浙東地區乃是東晉的重要賦稅來源，江東外上繳貢賦，內則府庫充實，止於荊、揚二州，會稽沿海內多有湖泊，有良疇數十萬頃。自從這裡發生農民起義後，政府派遣部隊進行鎮壓，進行過大肆的搶掠，還進行過屠殺，將江浙地區的經濟搞得非常殘破，發生了大規模的饑荒，揚州的生產遭到了破壞，荊州的勢力便超過揚州。當東晉政府財政困難之時，出現了糧食短缺的現象，而桓玄則下令封鎖長江，禁止上游的物資向下遊運輸。下游的饑荒更加嚴重了，商旅斷絕，在迫不得已的情況下，下令討伐桓玄。司馬元顯統軍，劉牢之為前鋒。同時，桓玄也率兵東下。公元402年三月，桓玄收買了劉牢之，北府兵倒戈，這樣桓玄取得了決定性的勝利，直入建康，殺死了司馬道子、司馬元顯等人，之後逼迫安帝退位，公元403年十二月，稱帝，國號楚。
一、短暫的桓楚
江南地區在表面上是改朝換代了，但是危機並沒有解除。很多的州郡，還處在饑荒之中，無數的農民因為缺少糧食而餓死。三吳地區大飢，民眾人數減半。面對這樣嚴重的問題，新建立的政府沒有給予及時的解決，反而導致了危機在不斷的加深。
桓玄為代表的荊州軍可以成功，是因為北府軍將領的倒戈投靠，而且從當時的實力來看，能夠和荊州軍相抗衡的，也就只有這支北府軍了。桓玄認為要鞏固自己荊州系統建立的新政權，就必須要削弱北府軍將領的力量。在桓玄進入建康之後，首先便剪除了北府將領，將劉牢之的兵權剝奪，任命他為會稽太守，後來想起兵但是沒有成功，自縊而死。桓玄又先後處死了北府軍的將領高素、竺謙之、竺郎之、劉襲、劉季武等人，在處死這些將領的同時又提拔一些後起的將領，如劉裕等人，作為自己的勢力，讓北府軍為自己效力，可以拱衛長江下游。
劉裕的祖上是彭成人，後來渡江在丹徒的京口僑居。劉裕是士族出身，祖上做過一些小官，但是北來的民眾僑居的生活並不富裕，劉裕的父親去世的又早，因此家境貧寒，東晉土斷後，僑州的編戶百姓又增加了兵役，劉裕因為是士族，便做了孫無終的司馬，後來位劉牢之的參軍，跟隨其鎮壓浙東地區的農民起義，累有戰功，官至建武將軍、下邳太守。當桓玄大肆清楚北府軍勢力時，很多的北府將領很恐慌，但是劉裕知道自己還不夠格，並不慌張，並且對他們說，清算完上層的將領後必然會重用我們。後來果然，把劉裕當做培養的對象。桓玄想要做皇帝，便想要北府將領的想法，桓氏兄弟曾和劉裕單獨談話，劉裕說："楚王（桓玄）乃是宣武（桓溫）的兒子，如今晉室衰微，民眾們期待著楚王可以取代他"。劉裕在表達願意擁立桓玄後，桓氏對他非常的信任。但是劉裕卻在偷偷聯絡北府軍的中下將領，想要密謀的推翻桓玄。
二、劉裕起兵
公元404年二月二十八日，劉裕和北府軍的中下級軍官等百餘人，在京口起兵，殺死了桓脩。同時北府兵的中下級軍官劉毅等人在廣陵舉兵，殺死了桓弘。劉毅等人集結士兵在京口和劉裕匯合，進攻建康。
桓玄得知北府兵反叛，非常的恐慌，派兵平叛，但是被擊潰，無奈下只好將建康放棄，向荊州退去，將退位的司馬德宗也帶走了。到江陵之後，桓玄又聚集大軍準備東下，但是在崢嶸洲與北府軍兩萬人大戰，敗退到江陵，不久被殺。但桓氏仍有殘餘的勢力，在荊、湘一帶活動，大約一年後才被平定。而司馬德宗也被重新的迎回了建康，登上皇帝的位置。
劉裕起兵成功後，坐鎮京口，都督中外軍事領南徐、南青兩州刺史，後來又解除南青州，加領南兗州刺史，這樣北府軍全部都由劉裕一人掌控。公元408年，劉裕為揚州刺史，實際上已經掌握了東晉的大權。
南燕趁著東晉衰亂之際，派兵入侵東晉的邊境，掠奪人口充當奴婢，然後又送給後秦各國。於是劉裕出兵南燕，這次用兵一方面是滿足江南人民的抗敵要求，來緩和國內的階級矛盾，另一方面也想要企圖用對外戰爭的勝利，獲得更高的威望，使的這些北府軍的將領和世家大族臣服於他，不在與他抗衡。
