藏密
广东韶关的南华寺，建于何时？南朝梁武帝天监元年。
梵僧智药三藏率徒，来五台山礼拜文殊菩萨，路过广东的曹溪口时，掬水一饮，觉此水甘美异常，溯溪到源头，环顾四周奇秀的山川，流水潺潺，向徒众说：“此山可建梵刹，吾去后一七Ο年，将有无上法宝于此弘化，得道者如林。”韶州官员将此事上奏朝廷，梁武帝准其所请，敕颁寺额为宝林寺，梁武帝天监三年建成。
六祖慧能未出家前，家贫在市集卖柴，闻有人诵《金刚经》，驻足聆听，问人：“何处可学此经？”有人报知：“蕲州黄梅冯茂山弘忍禅师，劝持此法，说可见性成佛。”慧能备妥奉养母亲的财物后，即北上蕲州黄梅。在广东韶阳遇常诵《涅槃经》的无尽藏比丘尼，慧能为他辨析经义，无尽藏大为叹服，劝慧能待在宝林寺修行。慧能志在参学，婉拒了，转辗到蕲州黄梅。
经弘忍大师多方测试，知慧能是可寄法之人，密将法衣传授，叮咛他：“后世受吾衣者，命若悬丝，小子识之。”慧能离开黄梅，隐藏在广东的四会、怀集两地之间猎人堆中，长达十七年。
广州法性寺（今光孝寺），印宗法师开讲《涅槃经》，法会上，慧能因论“不是风动、幡动，是仁者心动”，印宗法师方知他是五祖传人，为他鬀度，并在法性寺受满分戒，又应证了梁朝末年真谛三藏在法性寺的预言：“此后一百二十年，有开士（菩萨）于其下，说无上乘，度无量众。 ”慧能受具足戒后，返回逃亡时待过的宝林寺，大弘五祖弘忍的“东山禅门”，人称曹溪法门，长达四十六年。
唐玄宗先天二年八月三日，六祖在广东新州国恩寺忽然示疾，有人问：“和尚入灭后，衣、法当付何人？”六祖说：“今为汝等说法，不付其衣。”又说一偈：“兀兀不修善，腾腾不造恶，寂寂断见闻，荡荡心无着。”用完饭食，沐浴更衣，气息渐微，双目合瞑，永辞世间。王维撰《六祖能禅师碑铭》：“饭食讫而敷坐，沐浴毕而更衣，弹指不绝，水流灯焰，金身永谢，薪尽火灭。”
六祖肉身不坏，奉于龛内。十一月初，广州、韶州、新州三郡的官僚，及门人僧俗，争迎六祖真身，众人无法决定。于是焚香向六祖祷告：“香烟指归何处，就是六祖归向之处。”结果，香烟直贯曹溪宝林寺。十一月十三日，六祖神龛及所得衣钵，迁归宝林寺。隔年七月，六祖全身出龛，以薄铁片、漆布固定颈部，再供奉塔里。
唐代的达官、诗家，如宋之问、张燕公、武平一等，都曾到宝林寺瞻仰六祖真身，有诗赞云：“大师捐世去，空余法力在；远寄无碍香，心随到南海。”黄巢作乱，侵犯宝林寺，盗走六祖的左指一节，至迷军山，忽然四下生起黄雾，大军失去道路方向。黄巢知是六祖威德不可犯，将左指送返寺里，礼谢而去，并舍一块军营之地，作为“供瞻田”，将此田税供养六祖真身，至明末还有一块名为“黄巢田”，魔王因缘际会而成为护法。
唐末，刘隐在番禺（今广州）称王，每逢上元节，迎请六祖真身入城，焚香祈福。宋太祖平定南方后，改寺名宝林为南华。韶州大盗周思琼，凶暴跋扈，焚烧寺塔，眼看大火燎原烧到六祖真身了，平时六祖肉身要好几个人才搬得动，这时烟火逼近，两位僧人抬着，轻得像是麻布与漆的夹纻而已。
到了明末，南华寺过了八百多年，历经天灾、人祸、兵燹，丛林遭民占据，开设赌局淫房，大好风水破坏殆尽。这时，憨山德清大师，因朝廷迁罪，发配到广东雷州充军。正逢雷州旱灾，憨山大师发起民众掩埋尸体防止疾疫，又启建道场超度亡魂。当地官民不嫌他是带罪之身，经常请他说法，更请他住持南华寺，开始了他中兴南华寺的事业。
憨山大师仔细观察南华寺的形势，发现了六祖当年的用意，全山有如一头双牙跪地的大象，山形完整，却遭后人无知之辈滥建，坏了风水宝地，以致僧人多有意外之灾。憨山大师建请几位地方官员，合力将占据寺产的流民恶棍劝离，然后按着原来的山势，补填缺口，兴建僧房。
六祖真身，虽经八百多年，宛然在世，寺里僧人“朝暮茶汤”早晚供茶供水，香灯供奉如生。憨山大师以六祖肉身不坏之相，告诫寺里沙弥：“人人一个臭皮袋，死了三五日，便臭烂不堪。为何六祖一具肉身，千年以来，如生一般？此是何等修行，得如此坚固不坏？”只要参透“本来无一物，是个什么？如何是不惹尘埃的光景？”若参到自信不疑，就能真见六祖的真面目。
六祖为世间留下全身舍利，以显“戒根坚固，慧命延长”，六祖严守戒律，虽已入灭，但是慧命永存于世，有如法身常住。憨山大师在给山阴王的信里，劝他学佛方能享受法性真常，大师说：“观佛骨金刚舍利的光明，是以不生不灭之心，薰这有漏身躯，使佛性常住不坏。只要在南华寺瞻仰了六祖的全身，便信佛言不妄。”有人劝憨山大师隐居，大师说：“六祖道骨如生，乃法身常住。若依此中，则与法相依为命。”六祖道骨，如佛的常住法身，吾人只要与“法”相依为命，就是安全无忧之地。
明熹宗天启三年，憨山大师七十八岁，居南华寺。十月十一日，大师饮水沐浴，焚香开示：“大众！当念生死事大，无常迅速。”一心端坐而逝。过了三日，面色如生，发长唇红，鼻端微微流汗，手足柔软如绵，奉于龛内。二十年后开龛，大师“全身坚固，衣服鲜明，爪发俱长，皮肤黄白，光润如生。遂金漆护之，同六祖肉身供养。”（见蕅益大师〈十八祖像赞〉）
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