晉孝武帝太元二年(377年)，由於前秦已一統北部中國，東晉王朝受到空前的軍事壓力，因此詔求良將鎮御北方。當時的權臣謝安遂任命其侄子謝玄應舉。朝廷任命謝玄為建武將軍、兗州刺史、領廣陵相、監江北諸軍事，鎮廣陵。其時廣陵和京口聚居著大量逃避北方戰亂而來的流民，謝玄到任後，在這些人中選拔驍勇士卒如劉牢之，劉裕等，建立了一支軍隊，太元四年(379年)，謝玄改鎮京口，因為當時京口又名北府，故而其軍得名北府兵。
擊敗前秦
太元八年(383年)，北府軍在淝水之戰中一舉擊敗前秦大軍，乘勢追擊，劉牢之一度追到鄴。太元十二年(387年)，謝玄被解除了北府軍的領導權，司馬怡、王恭先後代之，北府軍軍閥化。晉安帝隆安元年(397年)，王恭率北府軍起兵反晉，次年劉牢之殺之，代之為北府軍領袖。此後北府軍主要致力於鎮壓孫恩、盧循的天師道起義軍。
晉安帝元興元年(402年)，北府軍奉命征討在荊州割據的桓玄，劉牢之隨即投降桓玄，桓玄稱帝后削減劉牢之兵權，劉牢之意圖起兵對抗桓玄，然由於投降桓玄早已喪失人心，眾叛親離下自殺。元興三年(404年)，原北府軍參軍劉裕率餘部在京口起兵反抗桓玄，並殺之。此後，北府軍成為劉裕的軍事支柱。420年，劉裕稱帝，建立劉宋，北府軍成為其皇家軍隊的主力。
淝水之戰
肥水之戰是中國古代歷史上最著名的一次以少勝多的戰役，八十七萬氐族軍敗於八萬北府軍，從此北府軍聲威天下。這是一支由南逃的北方農民組成的精銳之師，每個人都與五胡有血海深仇，每個人都把光復河山作為己任。這支軍隊有東晉最著名的戰略家謝安，又有東晉最著名的將領劉牢之，可謂是精銳中的精銳，雄心勃勃的符堅碰到這樣的對手，就算有百萬軍隊又怎能不敗。胡人在戰前瘋狂叫囂，要飲馬長江，投鞭斷流，結果卻被八萬漢族子弟兵打的丟盔卸甲。據說捷報傳來的時候，謝安只是淡淡的說了句"小兒輩已破敵。"但歸家的時候，卻因興奮過度連門檻都撞斷了。可謂是狂喜。其實狂喜的又何止謝安呢!那個時刻，肥水的輝煌把那個世紀中國的歷史濃縮成一刻永恆的絕唱，捷報傳來的時刻，也許全中國的漢人都已經淚如雨下了。
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