永祚寺，意喻“水锡祚胤”，始建于明朝万历中叶，当时仅有文峰塔，为“永明寺”。朱敏淳请五台山显通寺主持福登和尚，来太原主持扩建。建造双塔，并补充大雄宝殿、三圣阁、方丈殿等。顺治十五年（1658年）、康熙二十一年（1682年）、康熙三十年（1691年）陆续建造并成现状；民国十六年（1927年）补建。
永祚寺始创于1599年(明万历二十七年)，初名永明寺，1608年(万历三十六年)，五台山高僧妙峰(福登)和尚奉敕续建，易名永祚寺。清初又续建了山门，完善了禅堂和殿宇，形成了一座小规模的寺院。但在战乱岁月，古寺饱经沧桑，到民国末期，已是满目疮痍、遍体鳞伤了。新中国成立之后，曾多次维修。新建碑廊，仿建前院，广植牡丹，使古刹面貌一新。
永祚寺总占地面积12万平方米，依山而建，坐南向北，三进院落。自北面山门而入，第一进院是20世纪80年代仿明代形制扩建而成，两厢为配殿，辟为展室，称陈列院。第二进院为“祗园胜景”，称牡丹院，遍植各色牡丹，具有北方园林的韵味；向东伸展建成的展室，陈列着从市内搜集来的碑刻、造像等。第三进院为“永祚禅林”，称礼佛院，有大雄宝殿、三圣阁、禅堂、客堂等。大雄宝殿五间为结构精巧的两檐楼阁式，全用青砖磨砌成柱、檐、斗〖FJF〗拱〖FJJ〗、雀替、垂花柱及图案等，仿木结构筑砌，殿内施拱券顶，不用一钉一木，是明代典型的无梁式建筑，故称“无量殿”。殿内正中供奉高3.85米的阿弥陀佛立式贴金铜像，两侧有释迦、药师佛铁铸坐像，是净土宗的礼佛场所。殿前有明代所植丁香和牡丹两株。大雄宝殿顶上建有三圣阁，单檐歇山顶建筑，顶部用砖雕斗拱，层层出挑，叠涩而上，形成套拱，筑成下大上小的砖砌藻井，是中国古建筑无量式殿阁中的珍品。殿内原有“西方三圣”塑像，现供明塑的三大士像，工艺精湛，也是明塑中的佼佼者。
礼佛院东侧门通往塔院。塔院与永祚禅林相对而言，也称上院。永祚禅林的中轴线是南北向，而塔院的轴线则是东南—西北向，反映了中国传统观念特别是道家以东南之气祈增文运的寓
意。沿这一轴线依次有新塔、过殿、旧塔和楼阁式的后殿。双塔高均为54米，南北对峙，相距46?6米，均用砖砌仿木构筑，与大雄宝殿结构一致。塔呈楼阁式梭形，随着塔身的上升，每层高度逐渐降低，斗〖FJF〗拱〖FJJ〗由五踩重翘变为三踩单翘，符合人们仰视时下低上高的视觉。两塔的不同之处是旧塔收分不显，素边檐子，雕饰牡丹叶子；新塔收分明显，琉璃剪边檐子，饰有莲花。双塔塔心中空，阶梯设在外壁与内壁之间，游人可盘旋而上，直至第11层。塔身每层辟有四门通向出檐，可眺望晋阳的美丽山川。
被古人誉为“双塔凌霄”、“文笔双峰”的双塔是永祚寺内最引人注目的景观。双塔巍然高耸，直插云天，雄健地屹立在晋阳大地上。因其坐落于高山之上，在进入太原市之前，人们远远就可看到其身影，仿佛在笑迎八方来客。因此，它多年来一直是太原城的标志。双塔从创建至今已有近400年历史。寺中旧塔原名文峰塔，是1599年(明万历二十七年)所建；新塔是9年后妙峰和尚所建，建成后与旧塔一起并称宣文塔。1984年和1996年，政府又拨巨款先后维修了在解放战争中受创的宣文新塔和倾斜的旧塔。
永祚寺二重院落东侧为墨园。穿过花墙月门，雕梁画栋的碑廊内嵌有两套晋阳名帖—《宝贤堂集古法帖》和《古宝贤堂法帖》的碑刻。《宝贤堂集古法帖》俗称“大宝贤堂法帖”，由明代晋藩王世子奇源于1489年(弘治二年)始刻，1496年(弘治九年)刻成，1980年由傅公祠迁入永祚寺，镶嵌入廊。其间荟萃了魏、晋、南北朝、隋、唐、五代、宋、元、明等十余个朝代、120名书法大家的墨迹宝翰，真、草、隶、篆各种书体应有尽有，真可谓历代书法之全璧、书林之瑰宝。游客至此，莫不潜心品琢。明末清初的书法大家傅山先生对此帖颇有见地，他认为“汴帖抚勒无丰采，肃帖丰肥浓态侧出，晋帖(即《宝贤堂集古法帖》)圆秀遒媚，出周、肃之上，二王钩勒尤为精妙”。由此可见《宝贤堂集古法帖》刻石的书法水平和艺术价值。《古宝贤堂法帖》俗称“小宝贤堂法帖”，刻于1718年(清康熙五十七年)，由太原知府李清钥，选取唐褚遂良，宋苏东坡、黄庭坚、朱熹，元赵孟〖FJF〗瞓〖FJJ〗，明唐寅、文征明及清初董其昌、王铎、傅山等名家墨宝摹勒上石，共39块。
碑廊最北处有一套苏东坡醉笔所书《赤壁怀古》碣石三块，是1762年(清乾隆二十七年)由鄂弼按家藏旧拓复钩摹勒上石而成，是苏东坡草书的传世之作，笔势奇伟，淋漓尽致，与词之豪放雄健相得益彰。此外，寺院内还收藏有清中叶以来著名书法大家，曾位列道光、咸丰、同治三朝阁老的祁隽藻所书的“子史粹言”石刻四通，以及明万历年间曾任山西提刑按察使的吕坤之家训碑一通。
残缺的石像。
