一些明史愛好者認為，孫承宗修建寧錦防線、擴兵練兵導致軍費大漲，使明朝經濟陷入崩潰邊緣，最終使明朝墜入無底泥潭無法自撥……但更多明史愛好者認為：打造寧錦防線，拒清於關外，提拔袁崇煥、祖大壽、滿桂、趙率教等，孫承宗可稱得上明末超一流的戰略家。
1、一語指出明朝最大軍事弊病
天啟二年(1622)，清兵攻打廣寧，王化貞棄城而逃，熊廷弼也敗退關內，熹宗只好啟用孫承宗掌管兵部。孫承宗上書：“武將領兵，文官練兵；武將指揮作戰，文官指揮調遣；武將防守邊疆，幕僚全是文官；將帥領兵在外，卻問朝廷攻守之法。這是當前軍事的最大弊病。”
孫承宗指出問題，也開出藥方：“國家應放權給武將。挑選有氣量、有謀略的人全權代理邊疆事務，不受文官管制。不關心他的小勝小敗，他的任務就是守住關隘，不讓敵人擅自進入山海關，再慢慢收復失地。”
孫承宗的安遼之策核心內容是：安撫遼西；救濟遼陽難民；練兵京師；增設永平大帥；修築道路；開闢京東屯田等。
2、山海關下舌戰王在晉
兵部尚書王在晉代替熊廷弼治理遼東，與總督王象乾親密。後來依照王象乾提議準備在山海關外的八里鋪構築關隘，派4萬人防守。袁崇煥、孫元化等人反對無果，孫承宗主動要求裁決此事。
抵達山海關後他問王在晉，新城是調舊城人防守嗎？王在晉稱要另增兵馬。孫承宗說，這意味著8裡內有8萬部隊。新城守得住，要舊城何用？要是守不住，4萬新兵逃到舊城，是放進來還是閉關任由敵人宰割？
王在晉答，關外有三道關口可以讓他們進入。孫承宗說，敵人來了我軍照樣逃跑，還要舊關幹什麼？王在晉說，準備建三座兵營，收容逃亡士兵。孫承宗說，士兵剛上戰場就建好兵營等著，這是教他們逃跑……王在晉無言以對。
3、提出四條守遼案
孫承宗的治遼之策是防守關外：閻鳴泰守覺華島，袁崇煥守寧遠。王在晉不同意，主張守中前所，最終談了七天七夜才說服王在晉。此後，孫承宗第一次完整道出守遼案：
守遼案一：與其用百萬銀子築城，不如加固寧遠城。
守遼案二：八里鋪4萬人擋住寧遠要衝，與覺華島互為掎角。敵人攻寧遠，覺華島可出擊，繞敵後背打擊。
守遼案三：不能讓清軍靠近山海關。
守遼案四：要破除庸人的議論，確保遼東戰局有所為。
4、主政遼東，局面為之一變
王在晉離職後，孫承宗主動要求擔任守遼統帥，統領山海關、薊、遼、天津、登、萊的軍事。命閻鳴泰為遼東巡撫；袁崇煥建造兵營；李秉誠操練火器；鹿繼善、王則古治理軍備；沈翭、杜應芳修理兵器；孫元化興築炮臺；宋獻等人購買馬匹；祖大壽守覺華島，孫諫在前屯輔助趙率教，魯之甲收治難民，李承先練騎兵，楊應乾募遼人當兵。
閻鳴泰出任巡撫是孫承宗舉薦的，後來發現他沒有才幹，孫承宗力主將其罷免。後來，孫承宗出關巡視抵達寧遠，支持袁崇煥、鹿繼善、茅元儀的意見全力防守寧遠。命祖大壽興修城，袁崇煥、滿桂防守。
5、提出守遼核心戰略是拒敵關外
孫承宗此後上書，系統陳述守遼核心戰略：“拒敵門庭之中，與拒諸門庭外，勢既辨。我促敵二百里外，敵促我二百里中，勢又辨。蓋廣寧，我遠而敵近；寧遠，我近而敵遠。我不進逼敵，敵將進而逼我。今日即不能恢遼左，而寧遠、覺華終不可棄。
意思就是：在山海關外拒敵，同在關內拒敵，是大有區別的。拒敵200裡之外，同拒敵200百之內，也是有區別的。廣寧，離我遠距敵近；寧遠，離我近距敵遠。我軍不進，則敵進。既然無法收復遼東，那麼寧遠、覺華島終不能放棄。
