部分為建築，勞務公司，因為此類公司的申報的員工比較多，會比較容易出現人員信息申報錯誤，從而導致報送成功，但是驗證不通過。所以此類的公司要及時的查看本單位的個稅系統是否存在上述情況，若存在，及時按照上述方法進行更正。
舉例，有一家勞務派遣公司，每月申報工資200人左右，但是每月的人員並不固定，都會有增減，所以人員信息有小部分會產生錯誤，10月底的時候，專管員老師打電話要求進行更正，從最開始的11個人存在驗證不通過情況，到最終只有兩個人的信息錯誤，最終需要帶著身份證原件到稅務大廳進行更正，在這期間，該公司找了很久的身份信息。所以在此提醒各個公司，在員工較多的公司，一定要確認好申報的員工信息的準確性，留好身份證複印件，以備不時之需。
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