在日本，給小孩接種疫苗是一件非常慎重、嚴密管理的事情。在日本，孩子疫苗接種時間是從出生2個月到11歲。在《母子健康手帳》裡有明確記載疫苗的種類和注射時間表。有小孩的家庭可以從家所在的區役所或市役所領取到這本手賬。
醫院和保健籍貫還製作了一種打疫苗的日程表，家長可以把這種表貼在家裡，隨時可以把小孩打疫苗的情況記在心裡。
疫苗分兩種：一是定期接種，是必須接種的免費疫苗。二是任意接種，是可選接種的自費疫苗。到了一定的時間，可以帶小孩到家附近的醫院、診所、保健所等處注射疫苗。
小孩2兩個月、1歲、3歲、小學入學前、9歲、11歲之際，每個地方政府的保健所會給有小孩的家庭寄來《疫苗接種通知》。為了方便住在日本的外國人，預防接種手冊除了日文的，還有中文版、英文版。
每一次，醫生會將疫苗種類、接種時間、接種地點、接種部位在《母子健康手帳》中記錄。尤其會記錄疫苗生產廠家、批次及使用期限。注射時，會詳細說明疫苗批次、注射後有可能出現的情況及護理辦法。注射後，需要等15分鐘。護士確認孩子沒有過敏或異常情況才可以離開。
有相識的在日華人女性說：“在日本，小孩打疫苗、保健方面是不用擔心的，區役所、保育園都會提供信息。提醒我們帶小孩去打疫苗，到了時間帶小孩去就是了。對於疫苗的安全性也沒有過任何懷疑。”
日本於1948年制定了《預防接種法》，後來又進行多次的修訂，在方方面面對疫苗接種做出了規定。
比如，規定醫院或者診療所的經營者或者醫生，發現接受了定期疫苗接種者出現了某些症狀，必須向厚生勞動部門報告。厚生勞動大臣按照規定，及時地通知出現問題的市町村和府縣，共同處理問題。
為了讓定期的預防接種能夠正確地實施，在包括地方公共團體、醫院和診療所的經營者、醫生、疫苗製造販賣者等都必須取得醫藥品的製造販賣業認證許可，才能製造、販賣、使用疫苗。
1964年，日本曾發生過感冒疫苗產生副作用的事件，引起訴訟，報道一直持續到1980年，後來在1976年預防接種法得以修正，建立了救濟制度。
日本流感疫苗的接種是從1962年開始的，1964年發生接種後引起小孩高燒留下重度殘疾的事件。當時日本原子能研究所研究員吉原賢二的1歲1個月的兒子因為接種流感疫苗而高燒，留下了重度的麻痺和智能障礙。後來吉原在全國尋找同樣遭遇的人，發現到1971年為止至少有21人死亡，16人留下後遺症。於是吉原和其他受害者家屬一起向國家提起訴訟。到了90年代，終於與政府達成了和解。
萬一發生疫苗事故，因接種疫苗而產生的損害無論過失如何，均採取結果責任原則。發生事故，首先地方政府設立預防接種健康受害調查委員會，收集該事例的疾病狀況和診療內容資料，而後做出是否屬於疫苗問題的判斷。
在判定受疫苗之害的情況下，政府部門負擔受害者的醫療費、補助費，如果發生導致殘疾的情況，對於未滿18歲的人員發給殘障兒養育年金，對於18歲以上的人員發給殘障年金。若發生死亡事故，政府需要負擔喪葬費等。
在日本，給小孩使用的疫苗基本上都是國產的，這是日本國內相關部門經過嚴格檢驗的。日本的一些診所使用進口的疫苗，這些疫苗在海外得到安全性和有效性的證明，但是未得到日本政府的承認，不過也可以通過醫生個人進口的方式使用海外疫苗。主要用於日本人去海外旅行時注射預防當地疾病的疫苗。
另一種情況是，國產疫苗不夠的情況下，才使用進口的疫苗，如風疹，不僅小孩注射，有些大人也希望注射。在這種情況下，定期接種的小孩優先用國產疫苗。大人用進口疫苗。
日本還制定了疫苗的檢定製度，有專門的《藥事法》來約束。其中規定厚生勞動大臣指定的醫藥品，要接受厚生勞動大臣所指定機構的檢驗。對疫苗進行各種檢驗試驗，其中包括異常毒性否認試驗，檢驗有效性、安全性。任何一個疫苗都要經歷開發、審查、認可之後才能進入製造販賣。檢驗機構主要是政府主管的藥事食品衛生審議會、醫藥品醫療機器綜合機構、國立感染症研究所等。
總而言之，在日本，疫苗的製造、管理、銷售、注射都是由政府監督進行的，有嚴格的程序，不會讓不良產家鑽空子。
日本生產疫苗的醫療企業屈指可數，如北里研究所、武田藥品工業、化學及血清療法研究所、阪大微生物病研究會等，這些機構的共同特點是本身也是醫學研究機構。2015年獲得諾貝爾生理學、醫學獎的大村智博士就是北里研究所的特別名譽教授。（黃文煒）
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