雏凤清
您好，很高兴回答题主的问题，我是@会飞的胡蝶。“金陵十二钗”指的是《红楼梦》里最出色的十二个女孩。
一、“金陵十二钗”
金陵是一个地方的名字，也叫石头城，是今天南京的别称，是《红楼梦》整个故事发展最核心的地方。“金陵十二钗“有正册、副册、又副册，记录的都是金陵贾府里女子的终身命运。林黛玉和妙玉正是“金陵十二钗“正册里的人。
话说，一天宝玉在秦可卿房里睡午觉，梦到去了”太虚幻境“，仙姑为了使他开悟，引导他去看薄命司，宝王打开金陵薄命司的大厨，看到的就是关于“金陵十二钗”命运的描述。
“金陵十二钗”正册，林黛玉、薛宝钗：画着两株枯木，木上悬着一围玉带，又有一堆雪，雪下一股金簪，道是：可叹停机德，堪怜咏絮才；玉带林中挂，金簪雪里埋。金陵十二钗”正册，妙玉：画着一块美玉，落在泥垢之中，其断语云：欲洁何曾洁，云空未必空；可怜金玉质，终陷淖泥中。
二、林黛玉
林黛玉，她的父亲林如海是前科探花，升兰台寺大夫，被皇上钦点为巡盐御史，到杨州任职。她的母亲贾敏，是金陵贾家荣国府的小姐。林黛玉从小就聪明伶俐，长得俊秀美丽，学习又很好，因林氏夫妇膝下没有其他的孩子，所以对于黛玉特别的珍爱。在黛玉六岁半时，母亲贾氏就因病去世了，她又没有亲兄弟姐妹，父亲林如海公务繁忙，没时间照料她，因得外祖母(贾母）疼爱，就把她接到荣国府来住，后来父亲亡逝后，就常住在贾家荣国府。
贾母对她极好，与宝玉自小一起长大，青梅竹马，本应是“木石前盟”，最终却败在了封建礼教，输给了“金玉良缘" 的薛宝钗，在宝玉和宝钗结婚当夜香消玉焚。黛玉是“金陵十二钗”正册之首。
三、妙玉
妙玉是苏州人，祖上也是香书世家，小时候经常生病，所以家里就捐钱找穷人家的女孩给她当替身，到庙里出家，替她修行挡灾。但是都没有什么用，只得她自已亲身入空门，身体才好起来，后来父母双亡后，就一直在庙里带发修行。
十七岁时，跟随师父从苏州到了长安，师父圆寂以后，因她”久负盛名“，被贾家请进了为贾妃元春省亲建造的大观园的栊翠庵中。
妙玉"极通文墨，极熟经典"，才华横溢，是个美丽的才女，品位高雅，有着玉的本洁，不允许有一丝丝的掺杂。在某些方面有着极重的”洁癖“，比如刘姥姥用过喝茶的杯子，被她弃用，放在栊翠庵门外。
妙玉与贾府众公子小姐交情很好，因她茶艺精湛，诗词歌赋样样精通，常与贾府众公子小姐饮茶做诗。但是在贾家没落贾母出殡的第二天，却被强盗掳走，下落不明，不知道遭遇了什么样的厄运。所以妙玉在薄命司”金陵十二钗“正册中：可怜金玉质，终陷淖泥中。
黛玉和妙玉原籍都不是金陵，但她们生活在金陵，命运终结在金陵，都是贾府众小姐中出色的人物代表，所以放在”金陵十二钗“正册中是正确的。她们代表了旧社会不与封建礼教同流合污的精神支柱，是那个年代优秀的女性代表。
哲蝶化羽
《红楼梦》有诸多别名，因言与金陵的十二个闺中冠首女儿昭传，故曾名《金陵十二钗》，只是林黛玉和妙玉分别是苏州和扬州人，为何列入金陵十二钗呢？
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表面看来二人的老家不在南京，如何原因如下：
其一，以曹公模糊空间叙事的笔法来看，将南方几个广阔之地视为一个太虚幻境整体书写，书中所言金陵，并非现实的一个具体地方，而是泛指一个南方的旧都城，金陵即姑苏，意是南京苏州扬州等地，黛玉妙玉自然该列入金陵十二钗。
《红楼梦》开篇第一回就写道：
"当日地陷东南，这东南一隅有处曰姑苏，（有甲戌侧批：是金陵。）有城曰阊门者，最是红尘中一二等富贵风流之地。”其中红尘第一个出场人物甄士隐，就住在姑苏阊门外的十里街仁清巷。为人物原型所在地，所谓本贯姑苏。在甲戌侧批有注：十二钗正出之地，故用真。
接着在第二回，再次表明林黛玉的父亲林如海也是姑苏人氏。
