據可靠的歷史記載證明，疫苗最早起源於中國。最早見於公元4世紀東晉道士、醫學家葛洪所著《肘後方》中，就記載了以原始“疫苗”“以毒攻毒”防治狂犬病的方法，清初，康熙更十分重視天花疫苗的推廣。
天花是一種非常可怕的疾病，18世紀，天花在歐洲暴發，隨後經由交通運輸向全世界傳播，全球死亡人數超過1.5億。在公元3世紀的魏晉時期，天花從南亞、東南亞傳入我國。同樣是出自葛洪的《肘後方》，書中已有記載，稱天花為“虜瘡”，隋朝巢元方《諸病源候論》稱其為“豌豆瘡（痘瘡）”，明以後則稱為痘症。
清初，天花被視為不治之症，中國北方痘疹流行，北京城內此病尤其猖獗。滿清統治者來自關外，對痘疹缺乏免疫力，導致死亡者無數，清代皇帝採取各種措施防治天花，比如命令民間出痘者，立即逐出京城20裡。在多爾袞攝政時期，對外城感染天花的漢人，一律驅逐到遠郊。順治帝親政後，他下令改為在痘疹患者家庭周圍拉繩，設立隔離區。但是順治十二年(1655年)春，痘疹流行，順治帝也只好採取了驅逐患者到郊區的辦法。
德親王多鐸、英親王阿濟格的兩位福晉、孝端皇太后，都罹患天花身亡，順治年間，皇室、宗室內的親王、郡王去世者竟達20人之多。順治八年(1651年)十月，順治帝為了躲避天花，竟然一直出行到河北遵化。傳教士湯若望甚至記述，“順治特為奉祀痘神娘娘，另設有廟壇”。但是，最終順治帝還是染痘而亡。
康熙的繼位與天花也有關係。康熙早在兩歲那年便染上了天花，但是在悉心照顧之下，康熙的天花痊癒了，於是有了免疫力，不會再罹患天花得他成為皇帝人選。
康熙登基主政後，他意識到了天花對大清子民生命安全的威脅，於是他決定主動組織醫學研究防治天花。他在太醫院專門設痘診科，廣徵名醫；北京城內設有專門的“查痘章京”，負責八旗防痘事宜，他曾親自調研尋找接種人痘的專業人才，並設立了“種痘局”，在民間張榜公佈《力勸普種痘花法》，刊刻發行《醫宗金鑑·幼科種痘心法要旨》一書，傳播疫苗種植技術。
不久以後，南方傳統種痘疫苗法也傳到了北方。
這種民間種痘法，最早起源於明朝隆慶年間(16世紀下半葉)，一般分為兩種，一種方法叫旱苗法，即取天花者的痘痂研成細末，加上樟腦冰片等吹入種痘者鼻中；另一種方法叫水苗法，就是將患者的痘痂加入人乳或水，用棉籤蘸上，塞入種痘者的鼻中。
這兩種方法都是為了讓種痘者輕度感染上天花，再經過精心護理，病症痊癒後就具有了免疫力。痘痂叫做“時苗”，由於其不能百分之百保證被接種者的生命安全，中醫又發明了“熟苗”接種法。所謂熟苗，指的是以接種發出來的痘作為疫苗，經過養苗、選煉，連續接種七代後，火毒汰盡，用來給健康人種就十分安全了。
據《種痘新書》記載：“種痘者八九千人，其莫救者二三十耳。”可以說，這樣的成功率基本上已經攻克了天花這一重症。
康熙年間種痘得到了大力推行，天花也得到了有效的抑制，人民生命健康得到了保證。康熙二十六年(1687年），俄國還曾派專人來到中國，學習種痘法和有關的醫學知識。可以說，天花疫苗的普及，奠定了康乾盛世的基礎。
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