所謂倒藻是養殖水體中藻類大量死亡，導致水色驟然變清、變濁（有黃濁、白濁和粉綠色的混濁之分），甚至變紅的一種現象。發生“倒藻”時，首先溶解氧會下降，二氧化碳會增加，使pH值迅速下降；其次，大量的死藻分解，會加大耗氧外，還會產生氨氮和亞硝酸鹽；第三，水中的原生物會大量繁殖，反過來抑制藻類的生長。
發生“倒藻”的原因有幾個方面：一是氣溫的突變。二是人為管理不當，包括施肥補肥時機把握不好，換添水的時間、數量不對，換添水之後沒有及時保肥，消毒藥用量和時間不妥等。
發生倒藻”時，水體理化因子和浮游生物短時間內發生很大的變化。一是水中少了進行光合作用的藻類，溶解氧下降，二氧化碳增加，導致pH值迅速下降，一般會在7.5以下。二，由於大量死藻的分解，會加大氧的消耗，產生氨氮和亞硝酸鹽。而池塘本身的自淨細菌不能及時分解大量的死藻，特別是遇上陰雨天時更明顯。三，水中的原生動物大量繁殖起來，反過來抑制藻類的生長。四，缺乏藻類的沉降作用，水中懸浮物（微塵、糞便、死藻等）成混濁狀態。
倒藻的處理方法：①檢測pH值，偏低時用生石灰水潑灑調節；②注意增氧，特別是養殖對象規格較大或密度較大時，同時投放、抗應激和解毒的藥物；③補充新水，肥水；④如果按第三步做了一次沒有效果，有條件者應檢測水中是否有大量原生動物，如果是則應先殺滅後再肥水；⑤有時綠色的水體變混濁後，其中會有大量的甲藻，水色是黃泥色的，此時應用滅藻劑來處理，再考慮肥水；⑥切忌盲目施放肥料、底改和活菌，以致延誤時機並加大處理難度。
要強調的是，池塘一旦發生倒藻，我們看到的只是水體的某些變化，比如看到死藻、油膜、泡沫等表象，但是實際上底部的危機要遠遠大於水體的，因為一旦倒藻，浮在水面上的死藻只是極少的一部分，大量的死藻，有機碎屑會沉積在底部，腐敗、發黑、發臭。弧菌也會附著在死藻、有機碎屑等上面繁殖滋生……
一旦倒藻，底部有機物、腐敗物質累積加上水體的氧氣特別是底部氧氣不足，容易引起底部大量厭氧型、異養型的有害細菌滋生，很有可能引起池塘“翻底”現象……
因此，在倒藻時我們不但要進行調水，還要注重底改。比較適合的底改方式為：過硫酸氫鉀消毒改底（也可以選用一些其它氧化性底改），如果池塘的增氧條件完善，建議在放過硫酸氫鉀24小時後的晴天上午投放芽孢菌，利用芽孢菌分解能力強的特點來分解底部的死藻等有機物，注意要多開增氧機。
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