所謂教會大學，是指從19世紀末起西方基督教會在中國所創辦的高等教育機構，其中由基督教創設的大學有13所，由羅馬天主教創設的大學有3所。
13所新教教會大學指齊魯大學、福建協和大學、金陵女子大學、之江大學、華中大學、華南女子文理學院、嶺南大學、金陵大學、聖約翰大學、滬江大學、東吳大學、華西協和大學、燕京大學。3所天主教大學指的是震旦大學、輔仁大學、津沽大學。
這些教會大學主要是應西方培養高級佈道人員或宗教領袖或為了早期教會的初等和中等教育提供配套的高等教育的需要而由一個教派或幾個教派聯合設立。20世紀30年代教會大學獲得了很大的發展，其特點是“以文理科為辦學方向，以資產階級傳統為藍本，重視校內社團活動，具有私立大學地位”。它們與公立高等學校共同存在，逐漸成為中國近現代高等教育的重要組成部分。新中國成立後，逐漸對高等教育進行了改造，其中也包括了教會大學。特別是抗美援朝戰爭爆發後，美國成了中國的頭號敵人，而教會大學多是由美國傳教士所創辦，因此，50年代初，中國政府發佈了一系列的法令，斷絕教會大學與美國的經濟往來，逐漸把教會大學國有化。1952年全國範圍的高等院系調整，使教會大學與原來的公立大學和私立大學合併，組成新的大學，其原來的校名均被取消，教會大學隨之消亡。
1948年9月，濟南被解放軍攻克，齊魯大學成為第一個被解放的基督教大學。1949年1月，北平解放，燕京大學也歸入人民政府的領導之下。隨著解放戰爭的勝利進行，到1949年底，所有的教會大學均歸於人民政府。
1950年6月25日朝鮮戰爭爆發，美國迅速捲入戰爭，中美兩國關係空前緊張，特別是志願軍入朝參戰之後，中美已處於嚴重對立的局面。這不可能不對與美國有密切聯繫的教會大學產生重大影響。朝鮮戰爭爆發之後，政府首先加強對教會學校的管理，而後各校又陸續開展了批判帝國主義利用教會進行文化侵略的活動。
1951年1月16—22日，教育部召開了處理外國津貼的高等學校會議，馬敘倫在開幕詞中指出，會議將“集中力量解決接受美國津貼的學校問題”，而對於“接受其他外國津貼的學校，除政治上堅決反對中華人民共和國者以外，目前一般地只採取履行登記，督促他們逐步改造，使其適合於中國人民利益的方針。”並進一步重申了處理辦法的要點。經過討論，會議擬定了對每個學校的處理方案，並呈請政務院批准。處理方案大致分為三種類型:(一)立即接收改為公立。(二)暫時維持私立，準備條件改為公立。(三)繼續由私人辦理，改組董事會及學校行政領導，使成為完全由中國人自辦的私立學校。會議期間，參加會議的校長、校董和教授分別向《人民日報》記者發表書面和口頭談話，表示熱烈擁護政務院決定。並於1月26日發表了聯合宣言。截止到1951年底由政府接收改為公立的計有11校，其中華北區4校，燕京大學、津沽大學、協和醫學院(改為公立後定名為中國協和醫學院)、銘賢學院(部分系科改為山西農學院、部分系科與山西大學工學院及西北工學院合併);華東區4校，即金陵大學、金陵女子文理學院(前2校合併改為金陵大學)、協和大學、華南女了學院(前2校合併改為福州大學);中南區2校，即華中大學(改公立後逐漸調整成為師範學院)、文華圖書館學專科學校;西南區1校，即華西協和大學(改稱為華西大學)。改為中國人民自己辦理仍維持私立，政府予以補助的計有9校，其中華東區7校，即滬江大學、東吳大學、震旦大學、震旦女了文理學院(前2校合併為私立震旦大學)、聖約翰大學、之江大學、齊魯大學(齊魯與之江兩大學將由政府分別接辦)。中南區1校，即嶺南大學;西南區1校，即求精商學院。
1951年底至1952年的全國高等院校的院系調整可以說是把教會大學融合到新中國教育體制的最後一步。儘管院系調整工作並非只針對教會大學，但對於教會大學來說，院系調整的進行卻標誌著教會大學在中國大陸的消亡。
