进攻帖木儿帝国
1432年，歪思汗战死，他的两个儿子开始了汗位争夺战。
长子羽努斯占据西部，次子也先不花占据东部。
1437年，羽努斯战败，率领3万户部民逃亡帖木儿帝国。
帖木儿帝国兀鲁伯汗热情接待了他们，待他们放松警惕之际，以提供食物为诱饵，将羽努斯身边所有贵族和将领骗进一座城堡中屠杀殆尽，属民则分给帖木儿帝国的贵族们。
羽努斯只得进入伊斯兰经学院上学，学习伊斯兰经典。
也先不花正式称为东察合台汗国可汗。
他就任的第一件事就是收复失地。
他想把喀什噶尔收回来，于是他派朵豁剌惕家族的赛亦的.阿里去以游击战的方式去袭扰喀什噶尔。
阿里首先攻占了喀什噶尔周边的乡镇，封锁了商路，抢割了庄稼，就是不组织进攻。
就这样过了3年，喀什噶尔的军民发动起义，抓捕了帖木儿帝国的官员，归顺东察合台汗国。
也先不花即位初期，获得了所有人的支持，汗国政务蒸蒸日上。
但是不久，也先不花就开始宠信一个畏兀尔贵族，对蒙古贵族们冷淡下来。
这时期，察合台汗国的贵族们力量空前强大，足以制约可汗。
于是，有一天在朝堂上，贵族们发难，当着也先不花的面将那位宠臣砍成碎片，也先不花连夜逃走。
朵豁剌惕家族的阿里派人找到也先不花，将他接到阿克苏重新扶立为汗，其它贵族也纷纷重新表示效忠。
也先不花决定通过对外战争来树威。
他开始向帖木儿帝国发动进攻，一则帖木儿帝国此时是帖木儿的孙子-不赛音执政，国力大大下降，此时正是进攻的好机会。
二则是发泄对帖木儿帝国收留羽努斯和杀害东察合台汗国贵族的不满。
面对也先不花的进攻，不赛音无力将之击退。
不赛音这是突然想到自己手中还有一张牌-羽努斯。
羽努斯在获得帖木儿帝国充足的给养和军队后，进入察合台汗国，一些不得志的贵族纷纷加入到羽努斯的队伍。
羽努斯率军包围了喀什噶尔，喀什噶尔守将-朵豁剌惕家族的阿里向也先不花求救，也先不花率6万大军驰援，羽努斯战败逃回帖木儿帝国。
不赛音将费尔干纳安集延附近的一块地方赐给羽努斯作为反攻基地。
蓝帐南迁
曾经的金帐汗国崩溃后，蓝帐汗国开始南迁，他们在阿布海儿汗的带领下进入中亚，建立了一个疆域包括西伯利亚和锡尔河以北的游牧国家，他们就是乌兹别克汗国。
不久，在其族中又有一部出走，他们自称“哈萨克”，这些出走者建立了哈萨克汗国。
哈萨克人进入东察合台汗国，也先不花划出一块地区给他们居住。
但是，不久事情就发生了变化。
瓦剌太师也先杀死了北元皇帝脱脱不花，自立为“大元天圣可汗”。
之后派长斡失帖木儿西征，西征大军灭了乌兹别克汗国，阿布海儿汗战死。
其余部投奔了哈萨克，哈萨克人数急剧膨胀，达到二十余万。
哈萨克汗国的实力很快就超过了东察合台汗国。
1462年，也先不花去世，其子马黑麻即位，马黑麻一上位就娶了父亲的妃子为妻，这件事情是违背伊斯兰教义的，为此伊斯兰教徒对他大为不满。
马黑麻为了提高自己威望，开始攻打喀什噶尔，逼迫镇守此地的朵豁剌惕家族的马黑麻.海达尔投奔了羽努斯。
马黑麻汗于1469年死于肋膜炎，他死后，羽努斯趁机东征，占领了东察合台汗国，成为新一代可汗。
羽努斯是察合台诸汗中第一个系统性接受伊斯兰经学教育的，习惯了城市生活。
羽努斯继位伊始就欲将阿克苏作为首都，并让所有蒙古贵族定居到城市。
但是他的愿望落了空，大部分蒙古贵族习惯了逐水草而居，于是君臣之间矛盾激化。
