东晋孝武帝太元二年（377年），由于前秦已一统北部中国，东晋王朝受到空前的军事压力，因此招聘天下猛将训练精兵抵御北方。朝廷任命谢玄为建武将军、兖州刺史、领广陵相、监江北诸军事，镇广陵
那时广陵和京口聚居着大量逃避北方战乱而来的流民，谢玄到任后，在这些人中选拔骁勇士卒，刘牢之就是这时候被选拔的，建立了一太元四年（379年），谢玄改镇京口，因为当时京口又名北府，所以这支军队称为北府兵 北府军在历史上最露脸的一战就是肥水之战，史书记载八万北府军攻克九十万前秦大军 
但是太元十二年（387年），谢玄被解除了北府军的领导权，司马恬、王恭先后代之，北府军军阀化。晋安帝隆安元年（397年），王恭率北府军起兵反晋，次年刘牢之杀之，代之为北府军领袖
此后北府军主要致力于镇压孙恩、卢循的天师道起义军。晋安帝元兴元年（402年），北府军奉命征讨在荆州割据的桓玄，刘牢之随即投降桓玄，桓玄称帝后削减刘牢之兵权，刘牢之意图起兵对抗桓玄，然由于投降桓玄早已丧失人心，众叛亲离下自杀 
元兴三年（404年），原北府军参军刘裕率余部在京口起兵反抗桓玄，并杀之。此后，北府军成为刘裕的军事支柱。420年，刘裕称帝，建立宋，北府军成为其皇家军队的主力
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