萧纪在成都称帝后，率领大军进军到巴东时，才听说侯景之乱已经平定，于是感到后悔，就把太子萧圆照找来责备他。萧圆照却说：“侯景之乱虽平，但江陵方面的湘东王并没有臣服呀！”
萧纪也认为自己既然已经称帝，就不能再臣服别人，于是就想继续东进。但是他军中的将士们日夜思念故土，想回老家，他手下的江州刺史王开业认为西魏正在攻打成都，此刻应该回去救援成都，巩固根本，慢慢再考虑今后的发展，将领们也觉得这种想法是对的，只有萧圆照和刘孝胜固执地说不行，必须继续东进。
萧纪听从了这两人的意见，当众宣布说：“谁敢再多说的就处死。”随后，萧纪的军队到达西陵，军势看起来很强盛，战船把江面都遮蔽了。江陵方面派陆法和在峡口修筑了两座城堡，运来很多大石头填江，同时拉上铁索把江面航道切断。
梁元帝萧绎把任约从监狱里放出来，任命他为晋安王的司马，让他协助陆法和抵抗萧纪，并对他说：“你本来该得死罪的，我不杀你，就是为了今天让你戴罪立功。”于是，把宫廷警卫部队也撤销了，把他们交给任约指挥，还答应任约把庐陵王萧续（萧绎五哥）的女儿嫁给他，派宣猛将军刘棻（fen）和他一块儿出发。
六月初一，萧纪修筑互相连接的城垒，攻断了拦江的铁锁，陆法和连连向江陵告急。梁元帝又把谢答仁从监狱里放出来，任命他为步兵校尉，配以士兵，让他去协助陆法和，又派使者送王琳去陆纳那里，让他劝说陆纳归顺。
初四，王琳到了长沙，王僧辩派人送他去前线，把他指给陆纳看，陆纳等部众都拜倒在地哭泣不止，派人对王僧辩说：“朝廷如果肯赦免王琳，请你放他到城里来。”
王僧辩不允许，又把王琳送回江陵。而陆法和不断求救，梁元帝想把在长沙的王僧辩的军队调动来使用，又怕失去陆纳的部队，于是再次派王琳前去，允许他到陆纳占据的城里去劝降。王琳进了城，陆纳就投降了，湘州从此平定了。梁元帝恢复了王琳的官职爵位，让他马上带兵向西去支援峡口。
萧纪派将军侯睿统领七千人修筑城堡和陆法和对抗，梁元帝派使者送信给萧纪，准许他返回蜀地，可以专制一方。萧纪不听，回信用兄弟之礼相称，不用君臣之礼。
陆纳被平定后，湘州各路人马相继向西开来，梁元帝再次写信给萧纪，说：“我年纪比你大，又有平定侯景的功劳，荣幸被众人心悦诚服地推举，登基为帝实乃天意。倘若你这时能看清形势，派使者来朝见称臣，这正是我等待的。如果不这样做，那么我就此停笔刀兵相见吧！兄弟之间，本该友好，因为大家形体虽分，血脉气质却是相通的。汉代赵孝自愿代替瘦弱的弟弟去死，情谊深厚，但我们之间却不再有相见的时候。孔融对兄长让枣推梨，已经一去不返。兄弟之爱存于我心，用文字是无法表达的。”萧纪还是不听。
萧纪出征前拿出积聚多年的财物，用一斤黄金做成一个饼，一百个黄金饼为一箱，积下的黄金饼共有一万个，银饼五万个，其他锦缎、缯一类的东西也很多。每次作战，他都把这些东西挂起来让将士们看，要他们卖命征战，立功者赏赐金饼、银饼。
将士们被这些金饼刺激得热血沸腾、士气高涨，但打了胜仗后，萧纪又失信，不肯用它们做奖赏之物。宁州刺史陈智祖请求把这些财物发给军队，以便招募勇士，但萧纪不听。陈智祖知道这样下去，必败无疑，终于痛哭而死。
萧纪实在是舍不得把这些金饼拿出来赏赐，后来，将士们即使是有事情要求见的，萧纪也都推说自己病了，不予接见，因此军队离心离德，逐渐解体。
萧纪看到军队屯驻日久，打仗不顺利，士气极其低落，又听说西魏的军队已拿下汉中深入到自己的后方，成都处于孤立而危险的态势之中，更加忧愁愤懑，不知道该怎么办好。于是，他派手下的度支尚书乐奉业去江陵向萧绎求和，请求按照以前萧绎信中所说的回师蜀地。
乐奉业看到萧纪必败无疑，又鄙薄他的为人，就报告梁元帝说：“蜀军缺乏粮食，士兵死亡很多，全军灭亡，指日可待，千万不要同他讲和。”梁元帝听到这个情况，就不允许萧纪求和了。
七月十一日，巴东平民符升等人杀了峡口守将公孙晃，投降了王琳。谢答仁、任约进攻侯睿，大获全胜，攻下了他的三座堡垒，于是长江两岸十四座城市全部投降了。
