无锡书院始于宋代，北宋杨时（文靖）曾讲学于城东隅，后其地建东林书院，并建道南祠，以纪念杨时（道南先生）。
南宋尤袤晚年在惠山第二峰下建遂初书院读书、治学，并藏书3万册。
南宋理宗宝祐中知县袁从于学宫东建祠，祭祀杨时、陆九渊、张拭、杨简、袁燮、袁甫、喻樗、尤袤、蒋重珍，称九先生祠。后几经废修，至明嘉靖八年(1529)称崇正书院。
明邵宝在惠山右建二泉书院，又名尚德书院，祭祀李纲，后改作邵宝祠。明成化时，邵宝因恢复东林旧地未成，曾讲学于城南泰伯渎北保安寺，邵宝门人华云即在此建城南东林书院。万历三十二年（1604），顾宪成与弟允成于城东隅杨时讲学处复建东林书院。
清康熙三十年（1691），顾培、金敞于锡山东麓建共学山居，用于讲学和祭祀，规约仿东林。
在乡区还有学海书院、安阳书院、葑溪书院、东泉书院与文昌书院。今仅存东林书院和安阳书院旧舍，作为古迹保护。
东林书院，在今梁溪区解放东路867号苏家弄，是杨时（龟山先生）讲学旧址，后建书院，故又称龟山书院。书院三起三落，以明代顾宪成（泾阳先生）、高攀龙时最盛。
当时书院宗二程（程颢、程颐）学说，推崇朱熹的理学，批评王守仁（阳明）的心学，宗旨是“以朱代王，救一时之偏”。书院不仅有自成一家的学术思想，而且订有院规。院规仿照白鹿洞书院，但有发展。并订有《东林会约》，会约定一年两大会，一月一小会，会期都是3天。书院大会小会在讲学之余评议朝政，裁量人物，把学术活动和政治斗争结合起来，这是东林书院的创举和特点。书院有名联“风声、雨声、读书声，声声入耳；家事、国事、天下事，事事关心”。
讽议朝政，裁量人物，反对明哲保身，反对传食诸侯是东林书院树立的新学风，当时“远近名贤，同声相应，天下学者，咸以东林为归”。“天下不知有书院，咸以书院曰东林”。东林书院在全国地位甚高，影响也很大。
东林书院的主张和行动触犯了当时专权的阉党魏忠贤等。于万历三十九年以莫须有罪名横加东林。魏忠贤为了排斥异己，将天下反对他的人一律称作“东林党”。天启五年（1625），魏忠贤令捕高攀龙，高投水自尽。当时，天下书院全部废止。因“东林党”祸受害的学者、政治人物全国有2000多人，崇祯时昭雪。
清顺治十一年（1654），高攀龙从子世泰恢复燕居庙，建再得草庐等，以后逐步增建，至咸丰十年（1860）毁于兵燹。同治三年（1864）又重建，光绪二年（1876）修丽泽堂。当时书院负责人称山长，由县、府选定，来学者分内课、外课。后又增附课。各课又分童课、生课。童生（未中生员者）进童课，生员（秀才）进生课。各课都有定额。每名分别给膏火银。书院经费主要来自田产租银、捐款、存款利息。同治五年，县拨布捐二成12093千文给书院生息作膏火费。
直至清光绪时，会约未变，但活动内容大变。除祭祀仪礼如旧外，讲学很少，主要是为科举服务，专攻“举业”，考课以“八股文”为主。书院传授学术的方式是“自学为主”。
东林书院最后一任山长是陶黻昇，主讲是会元陶世凤。
光绪二十七年废书院、兴学堂。次年八月，东林书院改为东林学堂。
建国后，1957年，东林书院旧址定为“省级文物保护单位”。国家副主席董必武于1962年东林小学建校六十周年时，曾来东林参观，特赋诗一首：“东林讲学继龟山，高顾声名旧史传；景仰昔贤风节著，瞻楹履阈学弥坚。”《人民日报》总编辑邓拓来东林时也曾吟诗一首：“为抗奸权志不移，东林一代好男儿；攀龙风节传千古，字字痛心绝命辞。”
1981年10月，市政府将书院主要建筑划出学校，并加以整修，作为文物古迹供人参观，归市文物管理委员会管辖。2006年6月，东林书院入选第六批全国重点文物保护单位。