6、拒絕魏忠賢的拉攏
魏忠賢專權後，想拉攏勞苦功高的孫承宗，但被孫承宗拒絕而結仇。恰逢魏忠賢打壓東林黨人的楊漣、趙南星、高攀龍等人，孫承宗正巡視薊鎮、昌平，就想面見熹宗，想借機除掉魏忠賢。
魏忠賢得到訊息後“悸甚，繞御床哭”，很恐懼，繞著皇帝的床哭泣，最終熹宗下旨：“沒有皇帝聖旨離開駐防之地，有違祖宗法令，違命之人絕不寬恕。”連夜命兵部尚書下三道命令並派騎兵傳旨。孫承宗只好止步。
7、被魏忠賢黨徒輪番陷害
經過此事，魏忠賢黨徒李蕃、崔呈秀、徐大化接連上書詆譭孫承宗。天啟五年(1625)，關於孫承宗冒領軍餉的議論蜂起，此後又借馬世龍兵敗大作文章，孫承宗辭職，兵部尚書高第取代了他。
魏忠賢的黨羽梁夢環則巡視山海關，想羅織罪名而無所得。史載，孫承宗守遼4年，修復9座大城、45個城堡、練兵11萬，建戰車營11個、水兵營5個、大炮營2個、前鋒後勁營8個，製造甲冑、器械、弓箭、炮石等數百萬，開拓土地400多里，開闢屯田5000多頃，年收入15萬兩銀。
8、袁崇煥之變後重新出山
孫承宗辭職時力薦袁崇煥，而袁崇煥得到崇禎信任統領遼東軍務，因為斬殺毛文龍，使清軍再無後顧之憂，繞過山海關兵臨北京城下，袁崇煥回師京城不久就被下獄。祖大壽聞訊後兵變。
孫承宗危難中重新出山，佈防北京城後，寫親筆信勸慰祖大壽。祖大壽也幡然悔悟並得到崇禎的原諒。崇禎三年(1630)，祖大壽入關拜見孫承宗，孫承宗待之以誠，舉行誓師禮儀，完全消除了祖大壽的疑慮。
此後，孫承宗調度有方，北京城、山海關的危局全被化解，被佔領的城市也被收復。崇禎加封孫承宗為太傅，賜給蟒服、白金，世代繼承錦衣衛指揮僉事。孫承宗推辭不受，多次上書稱病請求退休。
9、受祖大壽牽連，核心戰略被否定
孫承宗的核心戰略就是拒敵于山海關之外，用寧錦防線來確保山海關的安全。因此在右屯、大淩河都有兵駐守，高第主遼後撤走部隊，二城被毀。等到高弟被免職後，孫承宗建議佔據右屯，在大淩河築城，逐漸向清兵腹地推進。
兵部尚書梁廷棟支持他，於是開建右屯工程，剛完工就被清兵圍困。孫承宗快馬趕到錦州，派吳襄、宋偉救援，但援軍在長山被打敗。在城中糧食吃完、援軍無望下，守將祖大壽投降。
言官為此再次認為修築城池、拒敵關外不是好計，上書彈劾孫承宗。最終，孫承宗稱病請求辭職被批准。很多人認為他喪師辱國，因此剝奪他的官職和世代蔭封，在家閒居7年。
10、以身殉國，滿門忠烈
崇禎十一年(1638)，清兵深入中原，明朝大勢已去。11月9日進攻高陽，孫承宗率家族抵抗。清兵攻城不下離開，繞城大喊三次，守城人也回答了三次。清兵認為“這是守城人嘲笑我們無能。”再次強攻高陽城，次日城破。
關於孫承宗之死史料有數種說法，廣為人知的有兩種：一說孫承宗被清兵抓獲，反覆勸說下拒不投降，被清兵拴在馬尾巴上，策馬拖拉而死。二說孫承宗城破後，被清兵抓獲，押進城南老營中，孫承宗鋪上葦蓆，向北京城的方向叩頭然後吊死。
孫承宗終年76歲，子孫19口人“皆力戰從死”，全都戰死。崇禎獲悉此事，命從優照顧。但在楊嗣昌、薛國觀等人壓制下，只是恢復了他的原官職，給予祭奠下葬。
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