公元404年，刘裕在京口约集失意士人密谋攻桓玄，被众推为盟主。刘裕击败桓玄，掌握东晋政权。
刘裕灭桓氏后，要取消司马氏皇帝的名号，还必须自己先取得更高的威望。因此，刘裕为灭晋而进行北伐。同时也为消灭国内割据势力而进行统一战争。晋朝政权。后来积累战功，打下帝业基础，和晋元帝依靠大族推戴的情形完全不同。
409年，刘裕攻南燕。410年，破南燕都城广固（山东益都县），灭南燕，收复青州。卢循乘刘裕北伐，率军向建康进攻，刘裕亲率精兵回建康，击败卢循。411年，收复广州。412年，攻破江陵城，杀割据者刘毅。413年，刘裕遣将军朱龄石收复成都，杀割据者谯纵。415年，刘裕遣将军王镇恶攻克襄阳，驱逐割据者司马休之。
东晋境内在刘裕势力下全部统一了。416年，刘裕率将军王镇恶、檀道济、沈田子等分五路，水陆并进，攻后秦国，沿途收复滑台（滑县）、许昌、洛阳等重镇。417年，刘裕军攻破长安，灭后秦国。
刘裕出关回彭城，留守军内乱，418年，关中被赫连勃勃夺去。这次北伐，胜利是巨大的，关中虽失去，自潼关东至青州，却成为宋朝的疆土。后来宋魏间战争，多在这些土地上进行，使长江流域得到较为长期的安静。
东晋初，设立侨郡县，凭空增添官职，用以安置流亡士族。公元413年，刘裕实行土断法，令北方流亡来的士民，就所居地作为土著，与南方土著同等待遇。许多侨郡县从此省去，有利于行政统一和节省开支。
东晋朝重要地区用大族作镇将，因而形成割据的局面。刘裕改用皇子作镇将，特别是荆州江州两镇，所统兵甲占全国兵甲的半数，更非选皇子不可，从此建康朝廷不再受大族重镇的威胁。
刘裕完成了上述军事上政治上的措施，东晋朝显然再没有存在的余地了。420年刘裕废晋恭帝自立，建国宋，史称南朝宋，是为宋武帝，东晋至此灭亡。439年北魏统一华北后，至此进入南北朝时期。
刘裕所创的宋朝，皇帝独掌大权，主要辅佐，多选用寒门，原来的高门大族，只能做名大权小的官员，难得皇帝的信任。削弱士族的政治势力，实行皇帝专制的中央集权，宋朝国内的统一程度远非强藩割据的东晋朝所能比拟，政权大大增强了。
当时鲜卑拓跋部统一黄河流域，出现强大的魏国，如果没有统一的汉族政权，鲜卑人几次大举南侵，很有可能并吞长江流域，摧残发展中的经济和文化。所以，刘裕消灭纪纲不立、豪强横行的东晋朝，建立起比较有力的宋朝，对汉族历史是一个大的贡献。
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