大多數的政府部門在拆除違章建築的過程中存在大量違法行為，被拆遷人可以依據相關法律武器維護自己的合法權益，具體如下：
根據《中華人民共和國城鄉規劃法》第40條規定：在城市、鎮規劃區內進行建築物、構築物、道路、管線和其他工程建設的,建設單位或者個人應當向城市、縣人民政府城鄉規劃主管部門或者省、自治區、直轄市人民政府確定的鎮人民政府申請辦理建設工程規劃許可證。
申請辦理建設工程規劃許可證,應當提交使用土地的有關證明文件、建設工程設計方案等材料。需要建設單位編制修建性詳細規劃的建設項目,還應當提交修建性詳細規劃。對符合控制性詳細規劃和規劃條件的,由城市、縣人民政府城鄉規劃主管部門或者省、自治區、直轄市人民政府確定的鎮人民政府核發建設工程規劃許可證。
城市、縣人民政府城鄉規劃主管部門或者省、自治區、直轄市人民政府確定的鎮人民政府應當依法將經審定的修建性詳細規劃、建設工程設計方案的總平面圖予以公佈。
根據《中華人民共和國城鄉規劃法》第64條規定：未取得建設工程規劃許可證或者未按照建設工程規劃許可證的規定進行建設的,由縣級以上地方人民政府城鄉規劃主管部門責令停止建設;尚可採取改正措施消除對規劃實施的影響的,限期改正,處建設工程造價百分之五以上百分之十以下的罰款;無法採取改正措施消除影響的,限期拆除,不能拆除的,沒收實物或者違法收入,可以並處建設工程價百分之十以下的罰款。
1、認定違建的主體不適格。
目前在鄉村的違章建築管理權利歸所在的鄉鎮人民政府，城市(含縣違章建設管理權利在規劃部門和縣級人民政府(組織拆違)。而在目前的實際處理過程中大量的地方存在管理主體的混亂。
2、認定、拆除違章建築之前的調查義務。
根據《中華人民共和國行政處罰法》第36條的規定：行政機關發現公民、法人或者其他組織有依法應當給予行政處罰的行為的，必須全面、客觀、公正地調查，收集有關證據；必要時，依照法律、法規的規定，可以進行檢查。所以行政機關在認定、處理違章建築之前應該進行調查，比如確切的違章建築面積、建築時間、相應證據如照片等，否則就是違法。
3、應當給予公民陳述、申辯的權利。
《中華人民共和國行政處罰法》第31條規定： 行政機關在作出行政處罰決定之前，應當告知當事人作出行政處罰決定的事實、理由及依據，並告知當事人依法享有的權利。
第41條規定：行政機關及其執法人員在作出行政處罰決定之前，不依照本法第三十一條、第三十二條的規定向當事人告知給予行政處罰的事實、理由和依據，或者拒絕聽取當事人的陳述、申辯，行政處罰決定不能成立；當事人放棄陳述或者申辯權利的除外。
行政機關在處理之前應該給予公民合理的陳述、申辯的權利， 否則就剝奪了公民的權利。具體在案件中，就是否在認定、處理違章建築前通知公民進行陳述、申辯，是否給予了合理的時間等。
所以，拆遷法律顧問表示任何違反上述規定的行為，都是對公民“違章建築“進行不合法的處理，因為處罰機關本身就存在違法。被拆遷人完全可以根據這些向人民法院提起訴訟，既能維護自己的合法權利，又能在時間上和法律上維護拆遷補償利益。
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