元朝末代皇帝是元順帝孛兒只斤·妥 懽帖睦爾（蒙古語意為“鐵鍋”）元朝第十一位皇帝，大蒙古國第十五位大汗。也是元朝作為全國統一政權的最後一位皇帝。可謂昏庸無道，有人說他是宋恭帝的兒子，這純屬胡說八道，宋恭帝褲襠再不緊，也不至於有這樣一個兒子不知道。
應該說元順帝登基以後，南方已經大亂，此時的元朝應該一致對外剿滅“亂匪”，可是此時的元朝卻忙於內鬥。皇帝和皇后奇氏不和，元順帝與太子也不和，朝廷中樞亂成一鍋粥。地方處處打敗仗，在河南有個叫察罕鐵木兒蒙古人，他自己糾集鄉兵打擊“亂匪”，在河南穎州附近與信陽地主武裝頭目李思齊合兵，打擊劉福通的紅巾軍抱頭鼠竄。戰績不俗，因此被元廷授予汝寧府達魯花赤。隨即，察罕鐵木兒轉戰南北，所戰多捷。公元1359年他率軍分道出擊，攻破汴梁，盡俘城內“宋”國官屬五千多人，“符璽印章寶貨無算”，劉福通與韓林兒僅與數百騎遁逃，從此一蹶不振。四年後，劉福通佔據滁州。朱元璋邀請小明王韓林去南京，半道派人把小明王韓林兒和劉福通兩人淹死。
察罕帖木兒於公元1361年率軍進攻山東，當地紅巾軍頭目田豐、王士誠詐降，待察罕帖木兒圍攻益都的時候。田豐、王士誠二人以請察罕帖木兒巡檢營盤為名邀他入營，然後就是一頓廝殺，察罕帖木兒本人和親軍被全誅，察罕帖木兒本人雖死，卻引出一個北元第一名將，連朱元璋都看好的人，此人就是其外甥兼義子擴廓帖木兒。也就是大名鼎鼎的王保保（趙敏他哥 ），王保保的父親是漢人，王保保襲職之後，掛孝攻取益都，攻克堅城之後，活剖田豐、王士誠兩人心肝祭奠其父。此時陝西的“亂匪”被王保保和李思齊剿滅，剛剛安定下來，而河南地方最高軍事長官孛羅帖木兒與地方漢人軍閥張思道聯合，聯手進攻王保保的友軍李思齊，襲佔陝西。王保保大怒，立即派兵奪回奉元（西安）。
孛羅帖木兒不打敵軍打友軍，引發朝廷不滿，皇太子以元順帝名義下詔，削奪孛羅帖木兒兵權，並把他發往蜀地安置。孛羅帖木兒實際上已經是軍閥了，手下的軍隊不聽調動，更不奉詔。元順帝震怒，便下詔王保保出討孛羅帖木兒。
不料想，孛羅帖木兒狗急跳牆，居然領兵直向大都殺來。皇太子得到消息之後，立即率侍衛軍出京，不是迎敵，而是逃向興州（今河北承德）。孛羅帖木兒大軍一直殺到大都城下，但他並不想真造反，託人入宮內見元順帝，哭訴道：“陛下遭左右群小矇蔽非一朝一夕，禍害忠良，遺害社稷，如此下去，天下怎麼能得治理！我現為陛下除去了兩個賊臣（王保保，李思齊），望陛下反省前過，卓然自新，置正人君子於左右，莫聽妖言邪說，好好治理天下。”元順帝心裡有氣，表面卻只好答應。孛羅帖木兒本人入宮以後，對元順帝慷慨陳言：“國家現在所用之人皆貪婪軟弱，不足以濟天下大事。都是奴才之輩，希望召也速來朝為右丞相，為臣我為左丞相，禿堅不花為樞密知院。至此元順帝被“軟禁”，孛羅帖木兒開始主政。
孛羅帖木兒入大都主政，罵別人是奴才，自己比奴才強不了多少，天下被治理的一塌糊塗，又是武人出身，驕橫跋扈，腐敗的很快，一天甚似一天。而此時，王保保帶領大軍趕到大都，王保保大軍抵達大都附近後，也不敢貿然進攻，在等待時機。經過一段時間觀察，王保保知道孛羅帖木兒沒有什麼大作為，派軍攻取大同，端掉孛羅帖木兒的老窩。
