黑木耳的菌种在4℃冰箱中只能保存3-6个月就要转管，在转管的过程中易变异，所以必须不断的组织分离，不断的出菇转管。一般做法是第一年的组分的菌种很好，在生产上应用，第二年组分菌种与第一年保存菌种在相同环境条件下做出菇试验，如第二年的超过第一年的，用第二年的。如果这一年均不理想，还是第一年的好，则用第一年的，这样周而复始，小心认真地分离、出菇试验生产用种。自己做的菌种只能自己使用，如要出售，则要按照农业部门要求的有三证，生产许可证，质量合格证，经营许可证。
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