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從臨床報道的艾滋病患者合併機會性感染情況分析來看，中樞神經系統感染的比例在10%左右，艾滋病機會性感染以呼吸系統最常見，可以達到50%左右，其次是消化系統，大約為20%左右，神經系統為10%左右。
但是在HIV感染者的死亡病例中，存在屍體解剖發現中樞神經系統病變的比例，高達75％~80％的HIV感染患者存在腦部病變，而且17％為多種腦部病變共存。
HIV相關中樞神經系統機會性感染可以分為真菌感染、細菌感染、寄生蟲感染和病毒感染。
真菌感染最常見的是．新型隱球菌感染，新型隱球菌大量存在於鳥糞尤其是鴿子糞中，人類主要通過呼吸道感染，經呼吸道擴散至皮膚、眼部、前列腺以及中樞神經系統。細菌感染當中最常見的是結核分枝桿菌感染，結核分枝桿菌是艾滋病患者最常見的機會性感染病原體之一，也是艾滋病病死的主要原因。腦弓形蟲病是艾滋病患者最常併發的寄生蟲感染。中樞神經系統感染中病毒感染最常見的是鉅細胞病毒和JC病毒，鉅細胞病毒還可以引起視網膜炎和肺炎，JC病毒引起進行性多灶性腦白質病(PML)，JC病毒屬乳頭多瘤空泡病毒科中的多瘤病毒，可以感染少突膠質細胞和星形膠質細胞，導致亞急性中樞神經系統脫髓鞘性疾病。
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