不少农民合作社理事长认为，资金短缺是制约农民合作社发展的最大因素。在关于农民合作社需要政府解决哪些问题的调研中，资金项目扶持是最大需求。从表面上看，似乎很有道理，其实不然。政府的直接资金项目扶持对任何一个组织来说都是需要的，因为资金使用成本非常低，合作社也需要不代表合作社发展面临资金短缺的问题。
短缺是相对于需求来说的，需求是相对于支出来说的。合作社打算发展什么业务，需要多少资金支持，可用资金与需求资金的差距才是资金短缺。若是合作社打算发展的业务不符合市场定位，不符合合作社发展定位，盲目投入，盲目做大做强这不是资金短缺的事情，多少资金都无法支撑无限制的扩张。目前来说，大部分合作社若是能够引导农户开展标准化生产，可以说功能发挥的就不错了。若是不顾自身发展实际，盲目扩张造成资金短缺，短缺甚至是逼迫合作社进入理性发展轨道的因素，这种短缺不需要解决。
不少正常发展的合作社遇到了资金短缺，采取向商业银行申请贷款的方式解决。一方面，不少商业银行不愿意将贷款放给合作社，因为合作社缺乏有效的资产抵押，合作社信用基础不扎实。另一方面，即使有金融机构愿意放款给合作社，贷款利率也比较高，合作社不一定用得起。另外，一些合作社成员不愿意冒贷款的风险，不支持合作社进行贷款。合作社实际上很难获得商业银行贷款。一些地方采取政府担保、贷款贴息等方式，降低合作社信贷成本，部分缓解了合作社贷款困难，但受益面较小。
正常情况下合作社运作资金主要来自于合作社成员出资，实际上我国合作社成员很少出资，基本上以合作社理事长出资为主。合作社遇到资金短缺，第一方案也是最优方案应该通过合作社成员出资解决，不愿意出资的最好不吸纳成为合作社成员。不能为了凑成员数量，将没有合作意愿的人也纳入进来。若是合作社将要发展的事业有前景，合作社成员又可以参与，合作社成员应该有投资的积极性。合作社成员缺乏投资积极性，表面看是对产业发展没有信心，其实更多是对合作社管理团队缺乏足够的信心。成员对管理团队的信任是合作社发展的基础，成员出资只是信任的另外一种表现形式。要通过建立信任调动成员出资积极性，解决合作社发展资金短缺问题。
在数字技术较为成熟的情况下，要探索通过供应链金融的方式解决合作社发展资金短缺问题。现代信息技术完全可以自动收集生产、交易数据，根据数据反映的资金流动情况，银行对合作社成员或者合作社进行融资。或者通过订单农业等方式，在合作农户、合作社和相关企业利益联结机制的基础上，对合作社、合作社成员进行放贷。
单纯依赖政府扶持或者传统商业银行信贷是很难解决合作社发展遇到的资金短缺问题，要向内部挖掘潜力，从合作社成员上想解决办法，内部融资或者数字化产业链的基础上融资是较为可行的方式。
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