萧纪后路被切断，没有退路了，只好顺流东下。游击将军樊猛派兵去追击，萧纪的部众分崩离析，四处溃逃，跳到水里淹死的就有八千多人。
樊猛把萧纪严密地包围起来，严守着不让他逃脱。梁元帝秘密地派人送旨令给樊猛，说：“如果让萧纪生还，那就是不成功。”
樊猛心领神会，带兵到达了萧纪的住处，萧纪在船上绕床而跑，用装金子的口袋扔向樊猛，说：“我用这带子金子雇你，送我去和七官（萧绎）见一面。”
樊猛拒绝了，说：“天子怎么能随便见面，杀了你，这些金子能跑到哪里去！”于是就杀了萧纪。
他的第三子萧圆满见父亲被围，连忙驾快船来援救，也死于乱刀之下，陆法和押送太子萧圆照兄弟三人去江陵。
梁元帝取消了萧纪的族籍，另外赐他姓饕餮氏，把刘孝胜投入监狱，后来又释放了他。
梁元帝派人对江安侯萧圆正（萧纪次子）说：“西边的军队已经失败，你父亲不知死活。”意思是让他自杀。萧圆正听了之后大声号哭，口里连连抱怨太子萧圆照，说他误了萧纪，替萧纪引错了路。
梁元帝不断派人去观察他，知道他没有自杀的意思，就把他移送到廷尉的大狱里。在监狱里，萧圆正见到了萧圆照，说：“哥哥何必鼓动父亲，使他们兄弟骨肉相残，弄出这样痛苦残酷的结局呢。”
萧圆照只是说：“计策有误。”
梁元帝断绝了他们在监狱里的食物，使他们饿得咬自己的臂膀，过了十三天终于死了。远近的人听到消息，都为他们感到悲伤。
西魏尉迟迥把成都包围了五十天，永丰侯萧㧑多次出城迎战，都失败了，于是请求投降，但是尉迟迥手下的将领们不想答应。
尉迟迥说：“接受他的投降，就可以保全我军将士的性命，使远方的百姓也感到高兴。继续进攻则将士必有伤亡，远方的百姓也会感到害怕。”于是接受了萧㧑的投降。
八月初八，萧㧑和宜都王萧圆肃（萧纪五子）带着文武官员到尉迟迥军营前投降，尉迟迥按照礼仪迎接了他，和他在益州城北订立了受降盟约。所有的官吏百姓都各安其业，只没收奴婢和仓库积粮赏赐给将士们，军队中没有人敢私下抢掠的。
西魏任命萧㧑和萧圆肃一并为开府仪同三司，任命尉迟迥为大都督十二州诸军事，益州刺史。
梁元帝下诏令，准备回建康。领军将军胡僧祐、太府卿黄罗汉、吏部尚书宗懔、御史中丞刘瑴（jue）等人进谏劝止，说：“建康那地方王气已尽，而且和胡虏只隔一条长江，如果有什么不测之灾，后悔就来不及了！况且从古至今，就相传说：‘荆州沙满百，当出天子。’现在荆州出了一个新的沙洲已经满了一百了，所以陛下乘势而起，正是应验呀！”
梁元帝又让大臣讨论这件事，黄门侍郎周弘正、尚书右仆射王褒说：“现在百姓还没有看见圣驾进入建康，因此以为皇上还是列国诸王之一。希望陛下依从四海黎民的瞩望，回到建康定都。”
当时群臣大多都是荆州人，都说：“周弘正是东边的人，当然一心想要回东边去，他们的主张恐怕不是什么好主意。”
周弘正当面争辩说：“东边的人劝皇上去东边，就说不是好主意，西边的人想去西边，难道倒成了妙策？”
梁元帝听着他们争论，不禁笑了，定都建康的问题又在后堂进行讨论，与会者共五百人。梁元帝问大家：“我想回建康定都，各位大臣，你们对这件事有什么看法？”众人谁也不敢先回答。
梁元帝看见大家都不吱声，就说：“劝我去建康的把左肩膀袒露出来。”结果袒露左肩的人过了一半。
武昌太守朱买臣向梁元帝进言说：“建康是我们梁国的旧都，是帝室祖宗陵墓的所在地。而荆州是边疆军事重镇，不是帝王居住的地方。希望陛下下决心回建康，不要怀疑犹豫，以至将来后悔。我家就住在荆州，难道不愿意陛下住在这儿吗？但这样做恐怕是臣子的富贵之计，而不是陛下的富贵之计了。”
梁元帝又让术士杜景豪占卜吉凶，结果不吉利，因此杜景豪对梁元帝说：“别去建康。”梁元帝认为建康凋敝残破，而江陵正处于全盛之时，心里的意思也是安于此地，于是听从了胡僧祐等人的意见，留在江陵。
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