中國近代海軍的出現，還可以追述到晚清時期，洋務運動以後。在此以前，中國水軍在那些經歷過工業化武裝起來的船堅利炮面前，脆弱不堪。當時中國的海軍，共有四支：北洋、南洋、福建、廣東，它們沿著中國海岸線，依次排開佈防。這四支海軍中，北洋駐守渤海，拱衛京師，投入最後，實力也最雄厚。
清朝常將北洋海軍當作對外展示實力的一種手段。因為自日本入侵臺灣，清朝卻無力反抗，只能議和了事後，不只朝野上下，外國人也對中國頗為輕蔑。英國人米契曾寫道：”此次對日能和不能戰，為中國對世界宣佈衰落之開始“。
也是因為這件事，刺激了清朝大力鞏固海防。當時日本對朝鮮又抱有野心。這更讓清政府感到危險。朝鮮國力雖然不強，但所處的位置對中國極為關鍵。日本卻兩次在朝鮮鼓動變亂。雖然兩次動亂都被平定，但清政府依然會覺得不安。而且，當時朝鮮半島的局勢也非常複雜。俄國跟英國都攪了進來，他們都想在朝鮮分一杯羹。
不過，對於日本來說，他們的感受又有另一些不同。因為兩次動亂被清朝阻止，導致日本開始愈發的把中國視作假想敵。日本的海軍卿川村純義就建議，日本應當在八年內，建造四十艘軍艦，應對中國海軍的崛起。這可不是一份書面的計劃，日本一面發行海軍國債，在絕影島儲存煤炭，與中國進行了海上的軍備競賽。此時中日兩國的氣氛，稱得上是劍拔弩張。
而在這個時候，北洋海軍的幾艘軍艦，又進入到日本的造船所。在日本看來，這是對他們的挑釁。可實際上，這次北洋海軍到日本，多少是有一些偶然。當時北洋海軍是奉朝廷命令，到朝鮮的釜山、元山一帶巡視，防止俄國藉機佔領朝鮮的永興灣。巡視結束後，軍艦需要塗油維護。可當時威海衛的軍港還沒有修建完成，所以，便臨時決定，讓軍艦到日本三菱的造船所進行維護。
以當時日本對中國的不滿，這次維護本來就非常容易出事。兩國之間的情緒十分的複雜，既有日本的仇視和不滿，又有北洋官兵對日本的輕蔑。在這樣的情況，北洋海軍的官兵又上岸到了日本城內。當這些矛盾糾葛在一起時，在具體的事件刺激下，就直接引發了日本跟北洋官兵的直接衝突。
北洋艦船上的炮口甚至直接對準日本，進入臨戰狀態。這引起了日本的恐懼。但戰爭還是沒有爆發，因為清政府不願意輕易開啟戰端。最終，雙方選擇各自退讓一步。
歷史的變化，並不是單個事件的產生，而是如同波浪，不斷的推動，不斷的變化。”長崎事件“後，日本激起了強烈的逆反心理。他們想要超越中國，打倒中國。日本明治天皇更是提出，每天只吃一頓飯，把節省下來的費用，用來支持日本海軍的發展。他要用這樣的方式，激起日本國民對海軍的發展。所以，明治時期，日本的海軍發展極快。
反觀清朝，自北洋海軍建成後，就因為清朝政局內部的掣肘，導致軍費投入迅速減少。不用說購置新軍艦，就連日常的訓練，都變得極為艱難。後來甲午海戰中，北洋海軍被擊敗，並不是沒有理由的。
長崎事件，只是當時東亞格局中，中日關係的一個小部分。在此之外，又有世界潮流的變動。不過，這件事卻是一件極為標誌性的事情。中日兩國此前的種種爭端，此後的變化，都在此彙集。
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