哈爾濱醫科大學附屬第一醫院於1949年在哈爾濱市院衛戍區醫院原址上建立。經過近70年的發展，由一所230張床位、395名職工的小型醫院，發展成為總建築面積已達60萬餘平方米，總床位6496張，下設血液腫瘤醫院、心血管病醫院、消化病醫院、眼科醫院、口腔醫院、兒童醫院、精神衛生中心等專科醫院，集醫療、教學、科研為一體的大型綜合性醫院。醫院是黑龍江省最大的醫療中心，醫療專科設置齊全，技術力量雄厚。
醫院是黑龍江省最大的醫療中心，醫療專科設置齊全，技術力量雄厚。共有51個臨床科室，17個醫技科室，121個病區，現有員工5733人，副高職稱以上專業人員1034人。2017年門、急診量達288.7萬人次，出院病人26.6萬人次，手術操作12.4萬例，平均住院日8.23天。醫院同時承擔著副省級以上領導及重要外賓的保健、診療任務。
1992年被評為“三級甲等”醫院；1998年獲全國“百佳醫院”稱號，2010年再次以全省最高分通過三級甲等醫院複審。2014年榮獲“全國百姓放心示範醫院”稱號。2018年入選百所省部級疑難病症診治能力提升工程項目。醫院與省內外120餘家醫院結成了協作醫院，醫療輻射周邊國家和地區。血液內科、神經外科等17個專科被評為國家臨床重點專科建設項目，心內科、普外科等24個專科成為黑龍江省醫療質量控制中心，擁有11個省重點學科，普外科被列為國家重點學科（培育學科），心血管內科、神經外科和血液內科為衝擊“十二五”國家重點學科。醫院以技術創新為源動力，實施“專科有特色，專家有特長”發展戰略，每年近百項先進技術應用於臨床。
醫院有臨床醫學、口腔醫學專業，設23個教研室，7個教研組，承擔研究生、5+3學制、五年制、留學生及成人教育的臨床教學任務。是國家（五星級）優秀示範臨床教學基地，國家級住院醫師規範化培訓示範基地。現有博士導師77人、碩士導師337人，在院學生3，000餘人，年接收進修醫師近500人。
醫院具有較強的科研實力，肝脾外科省部共建教育部重點實驗室、衛生部細胞移植重點實驗室等6個省級以上重點實驗室均設在醫院。擁有1個省級、7個校級研究所，設40個研究室，醫院設有臨床醫學和口腔臨床醫學博士後科研流動站。
醫院在國際上率先開展了三氧化二砷治療急性早幼粒細胞白血病的應用和機制研究，獲中華醫學科技及教育部科技進步一等獎；醫院發明的亞砷酸注射液被評為國家二類新藥，在中國科學院2000年《科學發展報告》中被稱為20世紀中國十大科技發明之一；醫院研製的雙黃連製劑獲省政府優秀成果獎。十餘年來，承擔國家和省重大科研項目千餘項，獲國家、部省級科技成果獎百餘項。
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