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華西協合大學博物館是中國近代最早成立的博物館之一，在中國近代博物館史上佔據重要地位。據黃思禮《華西協合大學》一書記載，建校之際，華西協合大學博物館就開始籌建,是西方基督教會在西南地區最早建立的博物館之一。華西協合大學博物館包括考古、自然科學、醫牙３個博物館，考古學博物館位於圖書館內，自然歷史博物館位於嘉德堂，醫牙博物館位於醫牙學院大樓內。
自然博物館及博物館收藏品——周虎鐓
考古學博物館建館之初，因經費有限而進展遲緩，標本多為戴謙和所採集，或為熱心人士所捐贈，尤其得到美國聖經公會的陶然士和葉長青兩位藏學研究專家的支持。
博物館收藏始於1909年收集的一座校鍾，1930年，得到美國哈佛燕京學社的資金援助，館藏漸漸豐富起來，至1931年，館內已有標本6000餘件，悉數儲藏陳列於華西協合大學赫斐院，即醫牙樓中。1932年，華西協合大學博物館正式成立，美國哈佛燕京學社派葛維漢接任館長。葛維漢才學兼長，精於研究，在他的主持下，華西協合大學考古學大放異彩，博物館也得到前所未有的發展。
華西協合大學博物館的定位是，在成為文物收藏中心的同時，要加強藏品的科學研究，編撰刊物、著作，加強學術交流活動。自1929年始，博物館主持編輯、出版、發行大型世界性學術刊物《華西邊疆研究學會雜誌》，至今仍是世界各國研究我國西南地區人類學、民族學、考古學、地質學、古生物學、動植物分類學等學科的學者必須參考、引證的重要文獻。博物館同時還將館藏特色文物進行陳列展覽，以供外界人士欣賞和研究。1936年，館藏文物達15885件，主要包括民族文物、川藏交界地帶的新舊石器。其中，清代服裝及刺繡700餘件，鼻菸壺約400件，瓷器約1000件，還有銅器、玉器、古錢幣、漢俑、清代珠翠及裝飾品等。《成都國民日報》所載《參觀華大博物館》一文盛讚該館：“收藏珍貴之歷史遺物甚多，永為西南最完善之博物館”。
1937年抗日戰爭爆發後，金陵大學、金陵女子文理學院、齊魯大學等高校、學術機構遷往成都，來蓉的學者、教員和學生們成為華西協合大學博物館的主要參觀人員。徐中樞、顧頡剛、商承祚、蒙文通、馬寅初、朱光潛等知名學者都曾來館參觀，並對博物館文物考古工作提出了很多意見和建議。當時國民黨政府要員也前往參觀，蔣介石、宋慶齡、劉湘、張群等均是博物館的客人。
1941年，被譽為“四川考古學之父”的鄭德坤任華西協合大學博物館第二任館長。鄭德坤在任時期對博物館極為看重，他指出：“華大博物館地處古蜀國首都，居川省之中心，在考古學上為未開發之原野，千百原始文化遺址，尚無人問津，其能成為人類學研究中心，當可無疑。”鄭德坤先後主持了4次四川的考古發掘，還進行了若干次外出考察，收集了大量的文物標本，並對成都西北部一些製陶場進行了深度研究，後組織整理、陳列，完成了博物館館藏目錄工作。
至1947年，館藏文物上起史前石器，下迄明清金石書畫，應有盡有。邊民民族極為豐富，包括羌族、彝族以及摩西、擺夷、開欽等民族器物，被譽為“世界各博物館之冠”。博物館不定期推出特別展覽，如1942年燈影展、1944年古玉展、1945年佛教雕刻展和藏畫展、1946年陶瓷展、1947年古代名紙以及英國刻畫展、美國建築展等，一定程度上滿足了成都市民的文化需求。研究方面，有林名均、宋蜀青、宋蜀華、蘇立文、梁釗韜等學者，並聘有四川省博物館館長馮漢驥，華西協合大學中國文化研究所主任聞宥，著名探險家、民族學家莊學本等作顧問。
鄭德坤把博物館建成了一個教育和收藏中心，不僅本地人常來參觀，“來自外省及國外之人士，達官要員，國際名士，友邦空軍，來此一遊者頗多”，博物館也被譽為成都當時的“重要名勝之一”。
當時任教於華西協合大學的著名藏學專家李安宅曾高度評價華西協合大學“其自然史和民俗考古兩博物館庋藏之富，地域之宜，亦無過之者”。
解放戰爭期間，華西協合大學博物館曾九易館長。1951年，中國文化研究所所長聞宥擔任館長。聞宥積極推進館務，著手清點標本，趁民間大批古物出現市面，購入大量珍貴文物，並努力籌劃出刊《華西文物》，鼓勵全館同仁從事研究。至1951年底，博物館藏品達35000餘件。
1952年全國高等院校院系調整，博物館大部分藏品撥歸四川大學，並更名為四川大學歷史博物館。郭沫若、啟功、李政道等知名學者和專家來館參觀、交流及進行藏品鑑定工作，全國各省市及各地高校來館參觀調研數不勝數。至20世紀50年代末，四川大學歷史博物館文物收藏超過3萬件，期間，華西協合大學自然歷史博物館併入四川大學，成為後來的四川大學自然博物館。醫牙博物館則得以保留，成為後來的中國口腔醫學博物館。
20世紀60年代中期，四川大學歷史博物館劃歸給歷史系代管，更名為四川大學歷史系博物館。1984年，博物館命名為四川大學博物館，著名考古學家童恩正教授出任館長。自此，四川大學博物館進入了一個新的發展時期。館址位於四川大學文史樓，藏品已達4萬餘件，由教育部撥款改造了民族學、民俗學、葬俗藝術、書畫、石刻藝術、教學參考等6個陳列室。新陳列室突破了傳統的通史陳列方式，以藝術化的復原式陳列，使展品的藝術性、科學性得到展現，新穎獨特的展覽吸引了校內外師生以及社會民眾踴躍參觀。四川大學博物館成為當時來川訪問、交流和學習的國內人士的一個重要文化交流平臺。
四川大學博物館服飾藝術展廳
1992年，博物館從四川大學文史樓遷至東區荷花池畔老圖書館樓。2005年，四川大學博物館新館建成，新館坐落在風景秀麗的錦江河畔，與望江樓公園為鄰，總建築面積達14000平方米，其中展區面積近8000平方米。新館在吸納原館展示風格的基礎上，推陳出新，充分運用現代聲、光、電等多種輔助手法營造氣氛，開闢出考古學陳列、石刻藝術陳列、民俗學陳列、民族學陳列、古代瓷器藝術、古代服飾藝術、書畫藝術等７個特色館、廳，共展出文物近2000件。在展館設置和展品選擇上，新館更注重再現四川大學博物館作為西南民族民俗文化收藏和研究中心的特點，面向全社會開放，發揮博物館作為愛國主義教育基地和科普教育基地的作用。
百年鑄名館，世紀藏珍品。從前身華西協合大學博物館時期開始，四川大學博物館就不只是一個單純的文物收藏機構，還是西南地區考古、藝術和人類學研究的中心。經過幾代學者的不懈努力，今天的四川大學博物館，包括人文博物館、自然博物館、口腔醫學博物館，已成為全國高等院校中最重要的綜合性博物館之一，在文物收藏、陳列展覽、學術研究、對外交流合作等方面均取得了令人矚目的成就，煥發著前所未有的蓬勃生機。
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