从明朝中后期开始，西方殖民者陆续侵入东南亚，在争抢香料、开拓殖民地的同时，也开始对久居此地的华人进行迫害，乃至屠杀。在晚明时期，西班牙殖民者曾在菲律宾大肆屠戮华人，遇难者数万人，然而当消息传回国内后，万历帝并未对同胞的悲惨遭遇表示同情，亦未严惩西班牙，而是说了一番无情冷血的话，令国人为之寒心。这究竟是怎么回事呢？
在菲律宾从事贸易的华商
早在西班牙殖民者入侵菲律宾之前，大量的中国移民便已经迁居至此，并凭借着聪明勤奋、吃苦耐劳，得以在当地发财致富。到1602年时，菲律宾华人总数已增至四万余人，而西班牙殖民者仅有二千多人。西班牙殖民当局虽然对华人的强势存在深感忧虑，但慑于明朝的实力，一时间还不敢轻举妄动，直到被接连发生的3件大事所刺激，才坚定他们的排华意图。
1574年，大海盗林凤被明朝击败后，率众渡海进攻吕宋岛，意图在菲律宾建国。虽然最终击退林凤的进犯，但西班牙殖民当局却开始猜忌当地华人，认为他们在暗中支援海盗集团。1593年，菲律宾总督达斯马里纳斯在远征摩鹿加群岛期间，因虐待船上的华工潘和五等人而被刺杀，更坚定了西班牙人对华人的敌视。在这种情况下，殖民当局开始煽动排华浪潮。
进攻菲律宾的西班牙殖民者
就在这危急、微妙时刻，贪财如命的明神宗（万历帝）听信妄人张嶷的说法，认为吕宋岛上的机易山盛产金豆，若能派人进行开发，将获得难以估量的收益。因此，万历帝断然拒绝群臣的劝谏，命令福建巡抚徐学聚办理此事。徐学聚力争无果，只好派遣海澄县丞王时、百户干一成等人，跟着张嶷一同前往吕宋岛勘察，时在万历三十一年（1603年）。
王时和一行人到达吕宋岛后，经过向当地华人求证，发现根本没有“金豆自生”的机易山，张嶷所说纯属胡言乱语。王时和等人自讨没趣，随即回国复命（详情见《东西洋考·卷五》）。虽然该事件极度荒唐，并以戏剧性结局收场，但西班牙殖民当局却坚持认为，明朝此举意在刺探情报、联络华人头目，以便为将来吞并吕宋岛的军事行动做准备。
大仑山惨案
在被迫害妄想症的驱使下，同年10月，西班牙殖民当局对聚居在马尼拉的华人展开大屠杀，并用大炮将华商的聚居地“涧内”轰为平地，迫使华人纷纷逃往大仑山避难。然而大仑山的华人由于缺衣少粮，很快便陷入大饥饿当中，最终只能铤而走险，冒死进攻马尼拉。然而，面对殖民军优势火力，仅以血肉之躯与之对抗的华人很快败下阵来，遇难者多达2.5万人，而侥幸存活下来的不过300人而已。
虽然西班牙殖民者严密封锁消息，但依然有部分华人成功地逃出吕宋岛，并将消息传回国内。由于担心明朝会据此采取军事行动，并对本国实施贸易制裁，因此殖民当局思虑再三后，在次年（1604年）派出使节前往中国“谢罪”，希望能够获得万历帝的谅解，并继续维持通商贸易。然而，明朝拒绝西班牙使者进京的请求，只是命令福建巡抚徐学聚接待他。
万历帝画像
徐学聚对海外华人没有好感，所以听取完西班牙使节的“解释”后，在呈递给朝廷的奏折中，肆意抹黑遇难的华人，妄称他们全是为非作歹的奸徒，被杀纯属咎由自取。受到徐学聚奏折的“误导”，万历帝虽然命令徐学聚对西班牙殖民当局提出抗议，并将张嶷枭首示众，但在随后颁布的《谕吕宋檄》后，却完全暴露出自己的本性。
在这篇檄文中，虽然万历帝一开始也宣称“尔吕宋部落无故贼杀我漳、泉商贾者至万余人”，实属严重罪行，但考虑到对方认罪态度较好，况且“海外争斗，未知祸首；又中国四民，商贾最贱，岂以贱民，兴动兵革?”（见《谕吕宋檄》）竟然为对方的暴行进行辩解。不仅如此，万历帝还做出庄严承诺，明朝不会对菲律宾采取军事行动，也不会断绝跟西班牙之间的贸易往来。
明朝与西班牙进行贸易
檄文发布后，不仅海外华人为之大失所望，就连国内的有识之士都为之寒心。反观西班牙殖民者，则在逃避明朝的惩罚后，无不欢呼雀跃，并更加坚定他们继续迫害华人的决心。崇祯十二年（1639年），西班牙殖民者再度对华人实施大屠杀，遇难者同样多达数万人。经过两次大浩劫后，在菲律宾的华人数量急剧减少，地位也为之下滑。
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