《城乡规划法》第六十四条：未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证规定的内容进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设;尚可采取改正措施消除对规划实施影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款；无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。
该条文是规划主管部门查法违法建设行为最重要的依据之一，但由于不少具体问题表述过于笼统、含糊，在理论界和司法务实部门理解和认识也不一致，给具体执法实践带来诸多困惑。
尚可采取改正措施的判断标准
《城乡规划法》第六十四条对于哪些属于可采取改正措施的情形，法律条文只作出原则性规定，未规定具体的判断标准。在实践中，其判断标准主要在于是否符合控制性详细规划等实体性要求，或经改正后是否符合上述要求，以及没有《物权法》第八十九条规定的不得违反国家有关工程建设标准的情形等。
在《中华人民共和国城乡规划法注解与配套》(中国法制出版社)一书中，注解为两种情形：一是对建筑物本身进行必要的改正，比如拆除违法部分的建筑等，使得原本不符合城乡规划的建设行为符合城乡规划实质性要求；二是建设行为虽然未取得建设工程规划许可证，但建设行为符合城乡规划实体规范，只是不符合城乡规划的程序规范，通过补办必要的规划行政许可手续，使其符合城乡规划的程序性要求。
住建部《关于规范城乡规划行政处罚裁量权的指导意见》（建法[2012]99号）列举了两种情形：一是取得建设工程规划许可证，但未按照建设工程规划许可证的规定进行建设，在限期内采取局部拆除等整改措施，能够使建设工程符合建设工程规划许可证要求的。二是未取得建设工程规划许可证即开工建设，但已取得城乡规划主管部门的建设工程设计方案审查文件，且建设内容符合或采取局部拆除等整改措施后能够符合审查文件要求的。
有的省份通过地方立法列举了具体情形，如贵州、安徽、福建、重庆等。有的地方立法规定：处于城乡规划划定的建设用地规划区范围内，符合建设用地性质，且不影响近期开发建设计划和控制性详细规划的实施；没有占用道路红线等规划四线；不危害公共安全，不妨碍市政基础设施和公共服务设施的正常运行；不违反城乡规划划定的水源地等自然与历史文化资源的保护要求；没有侵害通风、采光、日照等相邻关系或虽已侵害但可能及时消除的；不违反城乡规划的强制性内容；经过改正后符合规划条件的等。
无法采取改正措施的判断标准
《城乡规划法》第六十四条也没有具体规定哪些属于无法采取改正措施消除规划实施影响的情形。
《中华人民共和国城乡规划法注解与配套》(中国法制出版社)一书中，注解为建设活动严重违法，而且这种违法不仅仅是程序上违反城乡规划法规定的管理程序，同时这种违法行为还违反了城乡规划的实体性要求，并且是严重违反城乡规划，从而无法通过对建筑物进行改正而消除对城乡规划的影响。
有的省份通过地方立法列举了具体情形，如河北、江苏、河南、湖南、山东等。《河北省城乡规划条例》规定了五种情形：一是占用城市道路、广场、绿地、河湖水域、地下工程、轨道交通设施、通信设施或者压占城市管线、永久性测量标志的；二是违反控制性详细规划确定的建筑容积率、建筑密度、绿地率等重要控制性内容的；三是占用文物保护单位保护范围用地进行建设的；四是擅自在建筑物楼顶、退层平台、住宅底层院内以及配建的停车场地进行建设的；五是其他无法采取改正措施消除影响的。
不能拆除的判断标准
《城乡规划法》第六十四条同样没有具体规定哪些情形属于不能拆除。实践中主要是考量拆除违法建设是否会对国家利益、社会公共利益造成重大损失，拆除违法建设部分是否将影响到建筑结构整体危害公共安全，拆除后是否违反了行政比例原则，以及法律法规规定的其它不能拆除的情形。
建设工程造价的计算标准
《城乡规划法》第六十四条对建设工程造价的内涵未作出明确具体规定。
全国人大常委会法工委经济法室等编写的《城乡规划法解说》一书中认为，作为罚款计算基数的工程造价，可以区分考虑，对于未取得建设工程规划许可证的为工程全部造价，对于未按照建设工程规划许可证规定内容进行建设的，应当为违规建设的部分工程造价。
住建部《关于规范城乡规划行政处罚裁量权的指导意见》（建法[2012]99号）提出：对违法建设行为处以罚款，应当以新建、扩建、 改建的存在违反城乡规划事实的建筑物、构筑物单体造价作为罚款基数。已经完成竣工结算的违法建设，应当以竣工结算价作为罚款基数；尚未完成竣工结算的违法建设，可以根据工程已完工部分的施工合同价确定罚款基数；未依法签订施工合同或者当事人提供的施工合同价明显低于市场价格的，处罚机关应当委托有资质的造价咨询机构评估确定。
地方性法规规定也不尽相同，主要有三种做法：一是以建设的整体工程造价为准的。如《江苏省城乡规划条例》第六十二条第三款。二是以违法建设情形的单项工程整体造价为准。如《浙江省城乡规划条例》第五十九条第四款。三是区分了未取得建设工程规划许可证和未按照建设工程规划许可证规定内容进行建设的行为，即未取得建设工程规划许可证的，为整体建设工程造价；未按照建设工程规划许可证规定内容进行建设的，为建设工程违法部分的工程造价。如福建省、四川省、吉林省如此规定。
“责令停止建设”，不属于行政处罚
责令停止建设主要是针对正在建设过程中且尚未完工的违法建设，说明其正在对城乡规划的实施造成不利影响，为了防止这种不利影响的进一步加害，而作出的“责令停止建设”，目的是为了及时制止违法建设行为，具有典型的现场制止性和对建筑物的即时管控性，不具有终局性与惩罚性。因此，不属于行政处罚种类，应属于行政强制措施。
