自2020年5月6日零時起，經依法批准的收費公路恢復收取車輛通行費。其中，開放式收費高速公路和普通公路以車輛通過收費站收費車道的時間為準，封閉高速公路以車輛通過出口車道的時間為準。
在新冠肺炎疫情防控常態化期間，對疫情防控物資運輸車輛將依法實行分類服務和保障：一是對運輸疫情防控所需救治消毒藥品、醫療救護設備器械等緊急物資的車輛，按照《突發公共衛生事件交通應急規定》（衛生部、交通部2004年第2號令），辦理《緊急運輸通行證》，繼續執行“三不一優先”政策。其中，跨省運送緊急物資的，應當使用交通運輸部統一印製的《緊急運輸通行證》;省內運送緊急物資的，可以使用省級交通行政主管部門統一印製的《緊急運輸通行證》。二是對運輸疫情防控緊急物資以外的生活、生產等物資的車輛，高速公路收費站將設置專用快捷通道，加強現場通行秩序引導維護，保障其優先便捷通行。
取消高速公路省界收費站，不涉及客車計費方式、計費標準的調整工作，客車應交的通行費金額總體看也不會發生變化。但目前出現的部分客車實交的通行費金額髮生一些小額變化，主要是由於計費精度提高造成的。取消省界收費站前，通行費收費大多按照5元的倍數取整。取消省界收費站後，人工收費精確到“元”，ETC收費精確到“分”。例如某段路收費標準為0.5元/公里，行駛19公里和21公里的應交通行費金額分別9.5元和10.5元。取消省界站前，取整後的實交金額均為10元,使用ETC打95折後為9.5元；取消省界站收費站後，實交金額分別為9.5元和10.5元，使用ETC打95折後分別為9.03元和9.98元；比取消省界收費站前有升也有降，體現了“多用路者多付費，少用路者少付費”的公平原則。此外，取消省界收費站後，車長6米以下的8座和9座小型客車，統一由二類下調為一類，應交通行費有較大幅度下降。
貨車由於從計重收費調整為按車（軸）型收費，涉及到收費標準的調整，但總的費額是不增加的。交通運輸部會同發展改革委和財政部督促指導各地，以2018年和2019年高速公路實際交通量和車貨平均總質量為重要依據，進行測算和調整，要求各地在測算和實施過程中滿足以下三個要求：一是確保在相同交通流量條件下，不增加貨車通行費總體負擔，各省（區、市）貨車通行費總收入不能因此而增加。二是確保每一類車型在標準裝載狀態下的應交通行費額，不大於計重收費時的應交通行費額，也就是單個車輛在標準裝載情況下的通行費支出也不能因此而增加。三是新標準反算噸位應小於2018年和2019年加權平均總質量，且至少60%以上頻次車輛受益，也就是實際交通量中，至少60%以上車次的通行費小於計重收費時的應交費額。
取消省界收費站後，高速公路主要依靠ETC門架系統識別車輛實際行駛軌跡，進行精確收費。ETC門架系統可以識別車輛身份、車型信息，但無法判斷載運的貨物情況。為避免符合優惠條件的運輸車輛發生先扣費、再退費的情況，運輸鮮活農產品和聯合收割機的車輛，需在駛入高速公路前預先提交優惠申請，駛離出口收費站後到指定位置申請檢查並確認符合規定，即可享受免交全程通行費優惠政策。
預約採用網絡預約形式，運輸鮮活農產品和聯合收割機的車輛可以在駛入高速公路2小時前，通過“中國ETC服務小程序”進行網絡預約。未進行預約的，經出口收費站查驗合格後，按特情業務辦理退費。
為解決一次通行、多次扣費的問題，各地交通運輸主管部門和高速公路經營管理單位組織開展了系統優化工程，通過整合相關信息，初步實現了“一次行程、一個賬單、一次扣費、一次告知”。
今年初取消高速公路省界收費站後，車輛在ETC出口車道不顯示全程通行費額，而是通過推送信息或賬單提供費用查詢服務，但部分公眾對此提出了意見。為滿足公眾需求，各地交通運輸主管部門和高速公路經營管理單位組織開展了ETC“費顯”工程。目前，所有高速公路出口車道都可以顯示本次行程的全部通行費用。