公元409年四月，劉裕從建康出發，六月圍攻廣固。後燕則向後秦求救，姚興派人警告劉裕，今有十萬鐵騎集結在洛陽，如若晉軍不退走，我將會長驅直入。劉裕的回答是，我平定燕國後，修養三年便會進軍關中，如今你自投羅網，那便來吧。劉裕識破了後秦的虛張聲勢，公元410年滅掉了南燕，收復了青、兗等廣大地區。這是劉裕所建立的功績，已經超過了祖狄、桓溫，在東晉的政權中，沒有人可以和他抗衡了。
三、盧循北上
當劉裕率軍北上時大勝時，盧循則由廣州向江州推進。盧循在廣州居住了五年多，部隊進行了休整，企圖再起。當劉裕北上時，徐道覆派人勸說趁機奪取建康，而盧循則非常的猶豫。徐道覆便親自前來勸說，盧循最後便同意了。徐道覆一直積極的謀劃北上，派人在大庾嶺一帶砍樹獲取木材，運到始興壓低價格賣給當地的百姓，又依據原先的賣劵收購船木，製造船艦，為北上做準備。
公元410年二月，盧循和徐道覆在始興匯合，隨後兵分兩路，西路由盧循指揮向江陵推進，東路則是由徐道覆指揮向建康推進。部隊中大多數農民佃客，有著頑強的戰鬥力，對於這些世家大族有著憤恨。何無忌江州刺史引兵南下，抵抗徐道覆，戰死在豫章。劉裕得知起兵的消息後，急忙的班師南歸，自己帶領著數十人率先回來，在四月趕到建康。
盧循抵達巴陵後，接受徐道覆的提議，從巴陵浮江東下，與徐道覆匯合一起進攻建康。兩支部隊東下，江淮的守軍紛紛進入建康守衛。豫州刺史劉毅率領兩萬水軍，順江而上阻擊，盧循軍，在桑落洲大戰，劉毅敗退只剩下幾百人逃走。盧循又接連打敗何無忌、劉毅等聲威大震。有戰士十餘萬，江上有八艘高十二丈的大船，舟車百里不絕，浩浩蕩蕩的向建康進軍。
劉裕剛剛從北方返回，將士大多受傷，能戰鬥的只有數千人。建康城內非常的恐慌，想要遷都，但是劉裕不同意，認為一旦牽動便會自行瓦解。於是宣佈內外戒嚴，徵發百姓修築防禦工事，沿江設置柵、築壘。不久，江淮等地的守衛部隊來到，並且裡面有一千多名強悍的鮮卑騎兵，將他們放置在了各個軍事據點裡。盧循軍便喪失了出其不意的有利戰機。
盧循最初不願出兵，在北上時得知劉裕趕回，便又萌生了退意，只是在徐道覆的勸阻下，在繼續進兵，但這已經讓劉裕贏得了足夠準備的時間。在劉裕準備完成後，盧循才發動進攻，劉裕則是與之對峙並不出戰。盧循在建康城下屯兵兩個月，士兵疲憊糧草供給出現了問題，只好開始撤退，想要奪得荊州，在於劉裕作戰，但是後來在破冢、大雷、左裡，作戰失敗損失數萬人。盧循、徐道覆只得收攏殘兵向廣州、始興撤退。公元411年，二月，始興被攻破，徐道覆被殺，盧循趕到廣州時已經晉軍佔領，後來在交州兵敗投水而死。
結語：
公元399年十一月孫恩起義到公元411年四月盧循兵敗交州，這次農民起義前後持續了十一年零五個月。失敗主要原因是孫恩在浙東地區登陸時，當時八郡人民響應，但未能及時建立根據地，成立自己的政權。一旦形勢不利便又退回海島，失去了與大陸的人民的聯繫，而且撤退沒有計劃，造成了很大的困難。盧循在奪取農民軍的領導權後，雖然採取了一些措施鞏固了自己的根據地，但實際上是想要割據一方，沒有下定決心推翻東晉，當劉裕北上時，迫於戰士思歸的要求和徐道覆的勸阻才北上，但是動作遲緩失去了主動地位。盧循在指揮時遲疑不決，不能利用有利的戰機獲取勝利，致使優勢變為了劣勢，主動變被動，最後一敗塗地。
參考文獻
[1] 《晉書》
[2] 《資治通鑑》
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