臺海軍“敦睦艦隊”官兵感染新冠病毒後，島內輿論在批評軍方隱瞞疫情的同時，也在猜測艦隊到底在執行什麼“特殊任務”，似乎比防疫還重要。
臺“中央流行疫情指揮中心”23日通報稱，島內當天新增一例確診病例，患者是“敦睦艦隊（磐石艦）”上的軍人。臺灣累計確診病例達427例，其中“磐石艦”已有29人確診。與此同時，有關軍艦執行的任務也在島內引發諸多猜測。
這些猜測起源於軍方疫情暴發後，民進黨“立委”王定宇在臉書的一段文字。他稱，“敦睦艦隊”2月21日進行人員集結，3月5日出發、12日抵達帕勞，用了7天多；可是回程3月15日從帕勞出發，抵達高雄左營軍港的時間是4月9日，用了25天多，“這當中多了近19天的額外航程，據瞭解‘額外航程’是進行訪問帛琉（即帕勞）以外的重要機密任務”。王定宇接著稱，4月11日和12日，大陸遼寧艦和5艘護衛艦正好在臺灣東部外海，而剛剛遠航回臺的海軍“岳飛艦”及“康定艦”官兵還沒有離艦。民進黨“立委”蔡適應還稱，本來“敦睦艦隊”3艘軍艦9日回臺後都應該隔離，但11日和12日臺灣周圍海域有其他船艦經過，“康定艦”等又出海執行任務，“那時候發生什麼，大家一查地點，中國對臺灣最大威脅是什麼，答案就出來了”。
這番爆料隨即引發批評。國民黨“立委”吳斯懷批評王定宇的做法不道德，認為攸關臺灣安全的事情，不該由個別“立委”披露。“立委”葉毓蘭說，若王定宇說的是事實，應要追究洩露機密的刑責；他若是唬爛，也要依特別條例中的散佈不實信息罪重罰。《中國時報》23日稱，自王定宇打出這個“額外行程”的啞謎後，全臺大猜謎，猜得最多的是“敦睦艦隊”去關島，這個效果說不定也是他想製造的，因為“在大陸機艦繞臺後，讓國軍和美軍連在一起，有激勵反中者的軍心效果”。也有人猜艦隊到了澳大利亞或是和“印太戰略”有關的地區，“總之，只要軍方不說，這個與盟軍交流的猜想可以一直收到邊際效應”。
臺“國防部長”嚴德發22日到“立法院”進行疫情檢討報告時回應稱，“其他的地方當然有去，但這些地方我們不方便說；如果有安排機密報告，我們來報告”。蔡英文在臨時記者會上則回應稱，艦隊這次是有一些比較特殊的任務，不方便在公開場合說，“但是你問我除了帛琉之外，有沒有去別的地方，我的答案是沒有”。嚴德發22日隨即改口稱，“敦睦艦隊”沒有去其他地方，就是去帕勞。前臺灣省家畜衛生試驗所所長劉培柏23日撰文稱，本以為航行海上近40天軍艦染疫的疫情，分析其感染源將是一件富有挑戰和科學意義的病毒流行病學問題，“原來只是政治軍事上不能說的秘密而已”。有“國防部”官員透露，艦隊回程途中確實曾執行“特別任務”，不過相關任務雖然重要，也有一定的敏感性，但並非所謂“錯過以後就沒有機會再做”。還有官兵爆料稱，原本出發前要進行全體人員普篩，但最後取消。
臺軍方23日終於公佈“謎底”。“國防部”公佈了“敦睦支隊”每天兩次彙報的“安全資料”，其中包括每次報告時的經緯度。可以看出，艦隊最遠時曾走到南海的最南端，接近新加坡的位置。“國防部”還罕見公佈遼寧艦空拍圖稱，解放軍遼寧艦及所屬5艘軍艦本月12日經巴士海峽進入南海，22日結束南海航訓後，再次經巴士海峽繼續向東航行，其間“國軍”除運用聯合情監偵系統全程監控外，並在臺“防空識別區”派遣海軍8艘軍艦擔任警戒、監控及側護任務。
《中國時報》評論稱，軍方愛搞神秘，戰備演訓常扣上機密帽子，躲避外部監督，或許正如被調職的艦隊支隊長陳道輝所言，他寧可死在海上，因為從“磐石艦”官兵染疫這件事可以看出，岸上比海上的問題還大。聯合新聞網稱，“磐石艦”造成臺灣防疫破口，民眾迫切想知道感染源始自何人，但王定宇、“國防部長”嚴德發和蔡英文卻接連拋出機密、戰備或特殊任務等說法，試圖轉移焦點，並帶有“就是不告訴你”的政治操作痕跡。文章說，機密能因特殊情況而立即解密，更何況是嚴德發說的“戰備”、蔡英文說的“特殊任務”，“又怎可能比及時防堵危及整個臺灣的防疫破口重要？”
