這次疫情中出現了到底這是傷寒、還是溫病的討論？由於許多疾病的病因是不斷變化的，如流感病毒、冠狀病毒等都是變異的，古代醫家也發現了這種特點，他們無法去抓變化不定的病原體，而是立足於人體，將其在疾病中的“所發”與相對應的藥物結合起來，形成了許多方證，這就是古人處理複雜疾病的模式。
正如清代醫家徐靈胎所說：“蓋方之治病有定，而病之變遷無定，知其一定之治，隨其病之千變萬化，而應用不爽”“不論從何經來，從何經去，而見證施治，與仲景之意無不吻合，豈非至便之法乎？”這種處理疾病的模式，就是方證相應。遵循方證相應的原則，我們就能對新冠肺炎等許多疾病的病理狀態進行精準的把握，同時應用對證方藥給予機體最大的援助和支撐，這就是中醫學的優勢與特色所在。
王永炎院士認為，此次疫病為“疫毒溼寒與伏燥相搏結”，壅塞於肺胸，損傷正氣，導致氣機痺阻，升降失常，元氣虛衰。其病機特點為：毒、燥、溼、寒、虛、瘀。王院士強調：伏燥在先，寒或溼寒居後。仝小林院士認為：是感受“寒溼疫毒”而發病，其病機特點為寒、溼。
證據有三，一是考慮這個發病季節是“冬季之寒+武漢之溼”；二是新型冠狀病毒有傷陽的情況出現；三是病位在肺脾。仝院士強調：寒溼疫屬於陰病，是以傷陽為主線的。劉清泉教授認為，屬於“溼毒蘊熱”。其證據有點，一是病人初期有溼熱的表現，如倦怠乏力、食慾不好、胸悶、大便溏，同時咽乾、咽痛及發熱；二是容易突然出現高熱及喘憋氣急的危重情況；三是疾病變化中的主要特點是“溼、熱、毒、瘀”。
國醫大師熊繼柏認為：感受“溫熱濁毒”而發病，並且強調，這是疫病，不是傷寒。熊繼柏強調：溫熱類的疫病基本上是從口鼻（呼吸道）傳入，多見於冬春季節，而溼熱類的疫病多是腸胃道的傳染病，多發於夏秋季節。我的觀點是：這是溼熱疫，兼有冬溫。
另外，此次疫病是傷寒還是溫病，醫家間也有不同意見。執傷寒觀點者認為，用仲景方有效，說明是傷寒；執溫病觀點者認為，用溫病方有效，說明是溫病。其實，我的觀點是，傷寒有廣義和狹義之說，溫病也有廣義和狹義之說。廣義的傷寒有五種，即中風、傷寒、溼溫、熱病、溫病。廣義的溫病不僅指感受溫邪所引起的一類外感急性熱病，也包括感受寒邪所致的傳染病。可以說，此次疫病既是傷寒，也是溫病。其實，在傷寒還是溫病上爭論是沒有意義的。
對於此次疫病的認識要不要統一起來？我的觀點是，大可不必。每位中醫人所接觸到的病人的病象不同，其中醫學養不同，更兼地域、地理、氣候等諸多因素，因此說，產生不同的認識是正常的，也是應該的。我認為，越是認識不同，越有益於中醫的發展。若只有一種聲音，未免萬馬齊喑，反而害了中醫。
在如何預防新冠肺炎以及如何在疾病恢復期進行調理方面，有些中醫根據《黃帝內經》“邪之所湊，其氣必虛”而提倡補益方藥，如玉屏風散、生脈散等。對於某些個體可能是適合的，但大規模提倡補益方藥，本人不敢苟同，扶助正氣與應用補益方藥是兩個概念。日本醫家丹波元堅解釋道：“此非邪湊則氣虛之謂，言氣所虛處，邪必湊之”。