在中世纪的中晚期，教会势力 加速发展。
早在11世纪开始，他们就试图在天主教的欧洲建立一个教皇帝国，从而掌握世俗权力。
这一企图被大多数历史学家称为无害的天职之争，美国的法学家伯尔曼则称之为“教皇革命”。
在这一事件的前期，教会和其教皇格列高利七世到达了其权力的顶峰。
伴随着先驱们的激励，西班牙和葡萄牙基督徒们在同一时期开始从伊斯兰教徒那里重新夺回土地。这一活动一直持续到中世纪末期。
格列高利七世的继任者乌尔班二世（1088-1099）——鼓动十字军东征，攻占由伊斯兰人占领的、基督耶稣诞生的“神圣之地”耶路撒冷。
在12世纪初，之前所提到的天职之争也随着一个睿智协议的签署得到了解决。在这一协议中没有提到世俗权力。
一直作为“时常起火点”和教皇控制之下的教会，终于回到它的本职工作——上帝崇拜（礼拜）了。
同时，教皇则投入到与（所谓的偏离上帝虔诚信仰的）异端分子的激烈争斗之中，以求建立一个切实的不受世俗统治干扰的教会。
在这场越演越烈的争斗中，教会不断地通过“宗教裁判所”用酷刑迫害异端分子。而天主教会最后一次凌驾世俗权力的尝试发生在1303年，发生在教皇和法国国王之间，起因是法国国王向教会征收赋税。
最终，教皇博尼七世迅速地在此争斗中落于下峰。而结果就是教皇们成为了法国阿维农的囚徒（1309-1377）。
“天职之争”的出现，源于教会的发展和教皇自以为无所不能的幻想。
在1075年教皇格列高利七世用指头摸着亨利四世头的时候，感叹着这个小男人如此渺小，而教皇自己则如此的伟大。
在这一年里，教皇禁止各国国王在其领地内任免教会的神职人员，并通过把国王逐出教会这种惩罚方式来约束国王任免主教的行为。
即便如此，德国国王亨利四世仍对此不予理睬，把标志主教身份的戒指和权杖放到了亨利四世自己推选的主教，即美因茨大主教的座位之上。
而精力充沛的教皇对他的惩罚就是将其逐出教会、开除教籍。这些对于亨利来说是十分危险的。
所以，在1077年的隆冬季节，亨利谦卑地赤脚麻衣到了卡诺莎，去往实力强大的作为教皇支持者的托斯卡纳伯爵夫人在明德的城堡中。在这里，亨利所表现出来的谦卑与亲切十分有效，他重新恢复了教籍。
亨利在德国作出了自己的抉择，1080年因同样的原因，格列高利七世再一次开除了亨利的教籍，而回答他的则是亨利宣布废黜教皇 的旨意。
1084年，亨利进军并征服了罗马，把加冕权从教皇那里移到了皇帝手中。
格列高利七世在被亨利追捕之前，就已经撤回到了其在台伯河岸边的天使城堡中，后虽被
诺曼底公爵罗伯特所救，但是次年就死在了西西里岛。亨利在国王和皇帝宝座上一直待到1106年，即其逝世为止。最终，在1122年他的儿子亨利五世与教皇斯都二世签订了《沃姆斯宗教协定》，解决了长时间的世俗王权与教会之争。
这一协定的前身，是教皇分别与法国国王和英国的国王之间于1104年和1107年签署的相关协议，而协议签署的目的也很简单，即防止教皇掌握世俗权力。
这一折中的理念，据悉来自于沙特尔的伊沃主教，因为人们能很好地分辨主教作为公爵在其教区的世俗权力与其作为神职人员在教会内神职权力之间的区别。
直至今日，在这三个欧洲主要的核心国家中，主教依然是通过推举产生。之后，再从国王那里领受标志着其世俗权力的权杖并宣布效忠，最后再由教皇赐予其神权上的权杖和指环。
1303年，冒进的教皇卜尼法斯八世关于神权统治优于世俗王权统治的言论，揭开了最后一场神权和世俗王权的争斗。
他禁止法国国王在没有他同意的情形下，向任何神职人员征收税赋。对此，菲利普四世作出了迅速、严厉的反应。
教皇仓促离开博尼法斯后，在教皇国南部的一个小镇上被阿纳尼所率领的法军捕获。虽然后来又被公民释放，并且最后逃回了罗马。但是，他在那里不久之后就去世了，
宣告了这场世俗与神权之争的终结。教皇在这场争斗中没有捞到任何好处，他的继任者相继被囚禁在法国南部的小城阿维尼翁，教会就此形成了大分裂。
之后，国王菲利普强迫教皇卜尼法斯的继任者在里昂进行加冕，教皇之后一直留在法国。
这是教皇囚禁的开始（1309-1377），加强了法国在主教协会的影响力。
这一囚禁终止于法国的敌对势力格雷戈里十一世返回罗马。但是，在格雷戈里十一世返回罗马的第二年，他就过世了。
因为罗马人一定要推选出一个意大利籍的教皇。所以，在枢机主教大会中乌尔班二世当选了，这是一个有问题的候选人选举，可能还带有特色的弱点。
因此，在同一年，枢机主教们宣布在邻近的那不勒斯大会中重新推选教皇。无能的乌尔班尽管想推选另外一个主教，但是没能成功。从梵蒂冈被驱逐出去之后，他不得不躲避到阿维尼翁，那里仍然耸立着教皇们的伟大宫殿。
这是骄横的卜尼法斯导致的第二个结果，天主教教会的大分裂。这又被称为教廷大分裂（1378-1417）。
在长达40年之久的时间里，两个教皇分庭抗礼，一个在罗马，一个在阿维尼翁。
天主教的欧洲就此也一分为，意大利、德国、英国、北欧和中欧支持罗马教廷，而法国、卡斯蒂利亚、阿拉贡和勃艮第、苏格兰和一些德意志帝国的侯爵们，则支持阿维尼翁教廷。
经过多年的谈判后，这一分裂最终终结于伟大的康斯坦斯大会。大会决议仅保存一个教皇即罗马教皇。
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