有益菌又稱為有益微生物或微生態製劑(microeclog agents)，是指在微生態理論指導下，運用微生態原理，利用對宿主有益無害的正常微生物或正常微生物促進生長質經過特殊工藝製成的製劑，以達到調整機體及養殖水域微生態平衡的目的。根據微生物的種類可把微生態製劑分為芽孢桿菌製劑、乳酸桿菌製劑、酵母製劑類、複合微生態製劑、雙歧桿菌製劑和擬桿菌製劑等。目前所擔保的生態養殖模式，是指在養殖水體中加入有益微生物，即微生態製劑，來調節和改善養殖微生態環境，控制和減少養殖動物暴發性病害的發生。
當前水產養殖業正處於蓬勃發展的時代，環境惡化、病害頻發和藥殘是目前存在和迫切需要解決的三大難題。有益菌不但能夠利用自身的特點分解水體中過多的營養鹽，降低COD，並且通過相生相剋的原理，抑制優勢菌的大量繁殖，維持微生態平衡，從而起到降低疾病發生機率的作用。有益菌的出現引起了產業界人士的高度重視，養殖戶也紛紛嘗試利用據業內人士介紹，有益菌確實具淨化水體和促進動物苗期生長的作用，但在病害防治方面的作用不甚明顯，甚至會產生致病作用，有益菌並非“萬靈藥”，因此在有益菌的使用選擇上一定要慎重。
1、使用有益菌前要做預試驗有益菌是經過現代生物工程的精心篩選，並加以適當的改進製成的，並且具有自然菌所不具有的某些特徵，比如對藥物的抵抗性就比普通菌強上好多倍，因此在選擇有益菌作為抵抗有害菌的物質時，一定要在與養殖系統完全隔離的情況下，進行一段時間的預試驗，試驗週期不能少於50o。2、要詳細瞭解有益菌的配伍目前，水產養殖業當中多使用複合微生態製劑，即多種有益菌搭配製成的製劑。這些有益菌的搭配就如同藥的配伍一樣，是具有很強的科學性的。首先，這些細菌必須有相同的生長和繁殖條件。如果生長條件不一致，在某一個養殖環境當中，可能適合某種菌的繁殖，但對其他有益菌卻是抑制作用，那麼這種所謂的有益菌將成為優勢菌，進而轉化成有害菌，起到的是致病作用，而非有益作用。加之它的篩選工藝特殊，在進行藥物防治時勢必形成所謂的“超級細菌”，困難是可以想象的，造成的損失也是不可估量的。細菌性疾病的發生往往是由某一種或幾種細菌處於優勢狀態而發生的，有益與有害其實是一個相對的概念，在某種條件下是可以相互轉化的。有些細菌並非具有致病作用，而是條件的變化引起的，因此被稱為條件致病菌；其次，這些有益菌的作用是相同的。因此，在購買複合微生態製劑時，要弄明白這些有益菌的組成即配方，並且在實驗室允許的條件下，用選擇性培養基培養觀察，例如TCBS培養基只適合弧菌生長等。弧菌是一大類細菌，並且大多數種類都是有害菌，都有致病作用，因此多數養殖戶談“弧”色變，不過有些弧菌，例如蛭弧菌逐漸被用作有益菌，因為蛭弧菌以多數細菌為食，具有抑制優勢菌產生的作用，不過，其過量繁殖也非一種理想狀態，即所謂的物極必反。
EM菌在水產養殖中的使用效果被廣泛認可。但是EM菌發酵好的原液使用起來成本較高，而且經過廠家經銷商長時間儲存，菌的活力也會下降。近幾年市場上比較受到養殖戶歡迎的是EM菌菌種。養殖戶購買回去後可以自己擴培。自己發酵的EM菌菌液使用起來成本低，而且現發酵的的菌液數量多活性好。那麼在選擇EM菌菌中的時候大家要關注菌種的好壞。一般而言，判斷菌種好壞有一個最簡單的指標pH值。因為EM菌種的乳酸菌含量最多，EM菌菌液的pH值較低說明乳酸菌含量豐富，也就意味著整體的EM菌活性較高。一般而言pH值在3.5以下就算是好菌種，如果可以達到3以下就算是質量特別好的EM菌種了。
3、要有針對性地使用有益菌有益菌的選擇使用要有針對性，不能把作用於蝦的有益菌拿來養魚使用。有些有益菌是可以混用的，比如酵母菌、乳酸桿菌等，但是很多種類對蝦沒有致病性，對魚卻是存在危險性的，例如溶藻弧菌常用來作用對蝦養殖的有益菌，然而在大菱鮃養殖中卻是致病菌，引起嚴重的腹水症，給養殖者造成巨大的經濟損失，因此應慎用。當買了一些用於養殖蝦類的有益菌想深度用於養殖魚時也要進行預試驗，在試驗的過程中一定要有嚴謹的科學態度，實施衛生操作與規範化的管理，而且試驗要在封閉的環境中進行，遠離或隔離養殖系統。4、要準確把握有益菌的使用劑量有些養殖人員認為，有益菌百利而無一害，劑量越大越好，其實則不然。有益菌一般被常用作水質淨化劑或調節劑，或者被用作免疫增強劑，以添加劑的方式搭配在餌料當中，對淨化水質而言視水質的潔淨程度而定，濁則多加，清則少加，但要適量；作為免疫增強劑時，量不宜過大，但可以連續使用；商品有益菌往往以顆粒形式包裝在塑料袋內，使用前要先進行活化。不要活化後直接使用於水體或養殖對象，一定要有針對性的選擇劑量，視活化濃度和作用對象而定；另外，作為病害防治劑或生長促進劑時，應根據作用對象、使用方式和作用對象的多少綜合考慮，不要只憑借產品說明。
市面上的有機酸林林總總，建議大家選擇含量高的，且最好濃縮，使用時一般用量較多，方便攜帶。超濃有機酸，超濃配方，五倍濃縮；解毒排毒，調水淨水；適應於處理農藥殘留、藻毒素中毒、重金屬超標、水質異常等場景：緩解養殖動物中毒及應激反應，加速體內毒素排出，提高水體透明度，穩定水體pH值
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