在乾隆朝兩次金川戰爭中，各路清軍均受到當地險惡的地形、惡劣的氣候、堅固的碉卡，以及尤擅山地戰爭的番民之拼死抵抗等客觀因素的極大制約，以致清軍在後勤運輸方面須承受巨大的壓力，在軍事行動上則屢屢受挫。與此同時，清軍的進剿行動還受乾隆皇帝盲目出兵和輕率撤軍、用人不當、將領措置不當且相互失和、綠營官兵怯懦畏戰、土兵不足倚恃等主觀因素的深重製約。正是這些主客觀原因的交互作用，使得兵多糧足的清軍難以攻克兵寡糧乏的大小金川。
在第二次金川戰爭期間，清軍能夠頑強地克服重重困難，最終攻克大小金川，這表明當時的國家機器具有相當的調適能力及運轉效率。 第一次金川戰爭結束二十多年後，清廷再次用兵兩金川。儘管此次清軍獲勝十分不易，但這次戰爭之所以能夠最終獲勝，除了清廷此時的財力、物力比之前次金川戰爭時更加雄厚之外，還與另外一些因素有關。
一、此時乾隆皇帝已繼承大統三十多年，積累了豐富的統治經驗，並能夠積極吸取第一次金川戰爭的慘敗教訓
他在出兵之初，便特別留心選賢任能、加強軍紀等問題。在清廷正式宣戰前數月，川督阿爾泰不用心備戰，一切漫無措置。對此，乾隆皇帝十分憤怒，對阿爾泰大加斥責，並立即著手選擇新的統帥。
正式宣戰後，乾隆皇帝敕令新任統帥溫福務必督率各軍銳意進取、各將領之間務必和衷濟事，並嚴命川、黔、陝各省務必調派精壯兵丁，絕不許以老弱充數，還堅持派出大批滿洲精兵，以提高清軍的戰鬥力。
當溫福措置不當，造成大失誤時，乾隆皇帝則果斷地提拔頗有戰績的阿桂為將軍，統籌進兵事務，使清軍能夠迅速從失敗中走出，重新佈局，再接再厲。
此外，乾隆皇帝著意籠絡大小金川周邊土司，給予相對優厚的從徵待遇，對戰死、戰傷之土兵給予適當撫卹，以激勵從徵土兵甘願實心效力。
最重要的是，乾隆皇帝能夠積極吸取前次征討金川之教訓，一再告誡前線將領不可專事攻碉，而應當誘敵出碉、繞出其後，設法創造一切條件殺敵制勝，而且，此番出征，乾隆皇帝不再不切實際地苛求速勝，顯得從容不迫。在具體作戰過程中，乾隆皇帝不再事無鉅細均加過問，更多的是在大方向要進行把關，只要將帥能督兵推進，佔據要隘，攻克要地，增兵增炮悉聽所請。
在後勤方面，乾隆皇帝選派了特別有經驗的劉秉恬等人全權負責，並適時准許商運協濟，使龐大、複雜的長距離軍需運輸工作得以順利進行。
這一切表明，此時的乾隆皇帝已不再像首徵金川戰爭期間那樣時而盲目自大、時而又信心全無，而能夠沉著、冷靜地看待清軍一時的進剿得失，堅定督促清軍將帥實現最終進剿目標。
二、清軍將領基本上能夠盡力戰守，而且大多數官兵都能奮勇拼殺
與第一次金川戰爭相比，這時清廷已經成長了一批可圈可點的得力將領。儘管將軍溫福在進剿大金川初期犯下大錯，釀成木果木大敗，但在初定小金川期間亦能帶領官兵迎難而上，譬如攻打小金川人佈防極為嚴密的巴朗拉和資哩大寨等處，其表現十分踴躍，亦頗有戰績。
阿桂則是此戰的核心人物，為此戰的成功作出了巨貢獻。在戰爭中，阿桂顯得非常務實、冷靜，堅持穩紮穩打、逐步推進的策略，並焚燒得手碉卡、寨落，免留後患。在小金川得復失、大金川已得之地無法守住之時，阿桂極具膽識地與大金川土司、頭人進行周旋，使得已經岌岌可危的官兵得以全部撤至安全地區。阿桂在帶兵出戰時，該攻碉卡絕不手軟，但懂得避敵鋒芒，逼敵出碉再進行拼殺，同時，對於後路的防範亦很嚴密，不給敵人任何偷襲之機。
此外，阿桂堅持不殺降番，而是將其遷移到瓦寺、明正等司，一則用以籠絡派兵從徵之土司，二則免去管理之繁難，三則給暫時未能投降的番人以投誠不殺之希望，這樣對於瓦解大小金川番眾有一定作用。
明亮之表現雖不及阿桂，但亦算得上精於謀劃，敢於奮力攻殺，其戰績亦十分可觀。至於海藍察在此次戰爭中特別驍勇善戰，特別敢於吃苦，無論是吊繩下懸崖峭壁，還是爬冰滾雪而進，均不畏縮。其他諸如哈國興、舒常、德赫布等人亦能戮力攻殺。在這種情況下，加之始終注意狠抓軍紀，力求賞罰分明，普通兵丁亦士氣高揚，不畏艱難，敢於衝鋒陷陣。這讓大小金川番人震驚之餘，頓感此戰中的清軍戰鬥力已經大大超出了他們的預期。
三、清廷已經對金川番人的作戰習慣、政治手腕有清楚的認識，懂得靈活應對
儘管清廷決心再次出征金川亦顯得有一些草率，對小金川的地理環境、番人情況缺乏實際瞭解，但是在正式進兵之後，清廷能夠根據實際情況及時作出有效戰略部署，隨時調整作戰方案，務求有實質性推進。並且，乾隆皇帝和清軍將領已經對大小金川番人先拼死抵抗，抵擋不住便輕言投降的做法有更清楚的認識，並能根據不同情況，靈活應對。
譬如對小金川汗牛等寨大頭人舉寨投降之事，清軍將領先派人查明實況，在判明這些頭人乃真心投誠後，再派兵前去受降，然後再將這些降番遷往他司，這大大加快了初定小金川的進程。又如在對待大金川土司索諾木、大小莎羅奔等請降時，清廷始終堅持要他們全部出降，否則不予考慮，同時，各路官兵繼續推進，不給大金川土司以喘息之機。
此外，清廷對待精幹降番的策略亦很成功。例如利用番民格外戀家的特點，將精壯降番家屬外遷並加以監督，這讓被挑選至清軍軍營的降番不敢不盡心打仗。又如，給打仗有功的降番以獎勵，使降番願意鼓勇爭先。
四、清廷創造了大規模軍需運輸的管理機制，給清朝此後的戰爭留下了管理僱傭軍事勞動力的豐富經驗
如果說第一次金川戰爭讓乾隆皇帝頗受啟發，在香山建立了健銳營，訓練了一批雲梯兵，那麼，第二次金川戰爭則使清廷為應對大規模、長距離、長時期的軍需運輸問題創造了一套頗有成效的管理機制。
與乾隆朝其他邊疆戰爭相比，第二次金川戰爭動用的人員比任何一次都要多，而且使用了更為豐富的動員辦法，從而有效地保障了近十萬清軍長達五年的軍需供應。這是清軍最終能夠獲勝的先決條件。最重要的是，這給清朝後來的戰爭留下了如何有效地組織大規模、長距離後勤運輸的寶貴經驗。
