《刺客信條：奧德賽》的故事發生在刺客組織還未萌芽的古希臘時期，在遊戲的開頭玩家就親身經歷了列奧尼達斯，斯巴達之王的溫泉關戰役，刺客信條系列一直都與歷史息息相關。伯羅奔尼撒戰爭是爆發於古希臘世界量大霸權之間的戰爭，起因是兩大霸權之間的利益衝突不斷加劇，以及彼此間的猜疑和內部的矛盾所引發的一場戰爭。這場戰爭的導火索所謂埃皮丹納斯的內戰，由於內戰雙方不斷升級事件，直接導致了這場地區衝突演變為古希臘世界的全面戰爭。
遊戲中的時間段為戰爭第一階段，被稱作阿基達姆斯(或伯里克利)戰爭431bc-421bc，第一階段以在安菲波利會戰中，克里昂和布拉西達戰死結束(遊戲還原了歷史)，開始了第二階段尼基阿斯和平時期。
在希臘-波斯戰爭勝利後，雅典和其他愛琴海城邦為了防禦將來可能的波斯帝國的再次入侵而結成的聯盟。聯盟的成立之初是為了對抗波斯帝國，但是他波斯帝國已不在構成威脅時，這個聯盟逐漸發展成以雅典為中心的海洋帝國。雅典靠著銀礦和盟友上交的貢金，以及在迪米斯提克里的海軍戰略指導下，經過長久經營後，在戰爭爆發前建立起了一支數目達到300艘戰船強大的海軍。雅典仗這自己的強大海軍不斷干涉盟友內政，強行向其他不服從的城邦派遣移民和駐軍。
遊戲主角所在的出生地，凱法洛尼亞島，以及西邊遊戲中未呈現的扎金索斯s島，是雅典海軍的重點佔領目標。凱法洛尼亞是封鎖科林斯海灣的重要基地。而扎金索斯產的一種焦油可以塗在戰船上，從而防止海水侵蝕並減低維護成本。當玩家進入雅典城後，可在pnyx普您克斯山上看見正在演講的伯里克利和克里昂cleon。克里昂認為伯利克里的戰略太過消極，如此避戰行為真是不知羞恥。伯里克利明確表示雖然這個戰略消極，但是能夠贏得戰爭。
很多雅典人也認為斯巴達並不會多次進入阿提卡地區進行劫掠太長時間。但是斯巴達為了逼迫雅典求和，他們的軍隊一直在雅典人的眼皮底下進行破壞行動。在城中避難的雅典人看到自己的私人財產被斯巴達軍隊摧毀殆盡。看是將怒火全部傾瀉到伯里克利身上。而克里昂正利用了這次機會來不斷向伯里克利施壓，企圖奪得雅典政治的話語權。
雅典城中爆發了瘟疫，在這場瘟疫中近三分之一的人口喪生。戰略效果不明顯，陸上作戰的消極抵抗，瘟疫橫行，城外部農田被破壞，戰爭資金儲備消耗過快。雅典民眾的怒火再一次被引燃，這次伯利克里的政敵們又一受賄的罪名起訴伯里克利，本來應當被判處死刑的伯里克利，被他的幕僚們運作為繳納一筆重金罰款了事，但是伯里克利卻被暫時驅逐出雅典政治舞臺。
在他離開的這段時間裡，他的支持者們極力維持著伯利克里的戰略，直到他在被選舉來領導雅典。但是他再一次領導雅典的時候，他的生活也並不輕鬆，他仍被雅典民眾非議著，不斷的被政敵們攻擊。雅典的瘟疫也感染了伯里克利和他的家人們，他的兩個兒子都死於瘟疫。
最終伯里克利在臨終前乞求議會能夠給他的倖存兒子小伯里克利賦予公民身份。伯利克里的妻子是米利都Miletus人，正是阿斯帕西婭Aspasia，遊戲中被設定為秩序教團首領的阿斯帕西婭!因為她不是雅典人，所以他們的兒子不應當獲得雅典公民身份(只有雅典公民身份的要求是父母必須都是雅典人，這條法律是伯里克利在20年前頒佈的)。但是伯里克利的請求被議會准許了。雅典的伯裡克，由於瘟疫纏身與世長辭。(遊戲中被設定為被deimos 殺死)
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