1472年，努羽斯到塔什干筹措粮食。贵族们趁机勾结帖木儿帝国官员将羽努斯扣押一年之久。
幸亏朵豁剌惕家族出兵营救，努羽斯才得以脱离牢笼。
此后，他只得妥协。
局势稳定后，努羽斯再次推行城市化，贵族们仍然反对。
贵族们在1485年拥立羽努斯儿子阿黑麻在西部称汗，而羽努斯没有进攻儿子，在塔什干建都，东察合台汗国从此一分为二。
朵豁剌惕家族之乱
羽努斯汗的忠实支持者-朵豁剌惕家族也出现了变局。
家族族长-马黑麻.海达尔被侄子阿巴.扎乞尔赶走，从此不再听从努羽斯汗的调遣。
羽努斯汗连经变故，雄心顿消，就此长期蜗居在塔什干享受生活，不再过问朝政。
1487年，羽努斯汗病逝，其次子马合木继承汗位。
这时的东察合台汗国实际上已经一分为二，西部是哥哥阿黑麻，东部是弟弟马合木。
乌兹别克汗国复国
在东察合台汗国东西分裂之时，中亚却发生了翻天覆地的变化。
被瓦剌人灭国的乌兹别克汗国在昔班尼的领导下复国了。
1500年，昔班尼攻陷布哈拉，又包围了帖木儿帝国首都撒马尔罕，击败了波斯与帖木儿帝国联军。
帖木儿帝国末代君主被昔班尼汗处死。
昔班尼以撒马尔罕为都，建立了中亚第一大国-乌兹别克汗国-昔班尼王朝。
昔班尼建国后，第一个对外扩张的目标就是马合木的塔什干。
1502年，昔班尼率大军进攻塔什干，马合木汗向哥哥阿黑麻求援。
阿黑麻带领2个儿子前往救援。但是这次救援遭到惨败，14岁的三子赛亦的受伤，后被送往昔班尼处。
塔什干被昔班尼占领，马合木逃亡西部依附大哥阿黑麻汗。
阿黑麻战败之后，回到阿克苏之后，不久病死。
阿黑麻死后，长子曼苏尔成为大汗。
曼苏尔接手了东察合台汗国这个烂摊子，还没等他缓过劲来，原来的臣属-朵豁剌惕家族的阿巴.扎乞尔便向他发起进攻。
曼苏尔无力抵挡，只得撤往拜城，阿克苏落入阿巴之手。
阿巴乘胜追击继续东征，曼苏尔汗逃到吐鲁番，拜城丢失。
兄弟内讧
阿巴占领拜城，阿克苏之后便退兵了。
曼苏尔汗正欲重整兵马，恢复故地。
他的三弟，曾经被昔班尼俘虏的赛亦的回到了西部，联合另一位兄弟哈利勒，他们首先消灭了叔叔马合木，又向曼苏尔提出挑战。
曼苏尔深知弟弟赛亦的胸怀大志，于是他先下手，趁他们刚刚消灭马合木，立足未稳之际发动突袭，击败了两个弟弟，他们逃亡河中，其属民被曼苏尔迁往吐鲁番和察里失。
明朝丢失哈密，西域再次脱离中央政权管辖
曼苏尔下一步的计划是征服明朝控制的哈密地区。
哈密地区是察合台六子拜达尔封地，元灭亡后，1368年威武万兀那失里自立为哈密王。
1393年，兀那失里病逝，其弟-安克帖木儿即位。
1404，明永乐二年，明朝封安克帖木儿为忠顺王，两年后设哈密卫，设指挥，千户，百户官。
1473年，哈密被努羽斯占领，但两年后，明朝复夺哈密。
1488年，阿黑麻再次占据哈密，但是遭到明朝的闭关绝贡，减少赏赐，拘留贡使的报复，无奈之下只得将哈密归还。
曼苏尔汗时期，哈密末代忠顺王拜牙投靠了曼苏尔。
为造成占领哈密的既成事实，曼苏尔多次陈兵明朝边境，终于在1529年（明嘉靖8年），明朝终于不堪骚扰，决定罢兵不再过问哈密。
从此，哈密成为东察合台汗国的领土，新疆的泛伊斯兰化进程正式开启。
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