"这林如海姓林名海，表字如海，乃是前科的探花……本贯姑苏人氏，今钦点出为巡盐御史，到任方一月有余。"其二，警幻道风流冤孽，缠绵于太虚幻境此处，是“以前来访察机会，布散相思。今忽与尔相逢，亦非偶然的。”顽石将化身为宝玉去凡间游历的时候，那个渺渺真人说，有“一干痴情怨鬼有一段公案未了”在那儿等着，可见十二钗从一开始，就为贾宝玉游历人间而生，自然是宝玉在哪里，这些女子就在哪里了。
宝玉问道：“何为‘金陵十二钗正册’？”警幻道：“即贵省中十二冠首女子之册，故为‘正册’。”宝玉道：“常听人说，金陵极大，怎么只十二个女子？如今单我家里，上上下下，就有几百女孩子呢。”警幻冷笑道：“贵省女子固多，不过择其紧要者录之。……”其三，或当时金陵大省包含管辖着苏扬二州。在太虚幻境，警幻仙姑对贾宝玉解释了此说来历。很重要点的是金陵非一市，而是"省"，同为江淮近邻的苏扬二州，应当是属于金陵省范围之内无疑的。
薛蟠去南方做生意，应当金陵故地一带，在第六十七回 【见土仪颦卿思故里】，特意虎丘山上泥捏了自己小像，应该是顺道而行，苏州扬州与金陵相近，不过数百里的距离，以曹公模糊空间叙事的笔法来看，将南方三个广阔之地视为一个太虚幻境整体书写，是很有道理的。
还有关专家考证过，清朝时期姑苏本就属于金陵管辖。作为六朝古都的金陵广大，包括了苏扬二地，，应该比其他地区的地域广阔得多，想想省府成都的五环都修到温江双流那儿了。
至于说在电影《金陵十三钗》 里，金陵女弹奏的《秦淮景》 即是苏州评弹里的苏州弹词。当然不可为据，不能因评剧艺人到上海演出，就说苏州属上海了。
其四，按旧俗妻从夫籍。如其很大可能非金陵人，京师大学校长——国子监祭酒的女儿李纨，和京中营缮郎养女秦可卿诸媳妇一样，并称金陵十二钗中的。
林黛玉的母亲贾敏，是史太君最爱的小女儿。林黛玉从血缘上来说，有母亲一半贾府的血统。加上她自幼寄养在荣国府府，早被外祖母视为"贾家四个丫头"之一，因此称金陵人也说得过去。
但是如果说黛玉入京尚幼，妙玉早已成年。本是扬州城出生的妙玉，带发修行出家呆到十七岁才上京，如何入金陵十二钗谱呢？
她们都和宝玉关系，妙玉为黛玉分身，黛玉和宝玉有"木石前盟"之约，虽未结成世俗夫妇，精神上早已永结同心了。
四，有作者曹雪芹自家身世的投射。祖上为江宁织造的曹家，应该于苏扬之地常住。
曹寅任苏州织造，后又继任江宁织造、两淮巡盐御史等职务。并受康熙之命纂刻《全唐诗》《佩文韵府》等书于扬州。至其后曹頫被抄家败落，曹家在江南祖孙三代先后共历60余年。
因此《红楼梦》中的贾家根基亦在金陵，而后家道衰落北迁生活。和书中薛家人上京投亲一样，属于"北漂"一族，仍根深植于金陵的。
元元的天下
黛玉不是扬州人，是黛玉爸爸在扬州做官，才在扬州居住的，书中就写了林如海籍贯姑苏人氏，不能说住在扬州就是扬州人了，黛玉还是姑苏人。
警幻仙子说的是贵省，可见金陵不是一个城市，而是一个省。
一个省的范围就很大了，至少包含了姑苏，
妙玉是扬州人，扬州属于金陵的一部分。
题主有疑问的应该是李纨，秦可卿，她两都是京城的人，她们并不是金陵人士，可能是作者认为女子嫁入夫家也算是男方的人了吧。
贾家祖上是金陵的，所以说虽然贾府在京城，也算是金陵。
四大家族的其他三家也是金陵的，在贾雨村的“护官符”里面就提到过。
保龄侯尚书令史公之后，房分共十八。都中现住者十房，原籍现居八房。这是史家!
都太尉统制县伯王公之后，共十二房。都中二房，馀皆在籍。这是王家!
紫薇舍人薛公之后，现领内府帑银行商，共八房分。这是薛家!
贾不假，白玉为堂金作马。
阿房宫，三百里，住不下金陵一个史。
东海缺少白玉床，龙王来请金陵王。
丰年好大雪，珍珠如土金如铁。
红楼梦主要人和事都以金陵为背景，出于一些原因有些地方就写了京城。
黛玉、妙玉等人都是属于金陵范围的。
毕竟曹雪芹增删十余载，这样低级的错误是不可能出现的。
旁边还有脂砚斋看着，时不时的批注一下。
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