为了避免湘军全军覆灭，曾国藩暗示一部分精锐部队以“逃脱”的方式离开阵营，偷偷转回后方，以保存实力，另外，写信给在家练兵的两个弟弟曾国荃和曾国华，要他们加紧招募兵勇，加紧练兵。同时写信给衡州的老师和小舅子，也要他们帮忙招募兵勇。
皇上不是要我快点进军吗？那我就快一次，打一场惨烈的战役的给皇帝看，也让皇帝清醒一下头脑。在东进途中，曾国藩上书：湘勇念家，近日多有逃匿者，每营少则数十人，多则一二百，虽斩首示众乃无济，臣多有困扰……
就在曾国藩的军队一路慢悠悠向东挺进之时，太平天国的燕王秦日纲，率大队人马速速赶往田家镇，阻止湘军的东进。
田家镇，位于长江北岸，与之相对的是孤峰挺拔的半壁山。这里江面变窄，江流湍急，地势险要，易守难攻。所以，秦日纲决定把太平军的大部分兵力驻扎在此，其余一小部分让陈玉成率领驻守在蕲州。
秦日纲的手下有两万多人，另外他召集了各地的军队，加之被湘军打败的军队，还有石祥祯、韦俊、林绍璋、石镇仑、周国虞等所率领的军队，加起来共有五六万人。秦日纲和众将领在蕲州召开了军事会议，部署作战方案。他们认为，湘军夺得武昌之后，一定会向东进军。湘军接连战斗，没有休整，战斗力势必大不如前，以太平军五六万人马对付湘军的三万人马绰绰有余。
实际上，曾国藩的手下才一万多人，一部分精锐部队已经被他留作后备力量使用。
除了在半壁山层层筑垒之外，太平军还在长江江面上横拦了铁索六道，一端连接田家镇，一端连接半壁山，并且在铁索下面按一定距离排列了数十只小船，上面安放枪炮，用以保护铁索。防御不可谓不严密。
观察形势之后，因为半壁山敌人相对较弱，曾国藩决定先攻半壁山，后取田家镇。
曾国藩先派大将罗泽南、李续宾从马岭坳强攻半壁山。太平军在半壁山屯兵两万，而罗泽南、李续宾部仅两千六百余人，但这两千多人皆是湘军最精锐的部分，猛悍超群，以寡击众，毫不怯阵，向半壁山发起坚决进攻。半壁山与马岭坳之间湖汉纵横，只有左右两条土堤可通行人马。这种地势，太平军人数虽多，发挥不了作用。罗泽南“自带敢死之士数十人，匹马冲出，奋力堵杀。贼众退归堤北”。
太平军以前屡次失利，对湘军已经畏之如虎，一看到湘军的大旗，早就吓破了胆，因此稍一接触，就开始溃逃。湘军分路包抄，紧追不舍，“抢入舟中，杀毙近千人，江水尽赤；覆舟溺毙者亦不下千人，浮尸蔽江县。此役太平军损失惨重，太平军主将林绍璋等多名将领战死，而湘军阵亡者不过十三人，成为以少胜多的经典战例。
起义后的太平军是屡战屡胜，但自从遇到了湘军，便几经波折，几经重创。到目前为止，太平军西征的战船已由近万艘到现在的荡然无存，这意味着太平军的水师已基本瓦解。在湘军水陆二师的强手联合进攻下，太平军不得不撤退到九江。
田家镇一战，虽然湘军取得了胜利，但是损失惨重。曾国藩在战后清点人数和船只时说，行军以来没有“丧失如此次之惨者”，说完后竟一脸的泪水。他上报了咸丰帝，为生者讨封赏，为亡者请抚恤。为了纪念阵亡的官兵，曾国藩命人在田家镇建立了“昭忠祠堂”，他亲自为死者写挽联读祭文，读着读着便失声大哭起来。
当田家镇失利的消息传到天京时，洪秀全紧急派石达开、罗大纲连夜赶回西线指挥作战。
石达开和罗大纲所率部队在九江会合之后，得知前线太平军连连失守，便组织太平军不断地后撤。罗大纲所率领的万余大军与追兵在孔垅一带交火，湘军见敌方势力凶猛，便停止了前进的脚步。而此时太平军则全力驻守在九江及湖口两地。
此时曾国藩率领湘军陆师扎营在九江大东门外的四里坡处，而水师则停留在九江江面上等待命令。王国才率领的清军四千人驻扎在黄梅，按察使胡林翼率军两千人进攻九江之背，总共约两万多人，由曾国藩指挥。
曾国藩知道这是一场硬战。
负责守卫九江的是东王杨秀清亲点的主将之一林启荣，此人作战英勇顽强，勇冠三军。当石达开一行进入九江城内，便召集罗大纲和林启荣前来商量战计，共同对付湘军的攻击。林启荣满怀信心，他占领九江已两年，对九江的情况了如指掌。他说以太平军的五万余人对付湘军的两万人，可谓唾手可得。他提出采取以守为攻、以逸待劳的方法来对付湘军。石达开和罗大纲也同意这种战略，但强调要守中有攻，从而给来犯的湘军以狠狠的打击。在石达开的命令下，太平天国的三名将领各守一处，林启荣负责守护九江城，罗大纲负责守护梅花洲，石达开负责守护湖口城一一三军配合作战，利于战事。
