1937年，南京陷落。1938年，日本慶應義塾大學成立了三個“學術旅行隊”，分別對中國北部、中部和南部以學術調查和文物發掘為名大肆進行文物掠奪，犯下了滔天罪行。
松本信廣率領的第三隊負責中國江浙地區。到達南京後，在日軍的護衛下，首先對窺視已久的南京國立中央研究院進行“整理”。包括4500年曆史的陶器、古史學家的手稿、各個時代的頭蓋骨、化石標本等古物頃刻之間就落入日寇手中，總數達740箱之多，全部被劫往日本。
在戰爭的同時，日本軍人還從事“徵發”（外出掠奪物資），到處搶劫中國傳統工藝品。有一隊日本人看上了難民區的石獅子，直接包起來運到日本送給了某個大人物。還有一名聯絡員，闖進蔣介石家裡，從寢室裡拿了一雙宋美齡穿過的鞋留作“紀念”。
1941年11月，日軍在南京中華門外修建神社時發現了唐朝玄奘的“佛骨”，打著要全部移交汪偽政權的名義偷偷運回了日本，保存在與西安慈恩寺同名的寺院裡。戰後中方索要被搶去的“佛骨”，日方在交給臺灣的同時又偷偷留下了一部分。
戰後，中國成立“清損會”，調查被日軍搶去的文物。抗戰期間，被日軍損毀歷史古蹟741處，掠走書畫類15000件，古器物類16000件，碑帖類9300餘件，珍惜書籍300萬冊，雜件60餘萬件。但追回相當困難，從日本帝國大學追回的古籍106箱被看做是為數不多的勝利，其他依然難回祖國懷抱。
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