限期改正与罚款并用
《行政处罚法》第二十三条规定：行政机关实施行政处罚时，应当责令当事人改正或者限期改正违法行为。因此“限期改正”不属于行政处罚，而是在必要时采取的补救措施。
《城乡规划法》第六十四条：“尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款”，此处的“限期改正”应当与罚款并用，故应理解为两者必须并用，即“责令限期改正并处罚款”。如，江苏省住建厅于2008年12月5日下发的《关于违法建设查处中涉及重新申办规划许可证问题的通知》(苏建函规[2008]712号)文件中，明确表述为：”按照《城乡规划法》第六十四条的规定，对违法建设工程应当责令停止建设；尚可采取改正措施消除对城乡规划实施影响的，限期改正并处罚款……”。
“责令限期拆除”，是行政强制措施，还是行政处罚
《行政处罚法》关于行政处罚种类的规定，并未将责令限期拆除作为行政处罚的种类，其保底条款中法律、行政法规规定的其他行政处罚，只有《土地管理法》明确责令限期拆除属于行政处罚，《城乡规划法》并未明确责令限期拆除作为行政处罚。“限期拆除”究竟属不属于行政处罚？在理论界与司法实务界争论不休，难以统一认识。目前，有两种观点:：
有观点认为，限期拆除属于行政处罚。主要理由是其符合行政处罚的一般特性，属于针对行政相对人违反城乡规划管理的行为，以惩治违法为目的而实施的法律制裁。在司法实践中，如果规划主管部门责令限期拆除决定，未遵循行政处罚程序的，有时会被认定为程序违法。如，湖南省高级人民法院[2015]湘高法行再终字第2号行政判决书，就认为原衡阳市城乡规划局在作出限期拆除通知书之前，没有依照法定程序向当事人告知作出限期拆除的违法事实与理由、相关法律依据，以及当事人依法享有陈述与申辩以及要求组织听证等权利，违反了《行政处罚法》第三十一条有关告知义务的规定，构成了程序违法。
主流观点认为，限期拆除不属于行政处罚。主要依据国务院法制办《关于“责令限期拆除”是否属于行政处罚行为的请示》(国法秘研函〔2012〕665号)的复函：“根据《中华人民共和国行政处罚法》第二十三条关于行政机关实施行政处罚时，应当责令改正或限期改正违法行为的规定，责令改正或限期改正违法行为与行政处罚是不同的行政行为。因此，《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条规定的限期拆除、第六十八条规定的责令限期拆除不应当理解为行政处罚行为。” 虽然2008年原《城市规划法》已修改为《城乡规划法》，但对违法建筑责令限期拆除的条文并无大的改动。国务院的答复是依据《行政处罚法》的相关规定对责令限期拆除进行理解的，故仍具有适用性。
2015年11月1日实施的《住房城乡建设行政复议办法》第九条的规定，已明确将“限期拆除”由行政处罚变更为行政强制，因此，对当事人做出“责令限期拆除”的案件，不宜使用《处罚决定书》，应使用《限期拆除决定书》。
另外，《行政强制法》第四十四条对违法建筑的拆除也进行了相应的规定。
没收实物或违法收入可并处罚款
《城乡规划法》第六十四条规定，无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。
有观点认为：只有在没收违法收入时才可以并处罚款，而在没收实物时不可以再并处罚款。
主流观点认为：在法律条文表述时，没收实物与没收违法收入之间用了“或者”，表明了两选一的关系，一般只连接并列成分中的一部分。也就是说，对于不能拆除的违法建设但可以没收的实物，应处以没收实物且并处罚款，也可以不并处罚款；对于不可以没收的实物，就处以没收违法收入且并处罚款、也可以不并处罚款。只是适用的条件略有不同，没收违法收入是因为违法建设从技术层面上无法拆除，且不宜作出没收实物的处罚。
关于没收违法收入的“收入”数额如何界定，全国人大常委会法工委2011年1月4日(法工委发〔2011〕1号)批复明确：“根据城乡规划法第六十四条规定，违法建设工程不能拆除的，应当没收实物或者违法收入。没收的违法收入应当与应依法没收的实物价值相当”。
住建部《关于规范城乡规划行政处罚裁量权的指导意见》（建法[2012]99号）提出： 违法收入，按照新建、扩建、改建的存在违反城乡规划事实的建筑物、构筑物单体出售所得价款计算；出售所得价款明显低于同类房地产市场价格的，处罚机关应当委托有资质的房地产评估机构评估确定。
适用的时效规定
《城乡规划法》第六十四条对违法建设查处的时效没有作出明确具体的界定。
《行政处罚法》第二十九条规定：违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚。法律另有规定的除外。根据全国人大法工委办公室有关违反规划许可等违法行为追诉时效有关问题的批复精神，违法建设只要没有被依法处罚并补办相关规划行政许可手续，将违法建筑物合法化之前，因其违法行为导致危害建设工程质量安全和违反城乡规划事实状态始终未变，应当认定其行为处于继续状态。应当从其行为终了之日起计算行政处罚时效，即在违法建设存续期间和纠正违法之日起二年内，应当依法对违法建设实施行政处罚。因此，对于违法建设的查处，不适用《行政处罚法》有关二年的时效规定。
住建部《关于规范城乡规划行政处罚裁量权的指导意见》（建法[2012]99号）提出：对违法建设行为进行行政处罚，应当在违反城乡规划事实存续期间和违法行为得到纠正之日起两年内实施。
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