九江城内外深沟固垒，湘军在这里头一次见识到了太平军的厉害，“环攻十余日，贼坚闭不出”。湘军将领罗泽南一筹莫展，也不得不对太平军的防守之密表示佩服，他说：九江城如斗大，梅家洲尤一小垒耳。而贼坚壁以老我师，静若无人，夜无更柝号火。我军一至城下，则旗举炮发，环城数千堞旗帜皆立如林。启容之善守， 贼中真将才也！
在坚守九江的同时，太平军又琢磨着如何战胜湘军水师。
太平军将领研究认为，湘军之攻取战胜，在很大程度上依仗水上优势，欲战胜湘军，必先破其水师。湘军水师分为大船和小船两部分，大船笨重，小船灵活，二者互相配合，取长补短，才取得了水战的胜利。若能将其分开，他们必然自顾不暇，失去战斗力。同时，太平军大部分船只被毁，所余少数水军难以与湘军水师争锋，欲破强敌，亦只能智取，不能强攻。于是他们就在这方面大动脑筋，制定了一个奇策。
这个计策其实不算奇计，三国的时候周瑜用过，元末的时候朱元璋用过，那就是偷袭加火攻。
通读史书的曾国藩怎么不会想到这一点呢？如果他一味的打胜仗，朝廷那边就更加猜忌他，他最终的结局会很惨，所以他必须惨败一次，证明自己并不是某些大臣所说的能战之将。这个时候，他明哲保身的表演开始了，配合太平军做足这场戏，充分体现自己的笨拙。
太平军以小船偷袭，曾国藩于是成功“中计”，在太平军的火攻下，湘军水师大小船只首尾不能相顾，一百多艘战船几乎“全军覆灭”。根据史料记载，曾国藩的水师战船有六百余艘，而他从武昌动身的时候，只带了两百多艘往东，其余的都到哪里去了？
既然是一只老狐狸，怎么不知道储存一些过冬的粮食呢？
据《岳阳志》记载：咸丰四年初冬，有战船数百艘，隐于洞庭芦苇丛中，当地渔民以为奇事……
曾国藩在离开武昌的时候，就把一些好的战船拉到洞庭湖的芦苇丛中藏了起来，只带了一些破损的战船下去，明摆着就是去送人头的。
另外，他还上表，以修理战船为由，命彭玉麟和李孟群两人的水师，留在了洞庭湖口，以防止贼寇的侵入。这两个人手下有多少船只，史料上没有说，估计不下一百艘，要不然，他们后面也没有能力去帮胡林翼攻打武昌了。
事实证明，曾国藩在九江惨败之后的几个月，湘军水师很快恢复了战斗力，大小船只数百艘。曾国藩就是再有钱，也没有办法在短短几个月内造出那么多船只出来。
战船被毁的时候，曾国藩自己演了一出戏，那就是投水自尽。上一次靖港失利，他不小心落水，被人误以为他投水自杀，这一次，他却当着大家的面跳水了。就是傻子也知道，真正要自杀的人，是不会当众跳的，找一个没人的地方跳下去，一定能够成功。可是他不但当众跳，而且在被人救出后，还寻死觅活的跳了几次，尽管都没有成功，但是他无颜面君投水自尽的消息，还是传了出去。
你咸丰皇帝坐在金銮殿里，不知道外面的情况，只一味瞎指挥，你不是要逼我去死吗？我就死给你看，我跳水了，而且跳了好几次，都被部下给救了，你总不能再逼我死了吧？
曾国藩收拢剩下的战船，躲在鄱阳湖内，一面稳定军心，一面寻机创造奇迹。有了曾国藩的配合，太平军水陆两军强强联手，接连攻下了湘军和清军控制的黄梅、广济、蕲州、黄州，并于咸丰五年(1855年)正月初七再次占领汉阳。咸丰帝慌忙下令曾国藩回武汉进行援助。曾国藩不敢违旨，只好派胡林翼、王国才两部及彭玉麟、李孟群水师援救武汉。但因太平军实力雄厚，且湘军伤痕累累，没有多少力量够折腾的了，所以未能救得了武汉。二月十七日太平军攻克了武昌，湖北巡抚陶恩培被太平军打死，湖广总督杨霈逃跑。
咸丰皇帝听闻，惊得差点从宝座上跳起来，他很快发布上谕：加封胡林翼为湖北巡抚，率军回湖北抗击贼寇。
巡抚就是封疆大吏呀！曾国藩辛苦一辈子都没得到手，就这么被胡林翼轻巧拿去了。他对此当然感觉很意外，但并不嫉妒，更多的却是高兴。因为胡林翼毕竟是湘系人马，是他的朋友，想当初他创办湘勇，胡林翼还帮忙了呢，而且两人配合作战，关系很融洽。由胡林翼来出镇湖北，湖北就可能成为湘军的战略大后方，实现了他在长江中游为湘军建立根据地的计划，有利于整个战局。
胡林翼手中嫡系不过是六百贵州勇，曾国藩为了保证他回援成功，从紧张战事中，拨出石清吉部与王国才部数干精兵交给胡林翼，让他凑成了一支六千人的队伍。这六千精兵，成了胡林翼起家的重要资本。
按曾国藩的计划，他带着残兵败将坚持在鄱阳湖打游击，拖住太平军的一部分兵力，胡林翼有彭玉麟和李孟群的水师相助，拿下武汉应该不成问题。他与胡林翼东西相应，如果琦善和向荣的江南江北大营再动一动，太平军首尾受击无法自顾，就算无法大胜，江西和湖北的局势是完全可以稳定一下的。
但是他错了。（预知后事，请看下一节）