元順帝方面，內心又急又惱又不敢發作，而孛羅帖木兒得寸進尺，居然對元順帝說：要借皇帝幾個妃子“用用”。元順帝這下火了，開始暗中準備，要殺掉孛羅帖木兒這個“逆臣”。有名漢族秀才名叫徐施畚，就是陪元順帝下棋的“待制”，給元順帝出主意的，由內侍誅殺孛羅帖木兒（康熙誅鰲拜大概就是受此啟發）。有一天，孛羅帖木兒早朝之後，元順帝要賜宴。孛羅帖木兒不知是計。被內侍殺於宴會之上，元順帝聽說孛羅帖木兒被殺消息，他重新主政，首先厚賞行刺權臣的六位內侍和主謀漢人徐施畚。但徐施畚居然失蹤了。
殺了孛羅帖木兒，元順帝加封有救駕之功的王保保為太傅、左丞相、河南王。書中暗表，皇太子此時就在王保保軍中，他希望王保保擁立自己為帝，王保保不從。皇太子雖然是王保保所救，但對王保保不立自己為帝的大將就動了殺心。王保保入京為相後，總攬朝綱，但不是正宗蒙古人，所以乾的不順心，於是自請外出，元順帝於是讓王保保總領天下之兵，討伐各路反賊。王保保回河南，以守父喪為名屯兵不出。命各路大軍彙集河南。等待時機。
陝西李思齊部，接到調兵札後破口大罵：“乳臭小兒，胎毛未褪，敢來發令調派我！我與汝父（指察罕帖木兒）並駕齊驅，你算個屁。隨即下令：“一兵一卒不可出武關。王保保聞訊大怒，派大軍直殺關中，自己坐鎮太原，自家人和自家人窩裡反，兩家打了一年勝負未分，這兩支朝廷最強大部隊用於內耗，而此時朱元璋已經稱王了。
順帝本人也納悶，開始懷疑王保保了，而李思齊、張師道等人日漸不敵王保保，就數次派人入大都向朝廷求助。手心手背都是肉，實在是難辦，元順帝想半天想出一個辦法，在至正二十七年，元順帝頒佈了一道聖旨：，內容是對關中諸將既指斥又安撫，對王保保並無過多指責，但一個勁誇王保保義父如何忠於朝廷。希望兩家罷兵，一致對外（朱元璋）。王保保根本不聽，大軍直接殺入陝西，恰恰就在這時，徐達常遇春大軍已經是殺到山東了。現在都這時候了，元順帝不僅不調兵消滅徐達，只因王保保不聽“聖旨”，罷免王保保一切職務，而且公開下旨：讓各路軍隊去平滅王保保。
當時，王保保在山西的軍隊明軍打得節節敗退，王保保正屯 兵太原。關中李思齊聯合四路大軍從西面發起進攻，向王保保進攻。但打了半個月也沒有攻不下太原城。王保保堅守不戰。突一日，王保保派騎兵襲擊。殺的李思齊大敗，四下潰散，除被殺的兵士以外，其餘各部都向王保保投降。李思齊等四將見勢不妙，只得後撤，退守保潼關。四路大軍都不是王保保對手傳至大都，也使得元順帝大驚，忙下詔免了李思齊的職務，並恢復王保保職務，恢復他以前的一切封爵。但一切都太晚了。徐達已經兵臨大都。元順帝亡國就在眼前了。而此時的元順帝已經無抵禦之兵了。
公元1368年，在徐達的帶領下，各路大軍沿運河直達天津，二十七日進佔通州。八月，明軍進逼大都，元順帝孛兒只斤·妥懽帖睦爾帶領三宮后妃、皇太子等開健德門逃出大都，從居庸關逃奔上都。元朝從忽必烈定國號元開始歷時經十五帝立國九十八年 。大元就此結束在中原的統治，丟失四百年的幽雲十六州再次迴歸中土。1370年四月二十八日，元順帝憂憤之下駕崩於應昌，享年五十一歲。廟號惠宗。
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