糞肥使用要徹底腐熟
糞肥腐熟後分解快，有利於植物吸收，同時在60-70℃的高溫厭氧環境下，有害蟲卵、雜草種子大部分會死亡。
糞肥的腐熟目前有三種常用的方法：
一是結合高溫悶棚進行糞肥腐熟。夏季棚室休閒期長，可結合高溫悶棚進行糞肥腐熟，腐熟發酵的過程也是改良土壤的過程。在發酵腐熟過程中，土壤中的微生物非常活躍，能夠促進土壤團粒結構的形成。
二是棚外堆悶。有足夠的時間可以自然堆漚發酵，而時間較短時可以在堆悶腐熟時使用生物腐熟劑。
三是使用菌劑快速發酵，縮短髮酵腐熟時間。
2、根據不同土質選擇不同糞肥
有些大棚土壤沙性大，漏水漏肥的情況嚴重，因此糞肥應選擇純雞糞或純豬糞，這種糞肥純度較高，養分含量也高，因為糞質比較黏重，對漏肥漏水的沙土地有良好的改良作用。
黏性土應施用有機質含量高而礦質元素含量少的糞肥，如羊糞、牛糞，或者是含有沙子、稻殼、秸稈的雞糞、豬糞等，能夠改善黏性土壤的物理性狀，提高其透水透氣能力。這樣的糞肥也非常適合改良土壤鹽漬化板結較為嚴重的棚室土壤。
3、糞肥使用後要深翻
大量的糞肥集中在地表10~15釐米的土壤當中，雖然與土壤進行了混合，但糞肥仍然比較集中，即使已經腐熟的糞肥，在用量如此之大、翻耕深度較淺的情況下，也會影響根系生長。所以施用糞肥以後應進行深翻，一般翻耕深度要超過30釐米。
4、注意配合使用
糞肥中雖然含有的養分全面，但是總量達不到作物的吸收利用量，所以糞肥與化學肥料配合使用可以降低化學肥料殘留對土壤造成的影響，同時保證化學肥料中的養分能夠及時被作物吸收利用。
菜農指家聯合社建議使用【糞肥+商品有機肥+土壤調理劑+中微量元素肥+菌肥】配合使用可以加快糞肥的分解，加快土壤改良的速率，對恢復土壤生根有很大的作用。糞肥中的物質可促進生物菌的繁殖，鞏固有益菌對根系產生的保護和促生效果。
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