万历朝初期，内阁首辅张居正主掌朝政，大刀阔斧地实行改革，他在政治、农业、军事上的一系列措施使得明朝一转自嘉靖后期以来的颓势，国力开始慢慢恢复，并一度呈现出中兴的迹象。 然而改革未终而中道崩卒，张居正逝世后，
万历皇帝开始执政，此前在改革中被触及利益的贵族和大地主阶级开始口诛笔伐，阻拦改革，万历皇帝抵挡不住方方面面的压力而中止张居正的改革政策，改革中的桩桩件件都被一一废除，本来呈现中兴气象的大明彻底开始走下坡路。
随着改革的废止，本来就疲态尽显的明朝弊政丛生，农业土地兼并现象越来越严重，吏治、官场腐败，军备边防松弛，再加上万历皇帝后期长期不理朝政，致使朝政落入宦官之手，形成了专权。而此时身处朝廷正义之流的官员们对此等现象深恶痛绝，经常谏言呈上，直言利弊。
其中，东林党的发起人物顾宪成就是其中的代表。由于他的直言不讳惹怒了万历皇帝，被革职回乡。然而，顾宪成回到家乡并没有因此而沉沦，他开始用讲学来唤醒当时的人们，慢慢的后来逐渐形成了影响力，于是他就把讲学的地方移了当时的东林书院，联合当时一些志同道合的人们，定期在东林书院讲学论道，由于他们讲的都是现今国家及朝政之事，自然吸引了很多人来听讲，甚至在朝廷中担任重要职位的官员也慕名前来，大家都被这样的气氛和内容所感染，逐渐形成了这样的一种学术派别，姑且就叫做
东林学派。同时也可以称之为一种政治团体。至于东林党的叫法，是当时他们的反对者提出来的并被后世沿用。 在前期，东林党的思想对朝政产生了积极的影响。不仅官员在处理政事的时候会受到东林学派思想的影响，就连皇帝在决定一些国家大事的时候，也会受到当时已经加入东林党的官员的进言和谏言。 至于为什么东林党和宦官集团扯上关系，还得说说他的三大主张。
他们主张，第一广开言路，使朝廷形成从谏如流的好风气。第二反对宦官干政，这也是明朝后期朝政的真实反馈。第三反对加收工商税，因为所收的工商税大多数都出自他们贵族大地主阶级的，这是根据他们的阶级属性提出来的。 其中第二条是真真切切地向当时的宦官集团直接宣战。
说完东林党，我们再来说说阉党，这里所说的阉党主要是万历朝后期一直到天启年间的掌权的宦官集团，万历皇帝后期长达二十多年不理政。原先就已经在权力的大海中泛滥的宦官体制更加无人监管，作为宦官部门的司礼监权利越来越大，尤其是处于权利顶端的司礼监秉笔太监和司礼监掌印太监这两个职位，权势更为熏天。秉笔太监提携东厂，掌握实际权力，负责对全国官员进行监察，同时对奏章有批红之权。而掌印太监拥有对奏章的最终审核权，所有奏章都需经过掌印太监盖章方可审核通过，所以也有内相之称。一旦皇帝懒政，宦官其实就已经拥有了掌握国家权力的机会。
所以在万历年间后期，宦官干政已经成为了威胁明朝统治的重大的不安定因素。东林党人士斗争的也是这种体制下的宦官干政，但是在万历年间虽有斗争，但还没有上升到腥风血雨的程度。
真正进入到白热化的斗争层面是大宦官魏忠贤掌权期间。魏忠贤发迹于明熹宗朱由校时期，即天启年间，他利用皇帝对奶妈客氏的亲密关系，于是接近客氏并以此夺得皇帝宠信，开始上位一步步到达权利的顶峰，担任司礼监秉笔太监，虽说此时在他之上还有掌印太监一职，但此时的掌印太监是由魏忠贤提拔并放置的一个傀儡职位，其实已经是虚职一个，魏忠贤一人此时已经掌握了明朝的实际大权。
魏忠贤独揽大权，权倾朝野。这时候，原先被东林党打击排挤的其他党派都投靠于魏忠贤麾下，所以，阉党从广义上说是包括他们的。而这样的风头转向也是两党之争的一个转折点。
在东林党人和阉党斗争的前期，即在万历朝时期由于东林党人士众多，朝廷中虽有其他党派或者掌权宦官，但是作为东林党对立一面的宦官集团是没有一个拥有绝对权力的核心人物，所以，万历朝、泰昌朝以及熹宗即位之初，东林党不管是在与其他党派斗争中还是与阉党斗争中都是占据上风的。
这其中最著名的当属“梃击”“红丸”“移宫”这明末三大案件，说是案件其实并不十分准确，真正意义上说这三个事件是明朝党争权利斗争的缩影。“梃击案”发生在万历朝，是围绕太子位置争夺的一场权利阴谋，支持太子和福王的两股势力在不同的形势下尔虞我诈，见风使舵。“
红丸案”发生在泰昌帝当政的一个月里，也是东林党为博取皇帝信任而与其他政党互相攻击、争相献媚，最终导致病重的泰昌帝因服食红丸，执政不到一个月便逝世，熹宗朱由校由此即位。
移宫事件是东林党和阉党魏忠贤的一次直接斗争，魏忠贤计划利用移宫之计亲近皇帝朱由校趁机掌握朝政大权，而以杨涟、左光斗为代表的东林党人坚决反对，最终未能成行，这也为魏忠贤以后报复东林党人埋下了怨种。
魏忠贤的上位标志着宦官集团开始在斗争中占据上风，朱由校的不理朝政给了大宦官魏忠贤可乘之机，魏忠贤掌权之后，魏忠贤开始对东林党进行反击，他先是一一罢免在朝中的东林党人士，逐步铲除东林党的羽翼。甚至在他们被革职拿办之后，魏忠贤还不罢休，还令锦衣卫继续进行迫害，当时朝中东林党遭受牵连、罢职、迫害的十之七八。从此东林党人士在朝政中惶惶不可终日，彻底失去了对朝政的控制。
在这种纯粹形式的打压之外，在万历朝东林党强烈反对加收的工商税，在明熹宗一朝也由魏忠贤重新提出并实施，由于东林党人士中大多为地主阶级和工商阶级，加收工商税就相当于掠夺自己的财产。这样针对性的行为也使得东林党人对魏忠贤的怨恨日益加剧。
天启七年，熹宗去世，崇祯皇帝即位。由于崇祯未即位时便对魏忠贤的所作所为深恶痛绝，在探得新皇帝的心思之后，朝中大臣纷纷上奏弹劾魏忠贤，崇祯皇帝正好借此机会除掉了魏忠贤，并将大权控制到自己手里。党阉之争似乎以东林党的胜利而结束了。
魏忠贤死后，东林党人士便开始在朝中得势，他们上言崇祯使崇祯取消工商税，维护了自己阶级的私利。但同时也断了大明最重要的一项经济来源，要知道在天启年间征收的商业税能占到整个国家财政收入的三分之二，如此这般取消，使得繁重的赋税都加到了农民的头上，导致阶级矛盾日益加剧，加速了明王朝灭亡的步伐。
同时，东林党人在政治上的上位，并未让他们就此收势。他们反而更加肆无忌惮地打击反对他们的党派，造成朝政混乱，成为了明朝灭亡的直接原因。
自古以来，党争误国，在明朝末年体现的淋漓尽致。
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