公元190年，袁绍联系了十几家愿意反对董卓的实力派人物，组成联军，讨伐董卓。而汉献帝在董卓手中，所以联军只能由袁绍发号施令。整个反董卓同盟部署严谨，这对董卓极为不利，他常年驻守在西北，于是想把都城迁往长安，便于控制形势。
董卓当然会带走汉献帝，他迁都的借口是神学著作的理论，刘邦在长安建都传了十一代。刘秀在洛阳立国也是十一代。董卓说，循环往复，就得迁都长安。
但是，以杨彪为首的大臣说，治理天下最重要的是让天下安定，让百姓安稳。尤其是现在，更需要安定。“天下动之甚易，安之甚难。”更何况这些年，东汉处于混乱之中?这样的大折腾，引起恐慌，就会让国家安定的目标更变得遥远。
这个看法是深刻有道理的。不过董卓为了满足个人利益，非要迁都，他指着杨彪的说法是独夫民贼的粗鲁认识。于是在董卓的武力挟持下，东汉王朝被迫迁都长安，董卓为了防止官员和人民逃回故都洛阳，将整个洛阳城烧毁。昔日兴盛繁华的洛阳城，瞬时之间变成一片废墟。
董卓的迁都也对汉献帝的统治造成了难以泯灭的负面影响。首先是动摇了东汉政权的统治基础，为日后汉献帝改善统治增加了难度。整个东汉王朝的中心一直在洛阳，官僚与管理都以此为中心。现在迁都长安，管理系统是缺乏的，所以长安与国家的东部南部都脱节。
如果要坐镇长安，很难指挥天下。所以，曹操有著名的评论：“向使董卓倚王室，据旧京，东向以临天下，虽以无道行之，犹足为患。今焚烧宫室，劫迁天子，海内震动，不知所归。”如果占据洛阳，以此为根据地，以汉献帝的权威，哪怕许多事不合道义，力量本身是可怕的。
董卓放弃了洛阳，迁到长安，使得整个朝廷脱离了成熟的管理系统，中央就成了无本之木。而且造成人心震动，这极大伤害了汉献帝的统治基础。迁都发生在东部反董联盟成立时，这些诸侯的实力虽有差别，但是每个人都有号召力。当董卓他们还在洛阳时，这些人可以团结在反董的旗帜下。东部同盟想取得与汉献帝的联系，不是完全没可能。
但是迁都长安后，诸侯的斗争目标也失去了，他们失去了与汉献帝的联系。这十几位实力派人物，失去目标后，就进入了一个互相间你争我斗中了。国家开始分裂，这个同盟内部就进入了“外托义兵，内图相灭”状态中，这就为后来东汉后的四分五裂埋下了祸根。
迁都长安加深了东部实力派人物与汉献帝间的对立。汉献帝被挟持到长安后，“关东诸将议，以朝廷幼冲，迫于董卓，远隔关塞，不知存否。”汉献帝幼小，到遥远的长安，哪怕被害死了，他们也不知道。
这种疑虑被袁绍利用了，他就联合一部分人提出建议，要在东部另立皇帝。表面是袁绍与董卓的矛盾，也不可避免地让袁绍与汉献帝间存在隔阂。之前不敢公开反对汉献帝，现在正好给了袁绍一个否定汉献帝的机会。
袁绍甚至不惜散布谣言，说汉献帝不是汉灵帝的儿子，想借此来否定皇位的合法性。他给袁术写信时，说“今西名有幼君，无血脉之属，公卿以下皆媚事卓，安可复信?东立圣君，太平可冀，如何有疑?”袁绍提出要取代汉献帝的是刘虞，也是刘氏宗亲。
袁绍是诸侯盟主，他对汉献帝的态度，也影响到一部分人，像刘表之类。刘表后来对汉献帝就是抵触的。所以，董卓把汉献帝迁到长安，造成了反对董卓的人，也跟着反对汉献帝。这对汉献帝的统治极为不利，后来多亏了曹操，才摆正了汉献帝的正统地位，使得国家趋于一统。
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