1951年11月3 -9日全國工學院院長會議召開，會議擬定了以“華北、華東、中南三個地區的工學院為重點作適當的調整”的方案:1.將北京大學工學院、燕京大學工科方面各系併入清華大學。清華大學改為多科性的工業高等學校，校名不變，清華大學的文、理、法三學院及燕京大學的文、理、法方面各系併入北京大學。北京大學成為綜合性的大學，燕京大學校名撤銷。2.將南開大學的工學院及津沽大學的工學院合併於天津大學。3.將浙江大學改為多科性的工業高等學校，校名不變。將之江大學的土木、機械兩系併入浙江大學，浙江大學的文學院合併入之江大學。4.將南京大學的工學院劃分出來和金陵大學的電機工程系、化學工程系及之江大學的建築系合併成為獨立的工學院……。8將中山大學的工學院、華南聯合大學的工學院、嶺南大學工程方面的系科及廣東工業專科學校合併成為獨立的工學院。全國工學院院系調整方案於1952年4月16日公佈，這時，由於經過了思想改造，各教會學校均公開表示擁護這個方案:認為“院系調整能夠實現是‘三反’運動開展後所帶給我們的勝利果實之一。”對於撤消校名這一點，認為是“絕對必要的，是意味著美帝國主義文化侵略的徹底破產。此外，還對於院系調整的意義進行了闡述，認為這“是中國高等教育脫離對於帝國主義的依附與無政府主義狀態走上結合新中國的實際需要和有計劃地發展的道路的第一步。對於國家工業建設與工業技術人才的培養具有決定的意義。”
1952年5月，教育部進一步公佈了關於全國高等學院1952年的調整設置方案，經過調整，教會大學與原來的公立、私立大學融合到一起，組成新的大學，而教會大學原有的校名均被取
消。具體情形如下:
華北區:1.燕京大學的文學院、理學院系科，經濟系理論部分併入到新北京大學;經濟系財經部分併入到新設的中央財經學院;燕京大學工科各系科併入到新清華大學，其化工系的一部分併入到新天津大學。2.輔仁大學外文系一部分及經濟系理論部分併入到新北京大學;經濟系財經部分併到新設的中央財經學院裡;其他各系科併入到新北京師範大學。3.津沽大學工學院系科併入到新天津大學;其文學院、理學院系科併到新南開大學，財經學院暫附在南開大學;津沽大學師範學院併入新設的天津師範學院。
華東區:1.滬江大學的文、理學院併入新的復旦大學;機械、電機、造船等系科併入新交通大學;教育系併入新華東師範大學;財政經濟學院各系科併入新的上海財經經濟學院;政治系則併入到新設的華東政法學院。2.聖約翰大學財經系科併入到新設的上海財經經濟學院;文學院併入到新復旦大學;土木系科及建築系併入到新的同濟大學;教育系併入到新的華東師範大學;政治系併入到新設的華東政法學院;聖約翰大學醫學院、震旦大學醫學院與同德醫學院合併成了上海第二醫學院。
3.東吳大學財經系併入到新設的上海財經經濟學院;化工系併入到新設的華東化工學院中;理學院各系併入新華東師範大學;文理系科併入新蘇南師範學院。東吳法學院財經系併入到新設的上海財經經濟學院;法律系併入到新設的華東政法學院。4.震旦大學的文學院和經濟系併入到新的復旦大學;機械、電力、造船等系科併入到新的交通大學;土木系科併入到新的同濟大學;化工系合併入到新設的華東化工學院;教育系併入新的華東師範大學;法律系併入到新設的華東政法學院;震旦大學托兒專修科併入新的南京師範學院。
5.金陵大學經濟系併入到新的復旦大學;文學院、理學院系科併入到新的南京大學;土木、機械、電機、化工、食品工業等系科併入新南京工學院;體育系科併入到新設的華東體育學院中;音樂系併入到中央音樂學院華東分院;師範系科併入到新南京師範學院;農學院各系科併入南京農學院，其農學院森林系併入到新設的華東林學院，園藝系部分合併到新山東農學院，部分合併到浙江農學院;其農學院蠶桑師資設備併入安徽大學農學院。
6.齊魯大學天文系併入新南京大學;文學院各系科併入到新山東大學;物理、化學、生物部分併入到新山東師範學院;醫學院併入到新山東醫學院;理學院藥學系及東吳大學藥學專修科合併到新設的華東藥學院;經濟系併入到山東財經學院。7.之江大學建築系併入到新同濟大學;工學院系科併入到新浙江大學;教育、中文及外文系併入新浙江師範學院。
中南區:1.嶺南大學的文、理、政法、財經各院系併入到新中山大學;工學院併入到華南工學院;醫學院併入到華南醫學院;農學院併入到華南農學院;教育系併入到新華南師範學院。2.華中大學經濟系併入到新武漢大學。新華中大學由原華中大學與湖北海省教育學院地合併組成。3.當時這個方案制定時，華西大學的調整方案未定。1953年院系調整時，華西大學更名為四川醫學院，設醫學、口腔、衛生、藥學4個系和1所綜合性附屬醫院。
1952年院系調整結束之後，教會大學的命運走到了歷史的盡頭。
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